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- PDB-6aji: Crystal structure of mycolic acid transporter MmpL3 from Mycobact... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6aji
タイトルCrystal structure of mycolic acid transporter MmpL3 from Mycobacterium smegmatis complexed with Rimonabant
要素Drug exporters of the RND superfamily-like protein,Endolysin
キーワードMEMBRANE PROTEIN / HYDROLASE / transporter / RND family / cell wall biosynthesis / drug target
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphatidylethanolamine transfer activity / phosphatidylglycerol binding / trehalose transmembrane transporter activity / trehalose transport / mycolate cell wall layer assembly / cell wall biogenesis / diacylglycerol binding / cell pole / cell tip / mycolic acid biosynthetic process ...phosphatidylethanolamine transfer activity / phosphatidylglycerol binding / trehalose transmembrane transporter activity / trehalose transport / mycolate cell wall layer assembly / cell wall biogenesis / diacylglycerol binding / cell pole / cell tip / mycolic acid biosynthetic process / cell septum / phospholipid transport / cardiolipin binding / phosphatidylethanolamine binding / viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / phosphatidylinositol binding / regulation of membrane potential / cell wall organization / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / host cell cytoplasm / defense response to bacterium / response to xenobiotic stimulus / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Membrane transport protein MMPL domain / MMPL family / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / : / Glycoside hydrolase, family 24 / Phage lysozyme / Lysozyme domain superfamily / Lysozyme-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-AY6 / Chem-L6T / (CARBAMOYLMETHYL-CARBOXYMETHYL-AMINO)-ACETIC ACID / Trehalose monomycolate exporter MmpL3 / Endolysin / Trehalose monomycolate exporter MmpL3
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Zhang, B. / Li, J. / Yang, X.L. / Wu, L.J. / Yang, H.T. / Rao, Z.H.
資金援助 中国, 7件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (China)2017YFC0840300 中国
Chinese Academy of SciencesXDB08020200 中国
Ministry of Science and Technology (China)2014CB542800 中国
Ministry of Science and Technology (China)2014CBA02003 中国
National Science Foundation (China)813300237 中国
National Science Foundation (China)31500607 中国
National Science Foundation (China)81520108019 中国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2019
タイトル: Crystal Structures of Membrane Transporter MmpL3, an Anti-TB Drug Target.
著者: Zhang, B. / Li, J. / Yang, X. / Wu, L. / Zhang, J. / Yang, Y. / Zhao, Y. / Zhang, L. / Yang, X. / Yang, X. / Cheng, X. / Liu, Z. / Jiang, B. / Jiang, H. / Guddat, L.W. / Yang, H. / Rao, Z.
履歴
登録2018年8月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年12月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Drug exporters of the RND superfamily-like protein,Endolysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,3847
ポリマ－104,0081
非ポリマー2,3766
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area330 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area37260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.696, 140.598, 141.833
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Drug exporters of the RND superfamily-like protein,Endolysin / MmpL3 transporter / Lysis protein / Lysozyme / Muramidase


分子量: 104007.633 Da / 分子数: 1 / 変異: C54T, C97A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア), (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: mmpL3, MSMEI_0243, e, T4Tp126
発現宿主: Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: I7G2R2, UniProt: D9IEF7, UniProt: A0QP27*PLUS, lysozyme
#2: 化合物 ChemComp-AY6 / 5-(4-chlorophenyl)-1-(2,4-dichlorophenyl)-4-methyl-N-(piperidin-1-yl)-1H-pyrazole-3-carboxamide / Rimonabant / リモナバント


分子量: 463.787 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H21Cl3N4O / コメント: アゴニスト*YM
#3: 糖 ChemComp-L6T / alpha-D-glucopyranosyl 6-O-dodecyl-alpha-D-glucopyranoside / α-D-グルコピラノシル6-O-ドデシル-α-D-グルコピラノシド


タイプ: saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11
#4: 化合物 ChemComp-MHA / (CARBAMOYLMETHYL-CARBOXYMETHYL-AMINO)-ACETIC ACID / N-(2-ACETAMIDO)IMINODIACETIC ACID / ADA


分子量: 190.154 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H10N2O5 / コメント: pH緩衝剤*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.66 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 10%-20% (v/v) polyethylene glycol monomethyl ether 350 (PEGMME 350), 50 mM ADA (N-(2-Acetamido) iminodiacetic acid) (pH 6.0-7.0), 7.5%-17.5% (v/v) polyethylene glycol 2000 (PEG 2000)
PH範囲: 6.0-7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→99.852 Å / Num. obs: 39501 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 91.1 Å2 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.062 / Rsym value: 0.057 / Net I/av σ(I): 4.8 / Net I/σ(I): 15.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym value% possible all
2.9-3.066.70.71.156820.2910.7590.7100
3.06-3.246.90.4121.854160.170.4460.412100
3.24-3.476.50.239350930.1020.260.239100
3.47-3.745.70.1584.246420.0760.1760.15898.2
3.74-4.16.20.0947.443690.0410.1030.09499.8
4.1-4.596.30.05811.140030.0250.0640.05899.9
4.59-5.296.30.04812.935210.0210.0530.04899.9
5.29-6.486.10.04913.230150.0220.0540.04999.8
6.48-9.1760.0341723730.0150.0370.03499.8
9.17-47.2785.60.0312.213870.0130.0330.0398.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6AJF

6ajf


解像度: 2.9→44.812 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 31.46
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2541 1994 5.1 %
Rwork0.2301 --
obs0.2313 39121 98.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 209.17 Å2 / Biso mean: 102.5389 Å2 / Biso min: 51.56 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.9→44.812 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6713 0 161 0 6874
Biso mean--121.06 --
残基数----873
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0077015
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9879524
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0541093
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061191
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.054297
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.9-2.97250.38621140.326426532767100
2.9725-3.05290.38451580.295926202778100
3.0529-3.14270.31151390.265926572796100
3.1427-3.24410.33351190.256526652784100
3.2441-3.360.32011650.250526262791100
3.36-3.49450.28211570.250226312788100
3.4945-3.65340.3951230.27472552267595
3.6534-3.8460.30691280.2992436256492
3.846-4.08680.25331380.22212656279499
4.0868-4.40210.24781500.195326782828100
4.4021-4.84460.20011500.177426772827100
4.8446-5.54450.21541770.187726852862100
5.5445-6.98120.24961370.234127332870100
6.9812-44.81730.221390.23392858299799
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.16510.3033-0.23930.4724-0.52261.64650.20540.10940.3910.62060.44080.7648-0.5602-0.5673-0.47461.0190.16040.16160.89580.21921.020632.605410.8539-13.3898
24.3275-0.5758-0.41511.6723-0.07221.85940.1491-0.3895-0.1301-0.1219-0.1081-0.25350.07970.1949-0.05030.75910.0714-0.02480.76930.00570.824750.085724.9022-59.1789
30.98310.3701-0.64262.1636-1.92293.462-0.01940.01920.13190.00910.17630.26990.1572-0.3613-0.17750.5656-0.00140.00980.6199-0.0140.694938.8221-13.096-5.8484
41.2757-0.2183-0.52353.1103-1.47312.1954-0.3036-0.5181-0.05051.32460.3932-0.1279-0.5189-0.1375-0.13950.9386-0.0243-0.05920.7772-0.15340.81948.8674-6.021818.9819
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 584 through 751 )A584 - 751
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 752 through 928 )A752 - 928
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid -2 through 470 )A-2 - 470
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 471 through 583 )A471 - 583

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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