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Yorodumi- PDB-6wqd: The 1.95 A Crystal Structure of the Co-factor Complex of NSP7 and... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6wqd | ||||||
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Title | The 1.95 A Crystal Structure of the Co-factor Complex of NSP7 and the C-terminal Domain of NSP8 from SARS-CoV-2 | ||||||
Components |
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Keywords | VIRAL PROTEIN / SARS CoV-2 / co-factor for RNA polymerase NSP12 / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID | ||||||
Function / homology | Function and homology information protein guanylyltransferase activity / RNA endonuclease activity, producing 3'-phosphomonoesters / mRNA guanylyltransferase activity / 5'-3' RNA helicase activity / Lyases; Phosphorus-oxygen lyases / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / ISG15-specific peptidase activity / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs ...protein guanylyltransferase activity / RNA endonuclease activity, producing 3'-phosphomonoesters / mRNA guanylyltransferase activity / 5'-3' RNA helicase activity / Lyases; Phosphorus-oxygen lyases / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / ISG15-specific peptidase activity / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / TRAF3-dependent IRF activation pathway / Replication of the SARS-CoV-2 genome / snRNP Assembly / double membrane vesicle viral factory outer membrane / Hydrolases; Acting on ester bonds; Exoribonucleases producing 5'-phosphomonoesters / 5'-3' DNA helicase activity / SARS coronavirus main proteinase / 3'-5'-RNA exonuclease activity / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / host cell endosome / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / symbiont-mediated degradation of host mRNA / mRNA guanylyltransferase / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / G-quadruplex RNA binding / omega peptidase activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / SARS-CoV-2 modulates host translation machinery / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / host cell Golgi apparatus / methyltransferase cap1 / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / DNA helicase / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / Hydrolases; Acting on peptide bonds (peptidases); Cysteine endopeptidases / single-stranded RNA binding / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / viral protein processing / lyase activity / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / RNA helicase / induction by virus of host autophagy / copper ion binding / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / virus-mediated perturbation of host defense response / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / lipid binding / host cell nucleus / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.95 Å | ||||||
Authors | Kim, Y. / Wilamowski, M. / Jedrzejczak, R. / Maltseva, N. / Endres, M. / Godzik, A. / Michalska, K. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Biophys.J. / Year: 2021 Title: Transient and stabilized complexes of Nsp7, Nsp8, and Nsp12 in SARS-CoV-2 replication. Authors: Wilamowski, M. / Hammel, M. / Leite, W. / Zhang, Q. / Kim, Y. / Weiss, K.L. / Jedrzejczak, R. / Rosenberg, D.J. / Fan, Y. / Wower, J. / Bierma, J.C. / Sarker, A.H. / Tsutakawa, S.E. / ...Authors: Wilamowski, M. / Hammel, M. / Leite, W. / Zhang, Q. / Kim, Y. / Weiss, K.L. / Jedrzejczak, R. / Rosenberg, D.J. / Fan, Y. / Wower, J. / Bierma, J.C. / Sarker, A.H. / Tsutakawa, S.E. / Pingali, S.V. / O'Neill, H.M. / Joachimiak, A. / Hura, G.L. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6wqd.cif.gz | 201.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6wqd.ent.gz | 133.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6wqd.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6wqd_validation.pdf.gz | 459.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6wqd_full_validation.pdf.gz | 460.5 KB | Display | |
Data in XML | 6wqd_validation.xml.gz | 15.7 KB | Display | |
Data in CIF | 6wqd_validation.cif.gz | 21.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wq/6wqd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wq/6wqd | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6wiqSC 6xipC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 9521.062 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 3860-3942 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 Gene: rep, 1a-1b / Plasmid: pMCSG53 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Variant (production host): Gold / References: UniProt: P0DTD1 #2: Protein | Mass: 13515.529 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: C-terminal domain (UNP residues 4019-4140) Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 Gene: rep, 1a-1b / Plasmid: pMCSG120 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Variant (production host): Gold / References: UniProt: P0DTD1 #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.39 Å3/Da / Density % sol: 48.43 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M Tris, pH 8.5, 20% w/v PEG8000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97918 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 X 6M / Detector: PIXEL / Date: Apr 23, 2020 |
Radiation | Monochromator: double crystal Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.85→50 Å / Num. obs: 30923 / % possible obs: 97.3 % / Redundancy: 8.7 % / Biso Wilson estimate: 38.62 Å2 / CC1/2: 0.962 / Rmerge(I) obs: 0.188 / Net I/σ(I): 22.5 |
Reflection shell | Resolution: 1.95→1.98 Å / Redundancy: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 1.15 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 1220 / CC1/2: 0.456 / % possible all: 77.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 6WIQ Resolution: 1.95→41.12 Å / SU ML: 0.2907 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 29.6433
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 53.15 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.95→41.12 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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