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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5ywd | ||||||||||||||||||
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タイトル | Structure of pancreatic ATP-sensitive potassium channel bound with Mg-ADP (focused refinement of SUR1 ABC transporter module at 4.22A) | ||||||||||||||||||
![]() | ATP-binding cassette sub-family C member 8 isoform X2 | ||||||||||||||||||
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機能・相同性 | ![]() glutamate secretion, neurotransmission / inward rectifying potassium channel / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||
![]() | Chen, L. / Wu, J.X. | ||||||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Ligand binding and conformational changes of SUR1 subunit in pancreatic ATP-sensitive potassium channels. 著者: Jing-Xiang Wu / Dian Ding / Mengmeng Wang / Yunlu Kang / Xin Zeng / Lei Chen / ![]() 要旨: ATP-sensitive potassium channels (K) are energy sensors on the plasma membrane. By sensing the intracellular ADP/ATP ratio of β-cells, pancreatic K channels control insulin release and regulate ...ATP-sensitive potassium channels (K) are energy sensors on the plasma membrane. By sensing the intracellular ADP/ATP ratio of β-cells, pancreatic K channels control insulin release and regulate metabolism at the whole body level. They are implicated in many metabolic disorders and diseases and are therefore important drug targets. Here, we present three structures of pancreatic K channels solved by cryo-electron microscopy (cryo-EM), at resolutions ranging from 4.1 to 4.5 Å. These structures depict the binding site of the antidiabetic drug glibenclamide, indicate how Kir6.2 (inward-rectifying potassium channel 6.2) N-terminus participates in the coupling between the peripheral SUR1 (sulfonylurea receptor 1) subunit and the central Kir6.2 channel, reveal the binding mode of activating nucleotides, and suggest the mechanism of how Mg-ADP binding on nucleotide binding domains (NBDs) drives a conformational change of the SUR1 subunit. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 235.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 180.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6853MC ![]() 6831C ![]() 6832C ![]() 6833C ![]() 6847C ![]() 6848C ![]() 6849C ![]() 6850C ![]() 6851C ![]() 6852C ![]() 5ykeC ![]() 5ykfC ![]() 5ykgC ![]() 5yw7C ![]() 5yw8C ![]() 5yw9C ![]() 5ywaC ![]() 5ywbC ![]() 5ywcC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 177295.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: Abcc8 / 発現宿主: ![]() ![]() | ||
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#2: 化合物 | ![]() #3: 化合物 | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: ![]() |
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試料調製
構成要素 | 名称: KATP![]() |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色![]() ![]() |
急速凍結![]() | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源![]() ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD![]() |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) |
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解析
EMソフトウェア | 名称: RELION / バージョン: 2 / カテゴリ: 3次元再構成 |
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CTF補正![]() | タイプ: NONE |
3次元再構成![]() | 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 721684 / 対称性のタイプ: POINT |