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- PDB-5zrf: Crystal structure of human topoisomerase II beta in complex with ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5zrf | ||||||
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Title | Crystal structure of human topoisomerase II beta in complex with 5-iodouridine-containing-DNA and etoposide in space group p21 | ||||||
![]() |
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![]() | ISOMERASE/DNA / Type II topoisomerase / Anti-cancer drug / TopoII cleavage complex / Isomerase-DNA complex / ISOMERASE-DNA-ISOMERASE INHIBITOR complex | ||||||
Function / homology | ![]() positive regulation of single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / sister chromatid segregation / resolution of meiotic recombination intermediates / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / cellular response to ATP / positive regulation of double-strand break repair via nonhomologous end joining / DNA topological change / SUMOylation of DNA replication proteins / ribonucleoprotein complex binding ...positive regulation of single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / sister chromatid segregation / resolution of meiotic recombination intermediates / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / cellular response to ATP / positive regulation of double-strand break repair via nonhomologous end joining / DNA topological change / SUMOylation of DNA replication proteins / ribonucleoprotein complex binding / forebrain development / B cell differentiation / axonogenesis / neuron migration / cellular response to hydrogen peroxide / cellular senescence / ribonucleoprotein complex / chromatin binding / nucleolus / DNA binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / metal ion binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() synthetic construct (others) | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chen, S.F. / Wang, Y.R. / Wu, C.C. / Chan, N.L. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural insights into the gating of DNA passage by the topoisomerase II DNA-gate. Authors: Chen, S.F. / Huang, N.L. / Lin, J.H. / Wu, C.C. / Wang, Y.R. / Yu, Y.J. / Gilson, M.K. / Chan, N.L. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 1.1 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 54.4 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 78.4 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5zenC ![]() 5zqfC ![]() 3qx3S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Protein / DNA chain / DNA/RNA hybrid , 3 types, 6 molecules ABCEDF
#1: Protein | Mass: 91928.367 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: DNA chain | Mass: 2436.619 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) #3: DNA/RNA hybrid | Mass: 4037.988 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
---|
-Non-polymers , 3 types, 532 molecules ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/EVP.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/EVP.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: Chemical | ChemComp-MG / #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.14 Å3/Da / Density % sol: 60.86 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: Magnesium Acetate, 2-(N-morpholino)ethanesulfonic, 2-methyl-2,4-pentanediol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: RAYONIX MX300HE / Detector: CCD / Date: May 17, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.3→20 Å / Num. obs: 99792 / % possible obs: 92.2 % / Redundancy: 2.9 % / CC1/2: 0.93 / Net I/σ(I): 18.4 |
Reflection shell | Resolution: 2.3→2.38 Å / CC1/2: 0.738 / Rsym value: 0.473 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 3QX3 Resolution: 2.3→19.869 Å / SU ML: 0.22 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 23.34 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.3→19.869 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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