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Yorodumi- PDB-6wiq: Crystal structure of the co-factor complex of NSP7 and the C-term... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 6wiq | |||||||||
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| Title | Crystal structure of the co-factor complex of NSP7 and the C-terminal domain of NSP8 from SARS CoV-2 | |||||||||
Components |
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Keywords | VIRAL PROTEIN / SARS CoV-2 / co-factor for RNA polymerase NSP12 / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID | |||||||||
| Function / homology | Function and homology informationprotein guanylyltransferase activity / RNA endonuclease activity producing 3'-phosphomonoesters, hydrolytic mechanism / mRNA guanylyltransferase activity / 5'-3' RNA helicase activity / Lyases; Phosphorus-oxygen lyases / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / Maturation of replicase proteins / TRAF3-dependent IRF activation pathway / ISG15-specific peptidase activity ...protein guanylyltransferase activity / RNA endonuclease activity producing 3'-phosphomonoesters, hydrolytic mechanism / mRNA guanylyltransferase activity / 5'-3' RNA helicase activity / Lyases; Phosphorus-oxygen lyases / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / Maturation of replicase proteins / TRAF3-dependent IRF activation pathway / ISG15-specific peptidase activity / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / snRNP Assembly / Replication of the SARS-CoV-2 genome / Hydrolases; Acting on ester bonds; Exoribonucleases producing 5'-phosphomonoesters / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / double membrane vesicle viral factory outer membrane / SARS coronavirus main proteinase / 5'-3' DNA helicase activity / 3'-5'-RNA exonuclease activity / host cell endosome / symbiont-mediated degradation of host mRNA / mRNA guanylyltransferase / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / G-quadruplex RNA binding / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / omega peptidase activity / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / SARS-CoV-2 modulates host translation machinery / methyltransferase cap1 / host cell Golgi apparatus / symbiont-mediated suppression of host NF-kappaB cascade / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / DNA helicase / methyltransferase cap1 activity / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / Hydrolases; Acting on peptide bonds (peptidases); Cysteine endopeptidases / single-stranded RNA binding / regulation of autophagy / host cell perinuclear region of cytoplasm / viral protein processing / lyase activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / RNA helicase / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont-mediated suppression of host gene expression / copper ion binding / viral translational frameshifting / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / lipid binding / host cell nucleus / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane Similarity search - Function | |||||||||
| Biological species | ![]() | |||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.85 Å | |||||||||
Authors | Wilamowski, M. / Kim, Y. / Jedrzejczak, R. / Maltseva, N. / Endres, M. / Godzik, A. / Michalska, K. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | |||||||||
| Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Biophys.J. / Year: 2021Title: Transient and stabilized complexes of Nsp7, Nsp8, and Nsp12 in SARS-CoV-2 replication. Authors: Wilamowski, M. / Hammel, M. / Leite, W. / Zhang, Q. / Kim, Y. / Weiss, K.L. / Jedrzejczak, R. / Rosenberg, D.J. / Fan, Y. / Wower, J. / Bierma, J.C. / Sarker, A.H. / Tsutakawa, S.E. / ...Authors: Wilamowski, M. / Hammel, M. / Leite, W. / Zhang, Q. / Kim, Y. / Weiss, K.L. / Jedrzejczak, R. / Rosenberg, D.J. / Fan, Y. / Wower, J. / Bierma, J.C. / Sarker, A.H. / Tsutakawa, S.E. / Pingali, S.V. / O'Neill, H.M. / Joachimiak, A. / Hura, G.L. | |||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 6wiq.cif.gz | 112 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb6wiq.ent.gz | 72.4 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 6wiq.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 6wiq_validation.pdf.gz | 429.2 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 6wiq_full_validation.pdf.gz | 429.3 KB | Display | |
| Data in XML | 6wiq_validation.xml.gz | 8.6 KB | Display | |
| Data in CIF | 6wiq_validation.cif.gz | 10.5 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wi/6wiq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wi/6wiq | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 6wqdC ![]() 6xipC ![]() 5f22S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 9521.062 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 3860-3942 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: rep, 1a-1b / Production host: ![]() |
|---|---|
| #2: Protein | Mass: 13515.529 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: C-terminal domain (UNP residues 4019-4140) Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: rep, 1a-1b / Production host: ![]() |
| Has protein modification | Y |
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.31 Å3/Da / Density % sol: 46.81 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: 0.1 M Tris, pH 8.5, 1.5 M ammonium phosphate dibasic |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97918 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 X 6M / Detector: PIXEL / Date: Apr 9, 2020 |
| Radiation | Monochromator: double crystal Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.85→50 Å / Num. obs: 5144 / % possible obs: 97.9 % / Redundancy: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 105.9 Å2 / CC1/2: 0.853 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 18.2 |
| Reflection shell | Resolution: 2.85→2.9 Å / Rmerge(I) obs: 1.114 / Mean I/σ(I) obs: 1.01 / Num. unique obs: 235 / CC1/2: 0.468 / % possible all: 88.7 |
-
Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: PDB entry 5F22 Resolution: 2.85→35.39 Å / SU ML: 0.2836 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / Phase error: 24.2918
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 125.61 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.85→35.39 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Movie
Controller
About Yorodumi




X-RAY DIFFRACTION
United States, 1items
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PDBj










