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Yorodumi- PDB-6ajj: Crystal structure of mycolic acid transporter MmpL3 from Mycobact... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6ajj | ||||||||||||||||||||||||
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Title | Crystal structure of mycolic acid transporter MmpL3 from Mycobacterium smegmatis complexed with ICA38 | ||||||||||||||||||||||||
Components | Drug exporters of the RND superfamily-like protein,Endolysin | ||||||||||||||||||||||||
Keywords | MEMBRANE PROTEIN / HYDROLASE / transporter / RND family / cell wall biosynthesis / drug target | ||||||||||||||||||||||||
Function / homology | Function and homology information phosphatidylethanolamine transfer activity / phosphatidylglycerol binding / trehalose transmembrane transporter activity / trehalose transport / mycolate cell wall layer assembly / cell wall biogenesis / diacylglycerol binding / cell pole / cell tip / mycolic acid biosynthetic process ...phosphatidylethanolamine transfer activity / phosphatidylglycerol binding / trehalose transmembrane transporter activity / trehalose transport / mycolate cell wall layer assembly / cell wall biogenesis / diacylglycerol binding / cell pole / cell tip / mycolic acid biosynthetic process / cell septum / phospholipid transport / cardiolipin binding / phosphatidylethanolamine binding / D-mannose binding / viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / phosphatidylinositol binding / regulation of membrane potential / cell wall organization / defense response / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / toxin activity / host cell cytoplasm / defense response to bacterium / response to xenobiotic stimulus / response to antibiotic / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||||||||||||||||||||
Biological species | Mycobacterium smegmatis (bacteria) Enterobacteria phage T4 (virus) | ||||||||||||||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.794 Å | ||||||||||||||||||||||||
Authors | Zhang, B. / Li, J. / Yang, X.L. / Wu, L.J. / Yang, H.T. / Rao, Z.H. | ||||||||||||||||||||||||
Funding support | China, 7items
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Citation | Journal: Cell / Year: 2019 Title: Crystal Structures of Membrane Transporter MmpL3, an Anti-TB Drug Target. Authors: Zhang, B. / Li, J. / Yang, X. / Wu, L. / Zhang, J. / Yang, Y. / Zhao, Y. / Zhang, L. / Yang, X. / Yang, X. / Cheng, X. / Liu, Z. / Jiang, B. / Jiang, H. / Guddat, L.W. / Yang, H. / Rao, Z. | ||||||||||||||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6ajj.cif.gz | 374.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6ajj.ent.gz | 303.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6ajj.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6ajj_validation.pdf.gz | 1.3 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6ajj_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | Display | |
Data in XML | 6ajj_validation.xml.gz | 36.2 KB | Display | |
Data in CIF | 6ajj_validation.cif.gz | 48.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aj/6ajj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aj/6ajj | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6ajfSC 6ajgC 6ajhC 6ajiC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 104007.633 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: C54T, C97A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (bacteria), (gene. exp.) Enterobacteria phage T4 (virus) Strain: ATCC 700084 / mc(2)155 / Gene: mmpL3, MSMEI_0243, e, T4Tp126 Production host: Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (bacteria) References: UniProt: I7G2R2, UniProt: D9IEF7, UniProt: A0QP27*PLUS, lysozyme | ||||
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#2: Chemical | #3: Sugar | ChemComp-L6T / #4: Chemical | ChemComp-J9E / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.13 Å3/Da / Density % sol: 70.22 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 10%-20% (v/v) polyethylene glycol monomethyl ether 350 (PEGMME 350), 50 mM ADA (N-(2-Acetamido) iminodiacetic acid) (pH 6.0-7.0), 7.5%-17.5% (v/v) polyethylene glycol 2000 (PEG 2000) PH range: 6.0-7.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL19U1 / Wavelength: 0.97891 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 30, 2018 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97891 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.794→50 Å / Num. obs: 43398 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 13.1 % / Biso Wilson estimate: 77.28 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.082 / Χ2: 0.575 / Net I/σ(I): 4.6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6AJF Resolution: 2.794→44.466 Å / SU ML: 0.33 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 28.12
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 250.14 Å2 / Biso mean: 89.4345 Å2 / Biso min: 37.38 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.794→44.466 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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