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- PDB-6a1k: Phosphate acyltransferase PlsX from B.subtilis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6a1k
タイトルPhosphate acyltransferase PlsX from B.subtilis
要素Phosphate acyltransferase
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / Phosphate acyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphate acyltransferase / phosphate:acyl-[acyl carrier protein] acyltransferase activity / phospholipid biosynthetic process / fatty acid biosynthetic process / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Fatty acid synthesis PlsX protein / Phospholipid biosynthesis protein, PlsX-like / Fatty acid synthesis protein / Isopropylmalate Dehydrogenase / Isopropylmalate Dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Phosphate acyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Guo, Z. / Jiang, Y.
資金援助 香港, 1件
組織認可番号国
Other governmentHKUST_621/13 香港
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2019
タイトル: Identification of an amphipathic peptide sensor of the Bacillus subtilisfluid membrane microdomains.
著者: Jiang, Y. / Dai, X. / Qin, M. / Guo, Z.
履歴
登録2018年6月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphate acyltransferase
B: Phosphate acyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,2254
ポリマ－72,0332
非ポリマー1922
水4,666259
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4410 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area25210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.520, 144.760, 84.840
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number21
Space group name H-MC222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-580-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 1 through 14 or (resid 15...
21(chain B and (resid 1 through 47 or (resid 48...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETPROPRO(chain A and (resid 1 through 14 or (resid 15...AA1 - 141 - 14
12LYSLYSLYSLYS(chain A and (resid 1 through 14 or (resid 15...AA1515
13METMETVALVAL(chain A and (resid 1 through 14 or (resid 15...AA1 - 3261 - 326
14METMETVALVAL(chain A and (resid 1 through 14 or (resid 15...AA1 - 3261 - 326
15METMETVALVAL(chain A and (resid 1 through 14 or (resid 15...AA1 - 3261 - 326
16METMETVALVAL(chain A and (resid 1 through 14 or (resid 15...AA1 - 3261 - 326
21METMETTHRTHR(chain B and (resid 1 through 47 or (resid 48...BB1 - 471 - 47
22THRTHRTHRTHR(chain B and (resid 1 through 47 or (resid 48...BB48 - 4948 - 49
23METMETGLUGLU(chain B and (resid 1 through 47 or (resid 48...BB1 - 3251 - 325
24METMETGLUGLU(chain B and (resid 1 through 47 or (resid 48...BB1 - 3251 - 325
25METMETGLUGLU(chain B and (resid 1 through 47 or (resid 48...BB1 - 3251 - 325
26METMETGLUGLU(chain B and (resid 1 through 47 or (resid 48...BB1 - 3251 - 325

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要素

#1: タンパク質 Phosphate acyltransferase / Acyl-ACP phosphotransacylase / Acyl-[acyl-carrier-protein]--phosphate acyltransferase / Phosphate- ...Acyl-ACP phosphotransacylase / Acyl-[acyl-carrier-protein]--phosphate acyltransferase / Phosphate-acyl-ACP acyltransferase


分子量: 36016.277 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: plsX, ylpD, BSU15890 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C43(DE3)
参照: UniProt: P71018, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 259 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.08 M Tris 8.0, 0.16 M Li2SO4, 21% PEG 4000, 0.012 mM CYMAL 7, 5 % t-butanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17B1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年9月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→33.29 Å / Num. obs: 29907 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 26.66 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rpim(I) all: 0.062 / Rrim(I) all: 0.118 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル解像度: 2.3→2.382 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.428 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique obs: 2564 / CC1/2: 0.929 / Rpim(I) all: 0.273 / Rrim(I) all: 0.51 / % possible all: 90.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimlessデータスケーリング
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
MOSFLMデータ削減
PHENIX位相決定
精密化解像度: 2.3→33.288 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.56 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2376 1998 6.93 %
Rwork0.2018 26831 -
obs0.2043 28829 95.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 92.16 Å2 / Biso mean: 31.6819 Å2 / Biso min: 8.33 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→33.288 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4617 0 10 259 4886
Biso mean--72.95 36.86 -
残基数----651
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074680
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9766370
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054799
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009825
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.3383319
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2678X-RAY DIFFRACTION10.821TORSIONAL
12B2678X-RAY DIFFRACTION10.821TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3-2.35750.26321310.21531755188690
2.3575-2.42130.31021320.22241781191391
2.4213-2.49250.27841360.23411825196192
2.4925-2.57290.25461370.22671846198394
2.5729-2.66480.26741430.241912205596
2.6648-2.77150.30571410.23931900204198
2.7715-2.89750.27811470.24121974212199
2.8975-3.05020.30511460.24371965211199
3.0502-3.24120.22291470.22361972211999
3.2412-3.49120.23181470.20351973212099
3.4912-3.8420.22381480.18071983213199
3.842-4.39690.20631450.16171950209597
4.3969-5.53550.19431440.16641920206494
5.5355-33.29140.20391540.19082075222997
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 27.9069 Å / Origin y: 6.5844 Å / Origin z: 20.3418 Å
111213212223313233
T0.0698 Å20.0208 Å2-0.0079 Å2-0.0904 Å20.0351 Å2--0.0819 Å2
L0.1066 °20.1454 °2-0.0818 °2-0.2646 °2-0.0186 °2--0.2684 °2
S0.014 Å °-0.0679 Å °-0.0101 Å °-0.0087 Å °-0.0019 Å °-0.0792 Å °0.0374 Å °-0.0478 Å °0.0147 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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