PDB-5tjj: Crystal structure of IcIR transcriptional regulator from Alicyclo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5tjj

タイトル

Crystal structure of IcIR transcriptional regulator from Alicyclobacillus acidocaldarius

要素

Transcriptional regulator, IclR family

キーワード

TRANSCRIPTION / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Michalska, K. / Mack, J.C. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of IcIR transcriptional regulator from Alicyclobacillus acidocaldarius
著者: Michalska, K. / Mack, J.C. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

履歴

登録	2016年10月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年10月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月6日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5tjj.cif.gz	208.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5tjj.ent.gz	169.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5tjj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tj/5tjj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tj/5tjj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3t7h-d 5nqa-1 4jpz-1 1g2a-d 2web-1 2jij-d 4xtk-1 4mul-d 6e6t-d 3ivx-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: APC101006 TargetTrack: MCSG-APC101006

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (1) #152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Transcriptional regulator, IclR family

B: Transcriptional regulator, IclR family

ヘテロ分子

58.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	98.380, 98.380, 119.485
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Transcriptional regulator, IclR family 分子量: 29022.539 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius (strain ATCC 27009 / DSM 446 / JCM 5260 / NBRC 15652 / NCIMB 11725 / NRRL B-14509 / 104-1A) (バクテリア) 株: ATCC 27009 / DSM 446 / JCM 5260 / NBRC 15652 / NCIMB 11725 / NRRL B-14509 / 104-1A 遺伝子: Aaci_0162 / プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) Magic / 参照: UniProt: C8WQP8
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.85 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.8 M succinic acid, pH 7.0, cryo 30% glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97926 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月7日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→30 Å / Num. obs: 20970 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.7 % / R_merge(I) obs: 0.122 / Net I/σ(I): 12.56
反射シェル	解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 4.8 % / R_merge(I) obs: 0.9 / Mean I/σ(I) obs: 1.99 / CC_1/2: 0.632 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0155	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定
BUCCANEER		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.5→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.927 / SU B: 20.669 / SU ML: 0.211 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.494 / ESU R Free: 0.268 / 立体化学のターゲット値: Maximum likelihood / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23426	1051	5 %	RANDOM
R_work	0.18967	-	-	-
obs	0.19198	19818	99.76 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 50.146 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.61 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.61 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.22 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.5→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3949	0	6	44	3999

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.019	4029
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	3907
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.479	1.964	5468
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.962	3	8937
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.651	5	502
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.185	22.623	183
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.82	15	662
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.73	15	42
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	623
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	4556
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	938
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.165	3.243	2014
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.164	3.242	2013
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.921	4.861	2514
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.92	4.862	2515
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.616	3.545	2015
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.615	3.545	2015
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.6	5.216	2955
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	3.532	37.777	4282
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	3.532	37.79	4283
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.564 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.28	80	-
R_work	0.253	1414	-
obs	-	-	99.93 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.1912	-1.232	2.09	5.7576	-1.5127	2.0934	-0.0033	0.0359	0.3326	0.3427	-0.1181	-0.2165	-0.3163	0.2631	0.1214	0.1621	-0.0624	0.021	0.0594	-0.0195	0.0564	77.3795	59.6543	50.0908
2	3.3995	0.7031	2.4347	2.4609	0.7739	7.3993	-0.0999	-0.0497	-0.0873	0.3562	-0.0001	-0.0209	0.1608	0.2773	0.1	0.0705	0.0135	0.0064	0.0185	0.0156	0.0705	74.9654	45.8487	48.1182
3	10.881	-4.8875	4.915	5.6341	-1.9938	4.4063	0.0704	0.0547	-0.0434	-0.0082	-0.0448	-0.0341	0.0562	0.1172	-0.0256	0.0603	-0.0524	0.0466	0.0527	-0.0427	0.0387	81.2825	36.9831	23.1881
4	5.1071	-0.5859	2.4672	0.8742	0.1406	2.2637	0.2848	0.6331	0.017	-0.044	-0.0799	-0.0883	0.1988	0.431	-0.2049	0.1441	0.0465	0.0196	0.1774	-0.0281	0.0707	94.5261	37.4558	18.9481
5	2.5122	0.1806	-1.1638	2.9788	2.0052	8.3035	0.0876	0.1212	0.2244	-0.1326	-0.074	0.1077	-0.1055	0.0667	-0.0137	0.0105	0.0074	-0.0006	0.017	0.0158	0.1049	85.3954	45.7463	21.8076
6	2.8594	-1.3391	1.4457	3.3098	-1.3215	2.6308	-0.1361	-0.1046	0.198	0.0994	0.1066	0.1106	-0.2317	-0.0962	0.0296	0.049	-0.0182	0.0212	0.0304	-0.0268	0.0531	65.3305	48.6947	44.6089
7	4.6194	-0.5268	-0.337	2.688	-0.9579	6.1216	-0.1262	-0.0398	0.02	0.1306	0.0704	0.1655	0.16	0.0129	0.0559	0.0301	-0.0265	-0.0063	0.0732	0.0264	0.0967	68.4218	33.4296	60.4595
8	0.0564	0.0758	-0.0052	9.2577	1.5429	0.2653	-0.051	-0.092	-0.0866	-0.11	0.0021	0.1133	-0.0281	0.036	0.049	0.3141	0.0222	0.0502	0.3169	0.0106	0.2708	56.6405	41.1858	72.2009
9	5.2506	0.7996	0.1385	3.7745	0.7449	5.4791	0.043	-0.8332	0.3195	0.6894	-0.1625	0.3744	-0.0756	-0.2791	0.1194	0.1429	0.0025	0.0808	0.1499	-0.0382	0.1058	64.9938	31.371	71.049
10	10.0193	6.2563	1.294	7.4331	0.7445	2.96	-0.0342	0.0572	-0.3511	-0.0472	-0.0543	-0.2776	0.116	0.2289	0.0885	0.0762	0.0865	0.0137	0.1442	0.0091	0.033	74.6371	24.1842	64.6681

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 52
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	53 - 91
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	92 - 121
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	122 - 184
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	185 - 254
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	3 - 91
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	92 - 154
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	155 - 167
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	168 - 218
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	219 - 252

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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