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- PDB-6ajg: Crystal structure of mycolic acid transporter MmpL3 from Mycobact... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6ajg | ||||||||||||||||||||||||
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Title | Crystal structure of mycolic acid transporter MmpL3 from Mycobacterium smegmatis complexed with SQ109 | ||||||||||||||||||||||||
![]() | Drug exporters of the RND superfamily-like protein,Endolysin | ||||||||||||||||||||||||
![]() | MEMBRANE PROTEIN / HYDROLASE / transporter / RND family / cell wall biosynthesis / drug target | ||||||||||||||||||||||||
Function / homology | ![]() phosphatidylethanolamine transfer activity / phosphatidylglycerol binding / trehalose transmembrane transporter activity / trehalose transport / mycolate cell wall layer assembly / diacylglycerol binding / cell wall biogenesis / cell pole / cell tip / mycolic acid biosynthetic process ...phosphatidylethanolamine transfer activity / phosphatidylglycerol binding / trehalose transmembrane transporter activity / trehalose transport / mycolate cell wall layer assembly / diacylglycerol binding / cell wall biogenesis / cell pole / cell tip / mycolic acid biosynthetic process / cardiolipin binding / cell septum / phospholipid transport / phosphatidylethanolamine binding / viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / phosphatidylinositol binding / regulation of membrane potential / cell wall organization / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / host cell cytoplasm / defense response to bacterium / response to xenobiotic stimulus / response to antibiotic / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||||||||||||||||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||
![]() | Zhang, B. / Li, J. / Yang, X.L. / Wu, L.J. / Yang, H.T. / Rao, Z.H. | ||||||||||||||||||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Crystal Structures of Membrane Transporter MmpL3, an Anti-TB Drug Target. Authors: Zhang, B. / Li, J. / Yang, X. / Wu, L. / Zhang, J. / Yang, Y. / Zhao, Y. / Zhang, L. / Yang, X. / Yang, X. / Cheng, X. / Liu, Z. / Jiang, B. / Jiang, H. / Guddat, L.W. / Yang, H. / Rao, Z. | ||||||||||||||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 376 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 305.4 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 2 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 2 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 35.1 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 46.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6ajfSC ![]() 6ajhC ![]() 6ajiC ![]() 6ajjC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 104007.633 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: C54T, C97A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: ATCC 700084 / mc(2)155 / Gene: mmpL3, MSMEI_0243, e, T4Tp126 Production host: ![]() References: UniProt: I7G2R2, UniProt: D9IEF7, UniProt: A0QP27*PLUS, lysozyme | ||
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#2: Chemical | ChemComp-3RX / | ||
#3: Sugar | ChemComp-LMT / #4: Chemical | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.31 Å3/Da / Density % sol: 71.47 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 10%-20% (v/v) polyethylene glycol monomethyl ether 350 (PEGMME 350), 50 mM ADA (N-(2-Acetamido) iminodiacetic acid) (pH 6.0-7.0) and 7.5%-17.5% (v/v) polyethylene glycol 2000 (PEG2000) |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jan 21, 2017 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.604→101.522 Å / Num. obs: 54850 / % possible obs: 98.7 % / Redundancy: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 72.37 Å2 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.053 / Rsym value: 0.047 / Net I/av σ(I): 8.9 / Net I/σ(I): 16.6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 6AJF Resolution: 2.604→29.375 Å / SU ML: 0.36 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 27.52 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 253.39 Å2 / Biso mean: 89.2412 Å2 / Biso min: 39.89 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.604→29.375 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 19
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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