[日本語] English
万見
- PDB-5yup: Crystal Structure of the Fab fragment of FVIIa antibody mAb4F5 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5yup
タイトルCrystal Structure of the Fab fragment of FVIIa antibody mAb4F5
要素
  • the heavy chain of the Fab fragment of FVIIa antibody mAb4F5
  • the light chain of the Fab fragment of FVIIa antibody mAb4F5
キーワードIMMUNE SYSTEM / FVIIa / antibodies / Fab4F5 / inhibition / coagulation / STRUCTURAL PROTEIN
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.81 Å
データ登録者Jiang, L.G. / Persson, E. / Huang, M.D.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31400637 中国
引用ジャーナル: Res Pract Thromb Haemost / 年: 2019
タイトル: Crystal structure, epitope, and functional impact of an antibody against a superactive FVIIa provide insights into allosteric mechanism.
著者: Jiang, L.G. / Xie, X. / Li, J. / Persson, E. / Huang, M.D.
履歴
登録2017年11月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
H: the heavy chain of the Fab fragment of FVIIa antibody mAb4F5
L: the light chain of the Fab fragment of FVIIa antibody mAb4F5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,4242
ポリマ－47,4242
非ポリマー00
水2,360131
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3640 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area19290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)141.640, 141.640, 141.640
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number197
Space group name H-MI23

-
要素

#1: 抗体 the heavy chain of the Fab fragment of FVIIa antibody mAb4F5


分子量: 23593.385 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体 the light chain of the Fab fragment of FVIIa antibody mAb4F5


分子量: 23830.334 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 131 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.73 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 2.3M ammonium sulfate, 100mM Tris-HCl pH 7.4, 5% PEG 400

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.81→70.82 Å / Num. obs: 43048 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 15 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 25.9
反射 シェル解像度: 1.81→1.84 Å / Rmerge(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 2259

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2BRR AND 2R4R

2brr

2r4r


解像度: 1.81→70.82 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.11 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.249 2067 4.8 %
Rwork0.207 --
obs0.209 43047 100 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.81→70.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3333 0 0 131 3464
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093419
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.314650
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.0951216
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052523
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006596
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8103-1.85240.30981240.26422743X-RAY DIFFRACTION100
1.8524-1.89870.31461330.25772709X-RAY DIFFRACTION100
1.8987-1.950.28051410.23642692X-RAY DIFFRACTION100
1.95-2.00740.27311330.23542747X-RAY DIFFRACTION100
2.0074-2.07220.24091340.22112698X-RAY DIFFRACTION100
2.0722-2.14630.26631570.22692683X-RAY DIFFRACTION100
2.1463-2.23220.261130.21162727X-RAY DIFFRACTION100
2.2322-2.33380.27461420.22992727X-RAY DIFFRACTION100
2.3338-2.45690.28571690.23272693X-RAY DIFFRACTION100
2.4569-2.61080.26821350.22672727X-RAY DIFFRACTION100
2.6108-2.81240.28531460.22562704X-RAY DIFFRACTION100
2.8124-3.09540.33231200.22142770X-RAY DIFFRACTION100
3.0954-3.54330.22151420.20492749X-RAY DIFFRACTION100
3.5433-4.46410.21261220.17882770X-RAY DIFFRACTION100
4.4641-70.87420.22591560.19062841X-RAY DIFFRACTION100

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る