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- PDB-1nc4: Crystal Structure of Monoclonal Antibody 2D12.5 Fab Complexed wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nc4
タイトルCrystal Structure of Monoclonal Antibody 2D12.5 Fab Complexed with Gd-DOTA
要素
  • (MONOCLONAL ANTIBODY 2D12.5, IGG1 GAMMA HEAVY ...) x 2
  • MONOCLONAL ANTIBODY 2D12.5, LAMBDA LIGHT CHAIN
キーワードIMMUNE SYSTEM / ANTIBODY-DOTA COMPLEX / RARE EARTH / DOTA / METAL CHELATE / GADOLINIUM / GAMMA TURN / N-LINKED GLYCOSYLATION
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Chem-DOF / GADOLINIUM ION
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Corneillie, T.M. / Fisher, A.J. / Meares, C.F.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2003
タイトル: Crystal structures of two complexes of the rare-earth-DOTA-binding antibody 2D12.5: ligand generality from a chiral system.
著者: Corneillie, T.M. / Fisher, A.J. / Meares, C.F.
履歴
登録2002年12月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 2.02019年12月25日Group: Derived calculations / Polymer sequence
カテゴリ: entity_poly / pdbx_struct_mod_residue / struct_conn
Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.22023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 999SEQUENCE AUTHORS INFORMED THAT THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN IS NOT YET AVAILBLE IN ANY REFERENCE ...SEQUENCE AUTHORS INFORMED THAT THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN IS NOT YET AVAILBLE IN ANY REFERENCE SEQUENCE DATABASE. Actual amino acid sequence positions are used for the atomic coordinates. Kabat numbering is used in the cited journal article. An alignment of Kabat position vs. actual amino acid sequence position is available in the supporting information that accompanies the article.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MONOCLONAL ANTIBODY 2D12.5, LAMBDA LIGHT CHAIN
B: MONOCLONAL ANTIBODY 2D12.5, IGG1 GAMMA HEAVY CHAIN
C: MONOCLONAL ANTIBODY 2D12.5, LAMBDA LIGHT CHAIN
D: MONOCLONAL ANTIBODY 2D12.5, IGG1 GAMMA HEAVY CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,52911
ポリマ－93,8434
非ポリマー1,6867
水5,981332
1
A: MONOCLONAL ANTIBODY 2D12.5, LAMBDA LIGHT CHAIN
B: MONOCLONAL ANTIBODY 2D12.5, IGG1 GAMMA HEAVY CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,6455
ポリマ－46,9132
非ポリマー7323
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4980 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area19590 Å2
手法PISA
2
C: MONOCLONAL ANTIBODY 2D12.5, LAMBDA LIGHT CHAIN
D: MONOCLONAL ANTIBODY 2D12.5, IGG1 GAMMA HEAVY CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,8846
ポリマ－46,9302
非ポリマー9534
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5430 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area19420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.569, 82.239, 160.934
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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抗体 , 3種, 4分子 ACBD

#1: 抗体 MONOCLONAL ANTIBODY 2D12.5, LAMBDA LIGHT CHAIN


分子量: 23150.602 Da / 分子数: 2 / 断片: Fab / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
細胞株: MYELOMA LINE PX63 AG8 FUSED WITH ANTIBODY EXPRESSING SPLEEN CELLS
株: BALB/c
#2: 抗体 MONOCLONAL ANTIBODY 2D12.5, IGG1 GAMMA HEAVY CHAIN


分子量: 23762.586 Da / 分子数: 1 / 断片: Fab / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
細胞株: MYELOMA LINE PX63 AG8 FUSED WITH ANTIBODY EXPRESSING SPLEEN CELLS
株: BALB/c
#3: 抗体 MONOCLONAL ANTIBODY 2D12.5, IGG1 GAMMA HEAVY CHAIN


分子量: 23779.615 Da / 分子数: 1 / 断片: Fab / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
細胞株: MYELOMA LINE PX63 AG8 FUSED WITH ANTIBODY EXPRESSING SPLEEN CELLS
株: BALB/c

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糖 , 1種, 1分子

#7: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 338分子

#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-DOF / (S)-2-(4-NITROBENZYL)-1,4,7,10-TETRAAZACYCLODODECANE-N,N',N'',N'''-TETRAACETATE


分子量: 539.536 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H33N5O10
#6: 化合物 ChemComp-GD3 / GADOLINIUM ION


分子量: 157.250 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Gd
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 332 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.1 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 8000, HEPES, sodium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.0K
結晶化
*PLUS
温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
1100 mMHEPES1reservoirpH7.5
218-20 %PEG80001reservoir
39.7 mg/mlFab1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年5月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→50 Å / Num. all: 39939 / Num. obs: 39939 / % possible obs: 91 % / Observed criterion σ(F): -1.7 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.16 % / Biso Wilson estimate: 25 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 14.3
反射 シェル解像度: 2.25→2.33 Å / 冗長度: 2.95 % / Rmerge(I) obs: 0.257 / Mean I/σ(I) obs: 5.07 / Num. unique all: 3602 / % possible all: 83.4
反射
*PLUS
最低解像度: 50 Å / Num. measured all: 126214
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 83.4 % / Num. unique obs: 3602 / Num. measured obs: 10640

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1GIG

1gig


解像度: 2.25→29.39 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.248 2014 5.1 %RANDOM
Rwork0.208 ---
all0.258 39698 --
obs0.208 39698 91.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 11.7156 Å2 / ksol: 0.319542 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 30.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.27 Å20 Å20 Å2
2--1.93 Å20 Å2
3----5.21 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.31 Å0.25 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.25 Å0.16 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→29.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6518 0 94 332 6944
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.8
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d28.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.67
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.39 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.271 311 4.9 %
Rwork0.23 5997 -
obs-6308 88.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2XDOTA8_1_ONEARM.PARXDOTA8_1_ONEARM.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER_REP.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg28.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.67

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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