PDB-6i0z: CRYSTAL STRUCTURE OF FASCIN IN COMPLEX WITH COMPOUND 1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6i0z

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF FASCIN IN COMPLEX WITH COMPOUND 1

要素

Fascin

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / actin bundling / small molecule inhibition

機能・相同性

機能・相同性情報

microspike / parallel actin filament bundle assembly / regulation of microvillus assembly / positive regulation of extracellular matrix disassembly / establishment of apical/basal cell polarity / microspike assembly / cell projection membrane / cell-cell junction assembly / positive regulation of podosome assembly / podosome ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.77 Å

データ登録者

Schuettelkopf, A.W.

引用

ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2019
タイトル: Structure-based design, synthesis and biological evaluation of a novel series of isoquinolone and pyrazolo[4,3-c]pyridine inhibitors of fascin 1 as potential anti-metastatic agents.
著者: Francis, S. / Croft, D. / Schuttelkopf, A.W. / Parry, C. / Pugliese, A. / Cameron, K. / Claydon, S. / Drysdale, M. / Gardner, C. / Gohlke, A. / Goodwin, G. / Gray, C.H. / Konczal, J. / ...

履歴

登録	2018年10月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年2月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年3月20日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_proc Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6i0z.cif.gz	412.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6i0z.ent.gz	340.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6i0z.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6i0z_validation.pdf.gz	1004 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6i0z_full_validation.pdf.gz	1016.9 KB	表示
XML形式データ	6i0z_validation.xml.gz	40.8 KB	表示
CIF形式データ	6i0z_validation.cif.gz	60.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i0/6i0z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i0/6i0z	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6i10C 6i11C 6i12C 6i13C 6i14C 6i15C 6i16C 6i17C 6i18C 3p53S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3llp-1 4yr2-d 4gp3-1 4dl3-d 4goy-1 4gp3-2 5ewf-d 4gov-1 3si8-d 3p53-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Fascin

B: Fascin

ヘテロ分子

110 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Fascin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
54.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Fascin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
54.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	159.910, 71.620, 113.320
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 130.900, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Fascin / 55 kDa actin-bundling protein / Singed-like protein / p55 分子量: 54601.879 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FSCN1, FAN1, HSN, SNL / プラスミド: pBDDP-SPR3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) pLysS / 参照: UniProt: Q16658
#2: 化合物	ChemComp-GZQ / ~{N}-(2,4-dichlorophenyl)-~{N}-methyl-ethanamide 分子量: 218.080 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₉Cl₂NO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 587 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.23 % / Mosaicity: 0.204 °
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 16-20% PEG 3350, 200 mM LiAc, 4% glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 1.0781 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0781 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.77→36.72 Å / Num. obs: 93872 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 23.131 Å² / R_merge(I) obs: 0.045 / R_pim(I) all: 0.034 / R_rim(I) all: 0.065 / Net I/σ(I): 16
反射シェル	解像度: 1.77→1.82 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.535 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / R_pim(I) all: 0.365 / R_rim(I) all: 0.709 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0222	精密化
xia2	0.3.4.0	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
xia2	0.3.4.0	データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3P53

3p53

解像度: 1.77→36.72 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.937 / SU B: 8.644 / SU ML: 0.115 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.135 / ESU R Free: 0.124
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2268	4705	5 %	RANDOM
R_work	0.1949	-	-	-
obs	0.1965	89166	99.45 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 92.7 Å² / B_iso mean: 39.067 Å² / B_iso min: 23.05 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.1 Å²	0 Å²	1.74 Å²
2-	-	-5.02 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.85 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.77→36.72 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7555	0	26	587	8168
B_iso mean	-	-	36.21	44.05	-
残基数	-	-	-	-	967

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.014	7813
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	6788
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.613	1.661	10572
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.601	1.648	15922
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.111	5	977
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.374	21.377	443
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.709	15	1285
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.093	15	66
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.099	0.2	1004
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	9016
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.011	0.02	1528
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.665	0.788	3908
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.665	0.788	3907
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.086	1.178	4887

LS精密化シェル

解像度: 1.77→1.816 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.286	317	-
R_work	0.279	6618	-
all	-	6935	-
obs	-	-	99.84 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4831	0.8641	-0.0296	4.8085	0.3076	1.769	0.0228	-0.0577	-0.2112	-0.045	-0.1301	-0.4768	0.1096	0.1701	0.1073	0.342	-0.0112	-0.0488	0.4078	0.038	0.1657	36.873	27.653	24.128
2	1.5639	0.1682	-0.0533	2.9946	-0.5585	2.1025	0.0807	-0.1167	0.1048	0.2173	-0.0568	0.1463	-0.1773	0.0309	-0.0239	0.3807	-0.0203	-0.0834	0.3883	-0.0148	0.0405	16.25	18.253	37.119
3	1.576	-1.5814	0.3756	3.2722	0.773	2.1946	-0.0209	-0.2016	-0.1559	0.248	-0.0034	0.0975	0.259	0.1148	0.0243	0.4149	0.0229	-0.0539	0.419	0.0209	0.0885	23.076	-12.565	37.129
4	1.6405	0.3634	0.0586	3.7792	0.346	3.7692	0.0596	0.2065	0.0313	-0.2531	-0.0292	-0.1312	-0.1576	0.2349	-0.0303	0.3516	0.0415	-0.0836	0.3925	-0.0169	0.0342	22.066	0.222	14.795
5	1.4847	0.1135	0.5264	3.6527	-1.235	4.4467	-0.0998	-0.0017	-0.1195	0.0334	0.0769	0.0436	0.0601	0.0092	0.0229	0.348	0.029	-0.0723	0.3769	0.0422	0.0722	58.108	9.227	0.537
6	1.7118	-1.0937	0.3538	3.3045	-0.1202	1.6291	-0.0553	-0.073	0.1286	0.16	0.0024	-0.2412	-0.3018	0.0138	0.0529	0.3865	-0.0092	-0.0935	0.3569	0.0106	0.083	72.799	1.559	20.758
7	3.9437	-0.2361	0.2408	3.0928	0.5361	1.8668	-0.0017	0.1308	-0.7859	-0.0466	-0.0197	-0.0102	0.3409	0.0857	0.0215	0.339	0.0014	-0.0803	0.3308	-0.0188	0.2313	71.713	-30.363	18.803
8	4.7323	-0.0752	-0.219	2.898	-0.3465	2.2951	-0.0095	0.0799	0.145	-0.0006	-0.0101	0.4121	-0.091	-0.3576	0.0196	0.3116	-0.0031	-0.0973	0.396	-0.0003	0.1626	50.15	-16	19.573
9	0.3459	-0.0841	-0.0701	0.039	0.0303	0.0254	0.0223	0.0257	0.0001	0.0207	-0.0237	-0.0095	-0.0115	-0.0048	0.0014	0.5216	-0.0007	-0.1034	0.5243	0.0051	0.1857	42.824	4.012	21.869

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	6 - 138
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	139 - 260
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	261 - 384
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	385 - 493
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	6 - 138
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	139 - 260
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	261 - 384
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	385 - 493
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	501
10	X-RAY DIFFRACTION	9	A	601 - 868

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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