PDB-5yrv: Diol dehydratase, AdoCbl/1,2-propanediol, anaerobically-prepared ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5yrv

タイトル

Diol dehydratase, AdoCbl/1,2-propanediol, anaerobically-prepared crystal

要素

(Diol dehydrase ...) x 3

キーワード

LYASE / Adenosylcobalamin / Radical enzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

propanediol dehydratase / propanediol dehydratase activity / cobalamin binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella oxytoca (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Shibata, N.

引用

ジャーナル: Angew. Chem. Int. Ed. Engl. / 年: 2018
タイトル: Direct Participation of a Peripheral Side Chain of a Corrin Ring in Coenzyme B12Catalysis.
著者: Shibata, N. / Sueyoshi, Y. / Higuchi, Y. / Toraya, T.

履歴

登録	2017年11月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年9月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5yrv.cif.gz	1.4 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5yrv.ent.gz	1.1 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5yrv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5yrv_validation.pdf.gz	3.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5yrv_full_validation.pdf.gz	3.5 MB	表示
XML形式データ	5yrv_validation.xml.gz	151.4 KB	表示
CIF形式データ	5yrv_validation.cif.gz	223.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yr/5yrv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yr/5yrv	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5yrtC 5yshC 5ysnC 5ysrC 1iwbS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1iwb-d 1uc5-d 1mmf-d 5ysh-2 5ysh-1 5yrt-2 1egm-d 1uc4-d 1eex-d 1dio-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Diol dehydrase alpha subunit

B: Diol dehydrase beta subunit

C: Diol dehydrase gamma subunit

D: Diol dehydrase alpha subunit

E: Diol dehydrase beta subunit

F: Diol dehydrase gamma subunit

G: Diol dehydrase alpha subunit

H: Diol dehydrase beta subunit

I: Diol dehydrase gamma subunit

J: Diol dehydrase alpha subunit

K: Diol dehydrase beta subunit

L: Diol dehydrase gamma subunit

ヘテロ分子

398 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Diol dehydrase alpha subunit

B: Diol dehydrase beta subunit

C: Diol dehydrase gamma subunit

D: Diol dehydrase alpha subunit

E: Diol dehydrase beta subunit

F: Diol dehydrase gamma subunit

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
199 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

G: Diol dehydrase alpha subunit

H: Diol dehydrase beta subunit

I: Diol dehydrase gamma subunit

J: Diol dehydrase alpha subunit

K: Diol dehydrase beta subunit

L: Diol dehydrase gamma subunit

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
199 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.777, 95.666, 114.514
Angle α, β, γ (deg.)	80.61, 87.77, 81.25
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

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Diol dehydrase ... , 3種, 12分子 ADGJBEHKCFIL

#1: タンパク質	Diol dehydrase alpha subunit / Propanediol dehydratase / Propanediol dehydratase large subunit 分子量: 60408.133 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella oxytoca (バクテリア) / 遺伝子: pddA, pduC, AB185_12495, SAMEA2273575_05741 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q59470, propanediol dehydratase
#2: タンパク質	Diol dehydrase beta subunit 分子量: 21721.887 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella oxytoca (バクテリア) / 遺伝子: pddB / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q59471, propanediol dehydratase
#3: タンパク質	Diol dehydrase gamma subunit / Propanediol dehydratase / Propanediol dehydratase small subunit 分子量: 15611.735 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella oxytoca (バクテリア) 遺伝子: pddC, pduE, pduE_1, AB185_12485, SAMEA2273639_01293, SAMEA2273697_01477 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q59472, propanediol dehydratase

-
非ポリマー , 7種, 3334分子

#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#6: 化合物	ChemComp-PGO / S-1,2-PROPANEDIOL / (S)-1,2-プロパンジオ-ル分子量: 76.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₂
#7: 化合物	ChemComp-5AD / 5'-DEOXYADENOSINE / 5′-デオキシアデノシン分子量: 251.242 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₃N₅O₃
#8: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#9: 化合物	ChemComp-B12 / COBALAMIN 分子量: 1330.356 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆₂H₈₉CoN₁₃O₁₄P
#10: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 3299 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 1.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.14 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 10.7% (w/v) PEG 3000, 8.6% (w/v) PEG 2000 MME, 50mM Tris pH 7.6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2017年7月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→44 Å / Num. obs: 817733 / % possible obs: 93.7 % / 冗長度: 2 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.034 / R_rim(I) all: 0.049 / Net I/σ(I): 13.32
反射シェル	解像度: 1.55→1.59 Å / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.51 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 58178 / CC_1/2: 0.639 / R_rim(I) all: 0.721 / % possible all: 90.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1IWB

1iwb

解像度: 1.55→44 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 19.69
詳細: The structure factor file contains friedel pairs in F_PLUS/MINUS and I_PLUS/MINUS columns.

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1813	8339	1.02 %
R_work	0.1552	-	-
obs	0.1555	817701	93.68 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→44 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	26668	0	475	3299	30442

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	27863
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.088	37936
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.326	17183
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	4285
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	5010

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5508-1.5684	0.3185	254	0.3007	24571	X-RAY DIFFRACTION	85
1.5684-1.5869	0.2707	280	0.2619	26888	X-RAY DIFFRACTION	93
1.5869-1.6063	0.2605	278	0.2531	26712	X-RAY DIFFRACTION	93
1.6063-1.6266	0.2815	279	0.2424	26858	X-RAY DIFFRACTION	93
1.6266-1.648	0.2582	280	0.2406	26998	X-RAY DIFFRACTION	93
1.648-1.6706	0.2635	272	0.2315	26810	X-RAY DIFFRACTION	94
1.6706-1.6944	0.2761	280	0.2248	27111	X-RAY DIFFRACTION	94
1.6944-1.7197	0.2508	277	0.2185	26900	X-RAY DIFFRACTION	94
1.7197-1.7466	0.2293	274	0.2184	27140	X-RAY DIFFRACTION	94
1.7466-1.7752	0.2494	302	0.2109	27209	X-RAY DIFFRACTION	94
1.7752-1.8058	0.2479	247	0.2066	26998	X-RAY DIFFRACTION	94
1.8058-1.8387	0.257	290	0.1975	27058	X-RAY DIFFRACTION	94
1.8387-1.8741	0.2088	274	0.1898	27305	X-RAY DIFFRACTION	94
1.8741-1.9123	0.2148	282	0.1838	27174	X-RAY DIFFRACTION	94
1.9123-1.9539	0.214	284	0.1754	27055	X-RAY DIFFRACTION	94
1.9539-1.9993	0.1946	281	0.1741	27090	X-RAY DIFFRACTION	94
1.9993-2.0493	0.2012	280	0.1741	27156	X-RAY DIFFRACTION	94
2.0493-2.1048	0.1962	274	0.1635	27128	X-RAY DIFFRACTION	94
2.1048-2.1667	0.1621	290	0.1528	26985	X-RAY DIFFRACTION	94
2.1667-2.2366	0.1661	271	0.1467	27092	X-RAY DIFFRACTION	94
2.2366-2.3166	0.1729	272	0.1466	26953	X-RAY DIFFRACTION	94
2.3166-2.4093	0.1805	287	0.1512	26992	X-RAY DIFFRACTION	94
2.4093-2.5189	0.181	272	0.1509	27045	X-RAY DIFFRACTION	93
2.5189-2.6517	0.1792	277	0.1515	26778	X-RAY DIFFRACTION	93
2.6517-2.8179	0.1696	272	0.1517	26815	X-RAY DIFFRACTION	93
2.8179-3.0354	0.2021	283	0.1533	27012	X-RAY DIFFRACTION	94
3.0354-3.3408	0.1697	281	0.1448	26950	X-RAY DIFFRACTION	94
3.3408-3.824	0.1647	272	0.1281	27199	X-RAY DIFFRACTION	94
3.824-4.817	0.1189	286	0.1095	27674	X-RAY DIFFRACTION	96
4.817-45.8061	0.1415	288	0.1213	27706	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7535	-0.0427	0.1518	0.3317	-0.1714	0.399	0.0673	0.0218	-0.1371	-0.0398	-0.0602	-0.0124	0.0552	0.0288	0.0014	0.1109	0.0159	-0.0166	0.1008	-0.0178	0.1276	-94.7377	158.5959	-26.9011
2	0.886	0.0998	-0.0786	0.9865	-0.1721	0.9644	0.0336	-0.0643	-0.3769	0.0249	-0.0118	0.1288	0.1491	-0.1334	-0.0191	0.1344	-0.015	-0.0414	0.1478	0.009	0.3108	-118.2372	142.0657	-18.0643
3	1.5305	-0.1286	-0.319	0.5051	-0.179	1.0079	0.0459	-0.2203	-0.3721	0.0071	-0.0517	-0.0552	0.1527	0.0854	0.0145	0.1537	0.0016	-0.0566	0.2016	0.0625	0.2495	-81.6654	146.5485	-10.3195
4	0.6065	-0.03	0.2027	0.3131	-0.1316	0.6087	0.0021	0.108	0.1443	0.0272	-0.0333	0.0046	-0.1201	-0.0085	0.0323	0.1595	0.0389	0.0066	0.1197	0.0059	0.1468	-105.9746	191.3768	-45.6826
5	0.7428	0.2554	-0.0407	0.928	0.2217	1.6514	-0.0377	0.4926	0.1029	-0.2343	0.094	-0.0153	-0.0259	0.1658	-0.0503	0.2143	0.0333	0.0061	0.4277	0.0505	0.1842	-107.6962	187.3372	-75.3919
6	0.6402	0.0778	0.18	0.4918	-0.1151	0.801	-0.0539	0.0541	0.3527	0.1447	-0.0306	-0.0253	-0.3526	-0.0054	0.063	0.3964	0.0389	-0.0442	0.1678	0.0568	0.3992	-105.0645	214.9817	-50.0558
7	0.3152	-0.2008	0.108	0.6206	-0.1412	0.4565	-0.0118	-0.0123	0.0682	-0.0604	-0.0072	-0.0759	-0.0141	-0.065	0.0217	0.1364	-0.0278	0.0014	0.1789	-0.0229	0.1378	-137.6325	199.5555	6.7098
8	1.0038	-0.3152	0.0702	1.3468	-0.2437	1.0741	-0.0614	-0.2984	0.2945	0.2517	0.0139	-0.1337	-0.2345	-0.2193	0.0456	0.2515	0.0115	-0.0595	0.3152	-0.1175	0.2655	-141.6345	225.3604	21.8527
9	1.0943	-0.6726	-0.5668	1.1284	0.4259	1.0624	0.0587	0.1357	0.0685	-0.1956	-0.0407	-0.0056	-0.0587	-0.1478	-0.0091	0.2446	-0.0142	-0.0346	0.2874	0.0046	0.1914	-151.1819	209.5462	-11.1099
10	0.3869	-0.1799	0.0939	0.6691	-0.1043	0.3341	-0.0535	-0.0802	-0.0202	0.0553	0.0512	0.0224	0.0234	-0.0747	0.0023	0.1313	-0.0373	0.0166	0.1709	-0.0029	0.1136	-127.5239	169.3495	29.8985
11	1.4402	-0.3994	0.0951	0.9298	-0.093	1.0347	-0.0855	0.0065	0.0718	0.0205	0.0336	-0.2041	0.0381	0.1446	0.0529	0.1548	-0.044	0.01	0.2056	-0.0216	0.1826	-97.5137	166.3404	31.6725
12	1.0561	-0.1453	-0.3637	0.7488	0.0535	0.7257	-0.0591	-0.1865	-0.2268	0.162	0.0536	0.2043	0.1665	-0.0832	0.0184	0.2631	-0.0568	0.0387	0.2052	0.0777	0.2199	-129.2011	146.4561	37.4237

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain 'A' and resid 1 through 604)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain 'B' and resid 43 through 1601)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain 'C' and resid 38 through 173)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain 'D' and resid 1 through 604)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain 'E' and resid 46 through 1601)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain 'F' and resid 38 through 173)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain 'G' and resid 1 through 604)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain 'H' and resid 46 through 1601)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain 'I' and resid 38 through 173)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain 'J' and resid 1 through 604)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain 'K' and resid 43 through 1601)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain 'L' and resid 38 through 173)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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