PDB-5z27: Crystal structure of highly active BTUO mutant P287G without dehy...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5z27

タイトル

Crystal structure of highly active BTUO mutant P287G without dehydration

要素

Uric acid degradation bifunctional protein

キーワード

OXIDOREDUCTASE / protein engineering / enzyme / loop flexibility / entropy of activation

機能・相同性

機能・相同性情報

2-oxo-4-hydroxy-4-carboxy-5-ureidoimidazoline decarboxylase activity / 2-oxo-4-hydroxy-4-carboxy-5-ureidoimidazoline decarboxylase / factor-independent urate hydroxylase / urate oxidase activity / allantoin metabolic process / urate catabolic process / purine nucleobase metabolic process / peroxisome
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Hibi, T. / Itoh, T. / Nishiya, Y.

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Flexibility of a Distal Interface Loop Modulates Water Network in the Active Site of Bacillus sp. TB-90 Urate Oxidase
著者: Hibi, T. / Itoh, T. / Nishiya, Y.

履歴

登録	2017年12月29日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年1月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5z27.cif.gz	355 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5z27.ent.gz	293.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5z27.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5z27_validation.pdf.gz	471.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5z27_full_validation.pdf.gz	472.3 KB	表示
XML形式データ	5z27_validation.xml.gz	27.9 KB	表示
CIF形式データ	5z27_validation.cif.gz	41.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z2/5z27 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z2/5z27	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5yjaC 5z2bC 7cmnC 7cmqC 4xfpS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5y52-d 5z2b-1 4xfp-d 3wlv-d 5yj2-d 5yja-d 5y2p-1 5ayj-d 7cmq-1 7cuc-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#117 - 2009年9月キサンチン酸化還元酵素 (Xanthine Oxidoreductase) 類似性 (5) #263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (1) #41 - 2003年5月ヘモグロビン (Hemoglobin) 類似性 (1) #159 - 2013年3月エリスロクルオリン (Erythrocruorin) 類似性 (1) #186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (1) #206 - 2017年2月グロビンの進化 (Globin Evolution) 類似性 (1) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#117 - 2009年9月
キサンチン酸化還元酵素 (Xanthine Oxidoreductase)
類似性 (5)
#263 - 2021年11月
アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase)
類似性 (1)
#41 - 2003年5月
ヘモグロビン (Hemoglobin)
類似性 (1)
#159 - 2013年3月
エリスロクルオリン (Erythrocruorin)
類似性 (1)
#186 - 2015年6月
終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products)
類似性 (1)
#206 - 2017年2月
グロビンの進化 (Globin Evolution)
類似性 (1)
#257 - 2021年5月
胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Uric acid degradation bifunctional protein

B: Uric acid degradation bifunctional protein

ヘテロ分子

74.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Uric acid degradation bifunctional protein

B: Uric acid degradation bifunctional protein

ヘテロ分子

A: Uric acid degradation bifunctional protein

B: Uric acid degradation bifunctional protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
150 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.496, 133.047, 144.717
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Uric acid degradation bifunctional protein / urate oxidase 分子量: 37067.594 Da / 分子数: 2 / 変異: p287G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus sp. (バクテリア) / 株: TB-90 / 遺伝子: uao / 発現宿主: Escherichia coli DH5[alpha] (大腸菌) 参照: UniProt: Q45697, factor-independent urate hydroxylase

-
非ポリマー , 6種, 550分子

#2: 化合物	ChemComp-AZA / 8-AZAXANTHINE / 8-アザキサンチン分子量: 153.099 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₃N₅O₂
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-OXY / OXYGEN MOLECULE / ペルオキシド分子量: 31.999 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: O₂
#5: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#6: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 542 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.66 %
結晶化	温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 16% PEG 8000, 0.1 M Tris-HCl, 0.08 M K2SO4, 2 mM 8-azaxthantine

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: AichiSR / ビームライン: BL2S1 / 波長: 1.12 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年1月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.12 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 85987 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 4.2 % / B_iso Wilson estimate: 27.5 Å² / R_merge(I) obs: 0.078 / R_pim(I) all: 0.04 / R_rim(I) all: 0.088 / Net I/σ(I): 15.7
反射シェル	解像度: 1.6→1.63 Å / R_merge(I) obs: 0.576 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 4405 / CC_1/2: 0.676 / R_pim(I) all: 0.322 / R_rim(I) all: 0.664 / Χ²: 1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.12_2829)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4XFP

4xfp

解像度: 1.6→45.35 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.75 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1787	1996	2.32 %
R_work	0.163	-	-
obs	0.1634	85973	95.72 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→45.35 Å

	タンパク質

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