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万見
- PDB-6axk: Crystal structure of Fab311 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6axk
タイトルCrystal structure of Fab311 complex
要素
  • ACE-ASN-PRO-ASN-ALA-ASN-PRO-ASN-ALA-ASN-PRO-ASN
  • Fab311 heavy chain
  • Fab311 light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Fab fragment
機能・相同性
機能・相同性情報


entry into host cell by a symbiont-containing vacuole / side of membrane / cell surface / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Plasmodium circumsporozoite protein / Thrombospondin type 1 domain / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat superfamily / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat profile. / Thrombospondin type 1 repeats / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Circumsporozoite protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.103 Å
データ登録者Oyen, D. / Wilson, I.A.
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2017
タイトル: Structural basis for antibody recognition of the NANP repeats in circumsporozoite protein.
著者: David Oyen / Jonathan L Torres / Ulrike Wille-Reece / Christian F Ockenhouse / Daniel Emerling / Jacob Glanville / Wayne Volkmuth / Yevel Flores-Garcia / Fidel Zavala / Andrew B Ward / C ...著者: David Oyen / Jonathan L Torres / Ulrike Wille-Reece / Christian F Ockenhouse / Daniel Emerling / Jacob Glanville / Wayne Volkmuth / Yevel Flores-Garcia / Fidel Zavala / Andrew B Ward / C Richter King / Ian A Wilson /
要旨: Acquired resistance against antimalarial drugs has further increased the need for an effective malaria vaccine. The current leading candidate, RTS,S, is a recombinant circumsporozoite protein (CSP)- ...Acquired resistance against antimalarial drugs has further increased the need for an effective malaria vaccine. The current leading candidate, RTS,S, is a recombinant circumsporozoite protein (CSP)-based vaccine against that contains 19 NANP repeats followed by a thrombospondin repeat domain. Although RTS,S has undergone extensive clinical testing and has progressed through phase III clinical trials, continued efforts are underway to enhance its efficacy and duration of protection. Here, we determined that two monoclonal antibodies (mAbs 311 and 317), isolated from a recent controlled human malaria infection trial exploring a delayed fractional dose, inhibit parasite development in vivo by at least 97%. Crystal structures of antibody fragments (Fabs) 311 and 317 with an (NPNA) peptide illustrate their different binding modes. Notwithstanding, one and three of the three NPNA repeats adopt similar well-defined type I β-turns with Fab311 and Fab317, respectively. Furthermore, to explore antibody binding in the context of CSP, we used negative-stain electron microscopy on a recombinant shortened CSP (rsCSP) construct saturated with Fabs. Both complexes display a compact rsCSP with multiple Fabs bound, with the rsCSP-Fab311 complex forming a highly organized helical structure. Together, these structural insights may aid in the design of a next-generation malaria vaccine.
履歴
登録2017年9月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年11月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02017年12月6日Group: Atomic model / Database references / カテゴリ: atom_site / citation / citation_author
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed
改定 2.12017年12月13日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 3.02024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Polymer sequence / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_poly / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fab311 heavy chain
B: Fab311 light chain
E: ACE-ASN-PRO-ASN-ALA-ASN-PRO-ASN-ALA-ASN-PRO-ASN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,2228
ポリマ－48,1593
非ポリマー1,0625
水4,360242
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6550 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area19830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.117, 44.729, 186.079
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細trimer by isothermal titration calorimetry

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要素

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タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 E

#3: タンパク質・ペプチド ACE-ASN-PRO-ASN-ALA-ASN-PRO-ASN-ALA-ASN-PRO-ASN


分子量: 1231.255 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
参照: UniProt: P02893*PLUS

-
抗体 , 2種, 2分子 AB

#1: 抗体 Fab311 heavy chain


分子量: 23965.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Fab311 light chain


分子量: 22962.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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非ポリマー , 3種, 247分子

#4: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 242 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.94 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M MES pH6.0 36% PEG400 5% PEG3000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→46.52 Å / Num. obs: 32026 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 5.1 % / CC1/2: 0.821 / Rpim(I) all: 0.077 / Rsym value: 0.174 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / CC1/2: 0.465 / Rpim(I) all: 0.5 / Rsym value: 0.921

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: homology model

解像度: 2.103→46.52 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.79
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2356 1606 5.02 %
Rwork0.2036 --
obs0.2053 31966 96.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.103→46.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3344 0 53 242 3639
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023496
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6634775
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.5212072
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044524
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004610
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1031-2.17090.36641110.31032324X-RAY DIFFRACTION83
2.1709-2.24850.29891450.26872702X-RAY DIFFRACTION96
2.2485-2.33860.3171430.25172709X-RAY DIFFRACTION97
2.3386-2.4450.27011470.24462745X-RAY DIFFRACTION97
2.445-2.57390.31361420.23462792X-RAY DIFFRACTION99
2.5739-2.73510.2521450.22542779X-RAY DIFFRACTION98
2.7351-2.94630.25461590.22732799X-RAY DIFFRACTION99
2.9463-3.24270.23631320.22162797X-RAY DIFFRACTION98
3.2427-3.71180.20871550.18862809X-RAY DIFFRACTION98
3.7118-4.67570.19961630.15652872X-RAY DIFFRACTION99
4.6757-46.53110.20681640.17583032X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.81780.3345-0.28771.89890.72242.41970.0637-0.25140.15970.1189-0.22260.46490.1049-0.43530.14660.2227-0.03230.02580.3077-0.07890.3662-17.766919.7255-38.2482
21.0523-0.8449-0.62431.39270.94913.765-0.04330.23540.0123-0.0080.0079-0.0916-0.1421-0.06970.06330.2189-0.006100.286-0.04330.3013-14.67437.8212-3.3909
37.9741-0.29471.83544.30511.66154.4977-0.26020.08530.41070.0952-0.1645-0.0312-0.3971-0.01590.25360.24580.02940.01210.2045-0.01910.286-19.422642.63043.9484
40.21570.11580.7616.7481.36686.18990.4121-0.4240.2020.9523-0.52010.16940.1794-0.29320.05110.21250.0457-0.05820.22260.02020.15545.984623.0692-24.1188
52.63080.93820.49452.63070.20942.47580.072-0.1684-0.08030.115-0.1248-0.22550.23430.10240.05070.23310.00540.00350.18470.0190.18893.845420.6951-33.9866
60.18210.09230.48470.5131.72322.2468-0.10030.0021-0.05240.0754-0.00820.11330.3310.0557-0.02040.3382-0.04280.02060.23110.00580.293-1.531621.7735-22.0663
74.68760.8878-2.66251.3466-0.98843.75820.10310.40390.02540.02750.02840.2538-0.0278-0.35470.05570.2417-0.02430.00740.225-0.05620.2402-9.326927.7341-2.6969
84.74350.7387-1.64692.2316-0.78233.5325-0.16490.2184-0.3987-0.04560.00430.10790.2672-0.06820.16260.2488-0.00560.00790.2174-0.09780.2673-6.17224.8282-4.2474
99.8765-2.77274.30794.43471.22833.53030.01630.52640.4089-0.4784-0.5654-0.32-0.40041.02040.65720.350.02520.02590.3012-0.01020.3134-8.65969.8095-47.2254
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 109 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 110 through 188 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 189 through 215 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 2 through 18 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 19 through 89 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 90 through 118 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 119 through 150 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 151 through 209 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'E' and (resid 2 through 12 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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