PDB-5zj0: Crystal structure of Xanthomonas campestris FlgL (space group C2)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5zj0

タイトル

Crystal structure of Xanthomonas campestris FlgL (space group C2)

要素

Flagellar hook protein FlgL

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / flagellum / junction

機能・相同性

機能・相同性情報

bacterial-type flagellum hook / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / structural molecule activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Xanthomonas campestris (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Hong, H.J. / Kim, T.H. / Song, W.S. / Yoon, S.I.

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2018
タイトル: Crystal structure of FlgL and its implications for flagellar assembly
著者: Hong, H.J. / Kim, T.H. / Song, W.S. / Ko, H.J. / Lee, G.S. / Kang, S.G. / Kim, P.H. / Yoon, S.I.

履歴

登録	2018年3月18日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年10月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5zj0.cif.gz	131.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5zj0.ent.gz	101.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5zj0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5zj0_validation.pdf.gz	429.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5zj0_full_validation.pdf.gz	431.2 KB	表示
XML形式データ	5zj0_validation.xml.gz	14.4 KB	表示
CIF形式データ	5zj0_validation.cif.gz	20.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zj/5zj0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zj/5zj0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ziyC 5zizSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5tv1-d 6wqd-d 3ugu-d 5ghe-d 4abn-2 4zrg-d 3lh9-2 4mxt-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Flagellar hook protein FlgL

34 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

2

A: Flagellar hook protein FlgL

ソフトウェアが定義した集合体
68 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.182, 63.695, 51.284
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 105.16, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-465- HOH
2	1	A-478- HOH

#1: タンパク質	Flagellar hook protein FlgL 分子量: 34016.879 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 4-364 / 変異: A340V / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Xanthomonas campestris (バクテリア) 遺伝子: RT95_19740 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: A0A0D0KCW5, UniProt: A0A3E1L4S6*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.01 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 19% PEG6000, 0.1M Hepes, pH 7.0, and 1.0M lithium chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 291 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 1.00004 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2017年7月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.00004 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→30 Å / Num. obs: 24596 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 25
反射シェル	解像度: 1.9→1.93 Å / R_merge(I) obs: 0.386 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique obs: 1209

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0109	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5ZIZ

5ziz

解像度: 1.9→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.921 / SU B: 8.096 / SU ML: 0.122 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.169 / ESU R Free: 0.157 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2512	1164	4.8 %	RANDOM
R_work	0.20662	-	-	-
obs	0.20871	23167	98.72 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.038 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.15 Å²	0 Å²	0.13 Å²
2-	-	1.19 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.9→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2248	0	0	149	2397

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.021	2280
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1452
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.211	1.949	3095
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.886	3	3570
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.592	5	311
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.165	25.8	100
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.646	15	370
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.078	15	13
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.069	0.2	368
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	2644
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	428
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.572	1.5	1530
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.144	1.5	639
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.061	2	2438
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.167	3	750
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.249	4.5	655
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.368	81	-
R_work	0.306	1644	-
obs	-	-	97.29 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.3121	0.1211	2.2427	0.5273	0.1513	2.0309	-0.1301	0.2588	0.3286	0.0033	-0.0663	0.0728	-0.2583	-0.0165	0.1964	0.1604	0.0351	-0.0538	0.3407	0.0188	0.0647	-12.11	-10.574	3.863
2	2.9938	-0.0796	3.0982	0.5181	-0.9382	5.3301	0.0811	0.0838	-0.1036	-0.0296	0.044	0.0832	0.2607	-0.413	-0.1251	0.161	0.0109	-0.0396	0.4604	-0.0552	0.0724	-21.524	-19.566	3.145
3	4.5209	-2.1033	-0.6841	2.5036	0.4599	2.4569	0.0682	0.1793	-0.6617	0.0096	-0.181	0.2651	0.4663	0.3606	0.1128	0.2596	0.1074	-0.048	0.3541	0.0197	0.1164	12.22	-34.889	12.152
4	2.6058	0.0157	1.7014	0.4439	-0.1431	1.7351	-0.003	0.4995	0.2119	-0.0248	-0.1307	0.0744	0.1249	0.3637	0.1337	0.1253	0.0237	-0.0424	0.3657	0.014	0.0512	-10.118	-15.71	0.677

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	54 - 128
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	129 - 188
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	189 - 282
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	283 - 362

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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