PDB-5yt4: Galectin-10 variant H53A soaked in glycerol for 5 minutes

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5yt4

タイトル

Galectin-10 variant H53A soaked in glycerol for 5 minutes

要素

Galectin-10

キーワード

CELL ADHESION / Galectin-10

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of activated T cell proliferation / regulation of T cell cytokine production / T cell apoptotic process / regulation of T cell anergy / : / carbohydrate binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2 Å

データ登録者

Su, J.

引用

ジャーナル: Glycobiology / 年: 2018
タイトル: Galectin-10: a new structural type of prototype galectin dimer and effects on saccharide ligand binding.
著者: Su, J. / Gao, J. / Si, Y. / Cui, L. / Song, C. / Wang, Y. / Wu, R. / Tai, G. / Zhou, Y.

履歴

登録	2017年11月16日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年1月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年3月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.2	2024年3月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5yt4.cif.gz	43.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5yt4.ent.gz	29.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5yt4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5yt4_validation.pdf.gz	429.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5yt4_full_validation.pdf.gz	429.7 KB	表示
XML形式データ	5yt4_validation.xml.gz	8.6 KB	表示
CIF形式データ	5yt4_validation.cif.gz	11.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yt/5yt4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yt/5yt4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5xrgC 5xrhC 5xriC 5xrjC 5xrkC 5xrlC 5xrmC 5xrnC 5xroC 5xrpC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1oi1-d 4utx-2 2biv-1 6gkq-1 4x9t-d 5ub3-2 5jeo-d 3zsf-6 5ub6-1 3o5v-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Galectin-10

ヘテロ分子

16 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Galectin-10

ヘテロ分子

A: Galectin-10

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.741, 48.741, 257.663
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-349- HOH
2	1	A-363- HOH

#1: タンパク質	Galectin-10 / Gal-10 / Charcot-Leyden crystal protein / CLC / Eosinophil lysophospholipase / Lysolecithin acylhydrolase 分子量: 15874.033 Da / 分子数: 1 / 変異: H53A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CLC, LGALS10, LGALS10A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q05315
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.8 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9778 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9778 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→19.531 Å / Num. obs: 13190 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 9.9 % / R_merge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 13.8
反射シェル	解像度: 2→2.05 Å / R_merge(I) obs: 0.307 / Num. unique obs: 949 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出

精密化

解像度: 2→19.531 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.7

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2167	1316	10.01 %
R_work	0.1824	-	-
obs	0.1858	13148	99.22 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 51.95 Å² / B_iso mean: 21.3534 Å² / B_iso min: 10.83 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2→19.531 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1082	0	6	120	1208
B_iso mean	-	-	35.59	31.53	-
残基数	-	-	-	-	138

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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