PDB-3p53: Structure of fascin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3p53

タイトル

Structure of fascin

要素

Fascin

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / BETA-TREFOIL DOMAIN

機能・相同性

機能・相同性情報

microspike / parallel actin filament bundle assembly / regulation of microvillus assembly / positive regulation of extracellular matrix disassembly / establishment of apical/basal cell polarity / microspike assembly / cell projection membrane / cell-cell junction assembly / positive regulation of podosome assembly / podosome ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Jansen, S. / Dominguez, R.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Mechanism of actin filament bundling by fascin.
著者: Jansen, S. / Collins, A. / Yang, C. / Rebowski, G. / Svitkina, T. / Dominguez, R.

履歴

登録	2010年10月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年6月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年9月7日	Group: Database references
改定 1.3	2014年4月16日	Group: Other
改定 1.4	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3p53.cif.gz	401.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3p53.ent.gz	330.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3p53.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p5/3p53 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p5/3p53	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4xta-d 5gv3-d 4xh8-d 2q5s-d 4b28-d 3llp-1 4bc4-2 6i16-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Fascin

B: Fascin

ヘテロ分子

112 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Fascin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
56.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Fascin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
55.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	161.693, 71.010, 112.736
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 131.23, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Fascin / Singed-like protein / 55 kDa actin-bundling protein / p55 分子量: 54868.152 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FAN1, FSCN1, HSN, Human, SNL / プラスミド: pTYB12 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q16658

-
非ポリマー , 5種, 411分子

#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-12P / DODECAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33-ウンデカオキサペンタトリアコンタン-1,35-ジオ-ル分子量: 546.646 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₅₀O₁₃ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル分子量: 238.278 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O₆ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-PG0 / 2-(2-METHOXYETHOXY)ETHANOL / PEG 6000 / ジエチレングリコ-ルモノメチルエ-テル分子量: 120.147 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₂O₃ / コメント: 阻害剤, 沈殿剤*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 396 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.29 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 24% PEG 3350, 0.2 M Lithium Acetate, 1mM DTT, 4% glycerol, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2		1

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 17-ID / 波長: 1 / 波長: 0.9795, 0.9798, 1.0

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2009年3月1日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	Si(111)	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	Si(111)	MAD	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1	1
2	0.9795	1
3	0.9798	1

反射

解像度: 2→30.7 Å / Num. all: 65070 / Num. obs: 63704 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 22.5

反射シェル

解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 0.462 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 87.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
SnB		位相決定
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2→30.661 Å / SU ML: 0.28 / σ(F): 1.44 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2202	1985	3.12 %	RANDOM
R_work	0.1781	-	-	-
obs	0.1794	63704	97.89 %	-
all	-	65070	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 51.485 Å² / k_sol: 0.345 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.9863 Å²	0 Å²	-5.5098 Å²
2-	-	2.3684 Å²	0 Å²
3-	-	-	-5.3547 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→30.661 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7579	0	127	396	8102

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	7959
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.003	10748
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.991	2960
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.069	1152
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1401

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.05	0.3441	123	0.2771	3796	X-RAY DIFFRACTION	84
2.05-2.1054	0.3387	132	0.2465	4119	X-RAY DIFFRACTION	93
2.1054-2.1674	0.2957	139	0.2309	4314	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1674-2.2373	0.2611	142	0.2011	4432	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2373-2.3172	0.243	143	0.1978	4465	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3172-2.41	0.2559	143	0.1973	4440	X-RAY DIFFRACTION	100
2.41-2.5196	0.2845	145	0.1912	4509	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5196-2.6524	0.2529	143	0.1893	4457	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6524-2.8185	0.2556	145	0.1797	4505	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8185-3.0359	0.2326	145	0.1798	4506	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0359-3.3411	0.2264	145	0.1718	4493	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3411-3.8238	0.2152	145	0.1652	4526	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8238-4.8145	0.1483	146	0.142	4537	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8145-30.6643	0.2053	149	0.1804	4620	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6054	-0.048	-0.2628	1.1966	0.2204	0.4958	-0.0534	0.0166	-0.0609	0.061	-0.0524	0.1209	-0.0584	0.0423	0.0738	0.1559	0.027	-0.0281	0.1145	-0.0006	0.0896	25.8752	-32.971	28.2381
2	0.7589	0.1182	0.183	1.4553	-0.4125	1.4369	0.1135	0.0514	-0.1028	0.057	-0.1921	-0.1071	-0.0209	0.176	0.0559	0.0261	-0.0219	0.0059	0.1228	0.0141	0.0965	64.0394	-50.1572	14.1282

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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