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- PDB-6apu: Crystal structure of Trypanosoma brucei hypoxanthine-guanine phos... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6apu
タイトルCrystal structure of Trypanosoma brucei hypoxanthine-guanine phosphoribosyltranferase in complex with (2-{[2-(2-amino-6-oxo-1,6-dihydro-9H-purin-9-yl)ethyl](3-aminopropyl)amino}ethyl)phosphonic acid
要素Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Purine salvage / acyclic nucleoside phosphonate
機能・相同性
機能・相同性情報


hypoxanthine phosphoribosyltransferase / guanine phosphoribosyltransferase activity / guanine salvage / hypoxanthine metabolic process / hypoxanthine phosphoribosyltransferase activity / GMP salvage / IMP salvage / glycosome / ciliary plasm / nuclear lumen ...hypoxanthine phosphoribosyltransferase / guanine phosphoribosyltransferase activity / guanine salvage / hypoxanthine metabolic process / hypoxanthine phosphoribosyltransferase activity / GMP salvage / IMP salvage / glycosome / ciliary plasm / nuclear lumen / purine ribonucleoside salvage / nucleotide binding / magnesium ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Hypoxanthine phosphoribosyl transferase / : / Purine/pyrimidine phosphoribosyl transferases signature. / Rossmann fold - #2020 / Phosphoribosyl transferase domain / Phosphoribosyltransferase-like / Phosphoribosyltransferase domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3L6 / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.842 Å
データ登録者Teran, D. / Guddat, L.
引用ジャーナル: PLoS Negl Trop Dis / 年: 2018
タイトル: Evaluation of the Trypanosoma brucei 6-oxopurine salvage pathway as a potential target for drug discovery.
著者: Dolezelova, E. / Teran, D. / Gahura, O. / Kotrbova, Z. / Prochazkova, M. / Keough, D. / Spacek, P. / Hockova, D. / Guddat, L. / Zikova, A.
履歴
登録2017年8月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年3月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase
B: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,71214
ポリマ－48,4442
非ポリマー1,26912
水7,710428
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5080 Å2
ΔGint-97 kcal/mol
Surface area14920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.883, 108.890, 44.970
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number17
Space group name H-MP2221

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase / HGPRTase


分子量: 24221.775 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
遺伝子: HGPRT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q07010, hypoxanthine phosphoribosyltransferase

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非ポリマー , 5種, 440分子

#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-3L6 / (2-{[2-(2-amino-6-oxo-1,6-dihydro-9H-purin-9-yl)ethyl](3-aminopropyl)amino}ethyl)phosphonic acid


分子量: 359.321 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H22N7O4P
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 428 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.7 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 25% PEG 3350, 0.2 M lithium sulfate and 0.1 M Bis-Tris
PH範囲: 5-7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.95369 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95369 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.84→47.44 Å / Num. obs: 41021 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7.1 % / Rpim(I) all: 0.066 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル解像度: 1.84→1.88 Å / 冗長度: 6.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 2386 / Rpim(I) all: 0.371 / % possible all: 96

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5JSQ

5jsq


解像度: 1.842→43.493 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 16.73 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1906 1997 4.88 %
Rwork0.1502 --
obs0.1522 40951 99.42 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.842→43.493 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2799 0 76 434 3309
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.023080
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5964206
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.5452498
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.116484
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011525
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.842-1.88810.25781320.24032580X-RAY DIFFRACTION95
1.8881-1.93910.24681420.18052778X-RAY DIFFRACTION100
1.9391-1.99620.19511400.16342721X-RAY DIFFRACTION100
1.9962-2.06060.21661420.15162774X-RAY DIFFRACTION100
2.0606-2.13430.19271420.14482765X-RAY DIFFRACTION100
2.1343-2.21970.19741410.1422756X-RAY DIFFRACTION100
2.2197-2.32070.18491420.13712771X-RAY DIFFRACTION100
2.3207-2.44310.19221420.1372782X-RAY DIFFRACTION100
2.4431-2.59610.17811430.1382777X-RAY DIFFRACTION100
2.5961-2.79650.18221430.14412803X-RAY DIFFRACTION100
2.7965-3.07790.17811440.14752795X-RAY DIFFRACTION100
3.0779-3.52310.18951460.14222843X-RAY DIFFRACTION100
3.5231-4.43810.15291450.13332843X-RAY DIFFRACTION100
4.4381-43.5050.21571530.17192966X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.4277-0.38190.88842.0638-0.78231.4940.08160.13030.0617-0.0349-0.1044-0.01550.02320.10790.00770.0926-0.00890.02340.0836-0.00580.078429.0613143.177751.1685
23.0609-1.20660.36074.1782-0.0931.81140.40381.1095-0.0071-0.527-0.30780.4237-0.03660.1603-0.09480.18840.0531-0.00960.32090.08230.084532.9429145.547839.8282
33.67710.01030.36190.8940.25642.15110.14790.6179-0.3106-0.0734-0.0829-0.19050.06180.2862-0.02010.08260.05020.01810.2216-0.05190.106138.5648134.856145.4531
43.5869-2.42781.72986.2465-1.9564.3396-0.0542-0.21150.92430.48770.08750.0405-0.4075-0.11010.0210.18950.01670.07170.1674-0.07550.33998.4436148.130658.6861
52.53690.4593-0.38282.72211.11142.33530.06090.0268-0.31810.1501-0.0346-0.06430.1662-0.0265-0.01380.1069-0.0067-0.02720.08260.01420.137918.5479124.849853.0417
63.03630.19510.3885.88071.4422.9424-0.09140.4994-0.451-0.6224-0.1244-0.46660.03840.2013-0.03680.14680.01310.02860.1363-0.06640.244822.565122.584743.2445
74.3513-2.8571-0.17875.31210.62792.56510.10420.4701-0.2395-0.2361-0.16960.1050.0923-0.16970.08870.1148-0.0205-0.01120.1415-0.03960.128110.0317125.498241.4161
82.21280.73890.3232.05430.11761.10260.00580.13820.1951-0.06970.01280.1772-0.0052-0.1036-0.01130.09240.02180.00190.10070.01570.11517.9199139.040148.6775
90.20950.26971.08625.3497-1.86877.41320.39761.07371.2014-0.4016-0.20080.7921-1.3019-1.5698-0.4580.44480.20140.00670.48930.2910.67026.9834158.194540.7843
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 5 through 83 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 84 through 119 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 120 through 199 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 4 through 16 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 17 through 69 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 70 through 107 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 108 through 148 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 149 through 188 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 189 through 202 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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