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- PDB-6wh4: Crystal structure of HTR2A with inverse agonist -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wh4
タイトルCrystal structure of HTR2A with inverse agonist
要素5-hydroxytryptamine receptor 2A,Soluble cytochrome b562 fusion
キーワードMEMBRANE PROTEIN / HTR2A
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of heat generation / protein localization to cytoskeleton / 1-(4-iodo-2,5-dimethoxyphenyl)propan-2-amine binding / Gq/11-coupled serotonin receptor activity / positive regulation of phosphatidylinositol biosynthetic process / G protein-coupled serotonin receptor signaling pathway / G protein-coupled serotonin receptor complex / neurofilament / Serotonin receptors / serotonin receptor activity ...positive regulation of heat generation / protein localization to cytoskeleton / 1-(4-iodo-2,5-dimethoxyphenyl)propan-2-amine binding / Gq/11-coupled serotonin receptor activity / positive regulation of phosphatidylinositol biosynthetic process / G protein-coupled serotonin receptor signaling pathway / G protein-coupled serotonin receptor complex / neurofilament / Serotonin receptors / serotonin receptor activity / cell body fiber / G protein-coupled serotonin receptor activity / phospholipase C-activating serotonin receptor signaling pathway / artery smooth muscle contraction / positive regulation of cytokine production involved in immune response / serotonin receptor signaling pathway / sensitization / urinary bladder smooth muscle contraction / neurotransmitter receptor activity / serotonin binding / negative regulation of synaptic transmission, glutamatergic / positive regulation of platelet aggregation / positive regulation of DNA biosynthetic process / temperature homeostasis / regulation of dopamine secretion / behavioral response to cocaine / negative regulation of potassium ion transport / detection of temperature stimulus involved in sensory perception of pain / protein tyrosine kinase activator activity / positive regulation of execution phase of apoptosis / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / positive regulation of fat cell differentiation / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / positive regulation of vasoconstriction / release of sequestered calcium ion into cytosol / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / dendritic shaft / positive regulation of glycolytic process / glycolytic process / electron transport chain / caveola / memory / intracellular calcium ion homeostasis / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of neuron apoptotic process / presynaptic membrane / virus receptor activity / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / cytoplasmic vesicle / chemical synaptic transmission / G alpha (q) signalling events / postsynaptic membrane / periplasmic space / electron transfer activity / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / iron ion binding / response to xenobiotic stimulus / axon / neuronal cell body / positive regulation of cell population proliferation / heme binding / dendrite / protein-containing complex binding / glutamatergic synapse / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
5-Hydroxytryptamine 2A receptor / 5-hydroxytryptamine receptor family / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-89F / CHOLESTEROL / ETHYL DIMETHYL AMMONIO PROPANE SULFONATE / OLEIC ACID / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Soluble cytochrome b562 / 5-hydroxytryptamine receptor 2A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Kim, K.L. / Che, T. / Krumm, B.E. / Roth, B.L.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute on Drug Abuse (NIH/NIDA)R37 DA045657 米国
National Institutes of Health/National Institute of Mental Health (NIH/NIMH)RO1 MH112205 米国
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2020
タイトル: Structure of a Hallucinogen-Activated Gq-Coupled 5-HT 2A Serotonin Receptor
著者: Kim, K.L. / Che, T. / Panova, O. / DiBerto, J.F. / Lyu, J. / Krumm, B.E. / Wacker, D. / Robertson, M.J. / Seven, A.B. / Nichols, D.E. / Shoichet, B.K. / Skiniotis, G. / Roth, B.L.
履歴
登録2020年4月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5-hydroxytryptamine receptor 2A,Soluble cytochrome b562 fusion
B: 5-hydroxytryptamine receptor 2A,Soluble cytochrome b562 fusion
C: 5-hydroxytryptamine receptor 2A,Soluble cytochrome b562 fusion
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)155,43618
ポリマ－151,6053
非ポリマー3,83115
水00
1
A: 5-hydroxytryptamine receptor 2A,Soluble cytochrome b562 fusion
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,9496
ポリマ－50,5351
非ポリマー1,4145
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: 5-hydroxytryptamine receptor 2A,Soluble cytochrome b562 fusion
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,2804
ポリマ－50,5351
非ポリマー7453
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: 5-hydroxytryptamine receptor 2A,Soluble cytochrome b562 fusion
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,2068
ポリマ－50,5351
非ポリマー1,6717
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.380, 177.310, 280.590
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 5-hydroxytryptamine receptor 2A,Soluble cytochrome b562 fusion / 5-HT-2A / Serotonin receptor 2A / Cytochrome b-562


分子量: 50534.918 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: HTR2A, HTR2, cybC
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P28223, UniProt: P0ABE7

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非ポリマー , 6種, 15分子

#2: 化合物 ChemComp-89F / 1-methyl-4-[(5~{S})-3-methylsulfanyl-5,6-dihydrobenzo[b][1]benzothiepin-5-yl]piperazine / Methiothepin / Metitepine / (+)-メチテピン


分子量: 356.548 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H24N2S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗精神病薬, アンタゴニスト*YM
#3: 化合物
ChemComp-OLA / OLEIC ACID / オレイン酸


分子量: 282.461 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O2
#4: 化合物 ChemComp-CLR / CHOLESTEROL / コレステロ-ル


分子量: 386.654 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O
#5: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物 ChemComp-NDS / ETHYL DIMETHYL AMMONIO PROPANE SULFONATE


分子量: 195.280 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H17NO3S
#7: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.55 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 7
詳細: 100 mM Tris (pH7.0) 380 mM potassium phosphate-monobasic 33% PEG 400 100 mM Guanidine HCL 300 mM NDSB-195

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.03317 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03317 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→34.78 Å / Num. obs: 41269 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 65.18 Å2 / CC1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 4.2
反射 シェル解像度: 3→3.12 Å / Num. unique obs: 4468 / CC1/2: 0.306

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
Cootモデル構築
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5TVN

5tvn


解像度: 3.4→33.5 Å / SU ML: 0.4708 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 30.5739
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3037 1336 5.12 %
Rwork0.2581 24760 -
obs0.2604 26096 90.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 48.64 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.4→33.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7863 0 245 0 8108
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01178258
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.501511302
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07141400
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00911378
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.41161337
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.4-3.520.3275630.29351176X-RAY DIFFRACTION44.09
3.52-3.660.3221890.29341826X-RAY DIFFRACTION67.72
3.66-3.830.33951420.2712579X-RAY DIFFRACTION95.98
3.83-4.030.33711460.25372709X-RAY DIFFRACTION100
4.03-4.280.3081530.24672685X-RAY DIFFRACTION99.96
4.28-4.610.27161650.23062708X-RAY DIFFRACTION100
4.61-5.070.28921400.232714X-RAY DIFFRACTION99.76
5.07-5.810.26131400.26762741X-RAY DIFFRACTION99.83
5.81-7.30.35951620.32592745X-RAY DIFFRACTION100
7.3-33.50.281360.24622877X-RAY DIFFRACTION99.28

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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