[日本語] English
万見
- PDB-5yrv: Diol dehydratase, AdoCbl/1,2-propanediol, anaerobically-prepared ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5yrv
タイトルDiol dehydratase, AdoCbl/1,2-propanediol, anaerobically-prepared crystal
要素(Diol dehydrase ...) x 3
キーワードLYASE / Adenosylcobalamin / Radical enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


propanediol dehydratase / propanediol dehydratase activity / cobalamin binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Propanediol/glycerol dehydratase, small subunit / Diol/glycerol dehydratase, large subunit / Hypothetical Protein Yqey; Chain: A; domain1 / Diol/glycerol dehydratase, large subunit / Propanediol/glycerol dehydratase, small subunit / Propanediol/glycerol dehydratase, medium subunit / Propanediol/glycerol dehydratase, small subunit superfamily / Diol/glycerol dehydratase, large subunit superfamily / Dehydratase large subunit / Dehydratase small subunit ...Propanediol/glycerol dehydratase, small subunit / Diol/glycerol dehydratase, large subunit / Hypothetical Protein Yqey; Chain: A; domain1 / Diol/glycerol dehydratase, large subunit / Propanediol/glycerol dehydratase, small subunit / Propanediol/glycerol dehydratase, medium subunit / Propanediol/glycerol dehydratase, small subunit superfamily / Diol/glycerol dehydratase, large subunit superfamily / Dehydratase large subunit / Dehydratase small subunit / Diol/glycerol dehydratase/dehydratase reactivating factor / Dehydratase medium subunit / B12-dependent dehydatase associated subunit / B12-dependent dehydratases, beta subunit / Cobalamin (vitamin B12)-dependent enzyme, catalytic / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5'-DEOXYADENOSINE / COBALAMIN / : / S-1,2-PROPANEDIOL / Diol dehydrase alpha subunit / Diol dehydrase beta subunit / Diol dehydrase gamma subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella oxytoca (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Shibata, N.
引用ジャーナル: Angew. Chem. Int. Ed. Engl. / 年: 2018
タイトル: Direct Participation of a Peripheral Side Chain of a Corrin Ring in Coenzyme B12Catalysis.
著者: Shibata, N. / Sueyoshi, Y. / Higuchi, Y. / Toraya, T.
履歴
登録2017年11月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Diol dehydrase alpha subunit
B: Diol dehydrase beta subunit
C: Diol dehydrase gamma subunit
D: Diol dehydrase alpha subunit
E: Diol dehydrase beta subunit
F: Diol dehydrase gamma subunit
G: Diol dehydrase alpha subunit
H: Diol dehydrase beta subunit
I: Diol dehydrase gamma subunit
J: Diol dehydrase alpha subunit
K: Diol dehydrase beta subunit
L: Diol dehydrase gamma subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)398,42047
ポリマ－390,96712
非ポリマー7,45335
水59,4313299
1
A: Diol dehydrase alpha subunit
B: Diol dehydrase beta subunit
C: Diol dehydrase gamma subunit
D: Diol dehydrase alpha subunit
E: Diol dehydrase beta subunit
F: Diol dehydrase gamma subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)199,24824
ポリマ－195,4846
非ポリマー3,76518
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area34390 Å2
ΔGint-234 kcal/mol
Surface area49620 Å2
手法PISA
2
G: Diol dehydrase alpha subunit
H: Diol dehydrase beta subunit
I: Diol dehydrase gamma subunit
J: Diol dehydrase alpha subunit
K: Diol dehydrase beta subunit
L: Diol dehydrase gamma subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)199,17223
ポリマ－195,4846
非ポリマー3,68917
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area34380 Å2
ΔGint-238 kcal/mol
Surface area49700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.777, 95.666, 114.514
Angle α, β, γ (deg.)80.61, 87.77, 81.25
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

-
Diol dehydrase ... , 3種, 12分子 ADGJBEHKCFIL

#1: タンパク質
Diol dehydrase alpha subunit / Propanediol dehydratase / Propanediol dehydratase large subunit


分子量: 60408.133 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella oxytoca (バクテリア) / 遺伝子: pddA, pduC, AB185_12495, SAMEA2273575_05741 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q59470, propanediol dehydratase
#2: タンパク質
Diol dehydrase beta subunit


分子量: 21721.887 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella oxytoca (バクテリア) / 遺伝子: pddB / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q59471, propanediol dehydratase
#3: タンパク質
Diol dehydrase gamma subunit / Propanediol dehydratase / Propanediol dehydratase small subunit


分子量: 15611.735 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella oxytoca (バクテリア)
遺伝子: pddC, pduE, pduE_1, AB185_12485, SAMEA2273639_01293, SAMEA2273697_01477
発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q59472, propanediol dehydratase

-
非ポリマー , 7種, 3334分子

#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION


分子量: 39.098 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#6: 化合物 ChemComp-PGO / S-1,2-PROPANEDIOL


分子量: 76.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O2
#7: 化合物
ChemComp-5AD / 5'-DEOXYADENOSINE


分子量: 251.242 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13N5O3
#8: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#9: 化合物
ChemComp-B12 / COBALAMIN


分子量: 1330.356 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C62H89CoN13O14P
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3299 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.14 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 10.7% (w/v) PEG 3000, 8.6% (w/v) PEG 2000 MME, 50mM Tris pH 7.6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2017年7月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→44 Å / Num. obs: 817733 / % possible obs: 93.7 % / 冗長度: 2 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.034 / Rrim(I) all: 0.049 / Net I/σ(I): 13.32
反射 シェル解像度: 1.55→1.59 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.51 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 58178 / CC1/2: 0.639 / Rrim(I) all: 0.721 / % possible all: 90.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1IWB

1iwb


解像度: 1.55→44 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 19.69
詳細: The structure factor file contains friedel pairs in F_PLUS/MINUS and I_PLUS/MINUS columns.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1813 8339 1.02 %
Rwork0.1552 --
obs0.1555 817701 93.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数26668 0 475 3299 30442
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00627863
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.08837936
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.32617183
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0554285
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0065010
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5508-1.56840.31852540.300724571X-RAY DIFFRACTION85
1.5684-1.58690.27072800.261926888X-RAY DIFFRACTION93
1.5869-1.60630.26052780.253126712X-RAY DIFFRACTION93
1.6063-1.62660.28152790.242426858X-RAY DIFFRACTION93
1.6266-1.6480.25822800.240626998X-RAY DIFFRACTION93
1.648-1.67060.26352720.231526810X-RAY DIFFRACTION94
1.6706-1.69440.27612800.224827111X-RAY DIFFRACTION94
1.6944-1.71970.25082770.218526900X-RAY DIFFRACTION94
1.7197-1.74660.22932740.218427140X-RAY DIFFRACTION94
1.7466-1.77520.24943020.210927209X-RAY DIFFRACTION94
1.7752-1.80580.24792470.206626998X-RAY DIFFRACTION94
1.8058-1.83870.2572900.197527058X-RAY DIFFRACTION94
1.8387-1.87410.20882740.189827305X-RAY DIFFRACTION94
1.8741-1.91230.21482820.183827174X-RAY DIFFRACTION94
1.9123-1.95390.2142840.175427055X-RAY DIFFRACTION94
1.9539-1.99930.19462810.174127090X-RAY DIFFRACTION94
1.9993-2.04930.20122800.174127156X-RAY DIFFRACTION94
2.0493-2.10480.19622740.163527128X-RAY DIFFRACTION94
2.1048-2.16670.16212900.152826985X-RAY DIFFRACTION94
2.1667-2.23660.16612710.146727092X-RAY DIFFRACTION94
2.2366-2.31660.17292720.146626953X-RAY DIFFRACTION94
2.3166-2.40930.18052870.151226992X-RAY DIFFRACTION94
2.4093-2.51890.1812720.150927045X-RAY DIFFRACTION93
2.5189-2.65170.17922770.151526778X-RAY DIFFRACTION93
2.6517-2.81790.16962720.151726815X-RAY DIFFRACTION93
2.8179-3.03540.20212830.153327012X-RAY DIFFRACTION94
3.0354-3.34080.16972810.144826950X-RAY DIFFRACTION94
3.3408-3.8240.16472720.128127199X-RAY DIFFRACTION94
3.824-4.8170.11892860.109527674X-RAY DIFFRACTION96
4.817-45.80610.14152880.121327706X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7535-0.04270.15180.3317-0.17140.3990.06730.0218-0.1371-0.0398-0.0602-0.01240.05520.02880.00140.11090.0159-0.01660.1008-0.01780.1276-94.7377158.5959-26.9011
20.8860.0998-0.07860.9865-0.17210.96440.0336-0.0643-0.37690.0249-0.01180.12880.1491-0.1334-0.01910.1344-0.015-0.04140.14780.0090.3108-118.2372142.0657-18.0643
31.5305-0.1286-0.3190.5051-0.1791.00790.0459-0.2203-0.37210.0071-0.0517-0.05520.15270.08540.01450.15370.0016-0.05660.20160.06250.2495-81.6654146.5485-10.3195
40.6065-0.030.20270.3131-0.13160.60870.00210.1080.14430.0272-0.03330.0046-0.1201-0.00850.03230.15950.03890.00660.11970.00590.1468-105.9746191.3768-45.6826
50.74280.2554-0.04070.9280.22171.6514-0.03770.49260.1029-0.23430.094-0.0153-0.02590.1658-0.05030.21430.03330.00610.42770.05050.1842-107.6962187.3372-75.3919
60.64020.07780.180.4918-0.11510.801-0.05390.05410.35270.1447-0.0306-0.0253-0.3526-0.00540.0630.39640.0389-0.04420.16780.05680.3992-105.0645214.9817-50.0558
70.3152-0.20080.1080.6206-0.14120.4565-0.0118-0.01230.0682-0.0604-0.0072-0.0759-0.0141-0.0650.02170.1364-0.02780.00140.1789-0.02290.1378-137.6325199.55556.7098
81.0038-0.31520.07021.3468-0.24371.0741-0.0614-0.29840.29450.25170.0139-0.1337-0.2345-0.21930.04560.25150.0115-0.05950.3152-0.11750.2655-141.6345225.360421.8527
91.0943-0.6726-0.56681.12840.42591.06240.05870.13570.0685-0.1956-0.0407-0.0056-0.0587-0.1478-0.00910.2446-0.0142-0.03460.28740.00460.1914-151.1819209.5462-11.1099
100.3869-0.17990.09390.6691-0.10430.3341-0.0535-0.0802-0.02020.05530.05120.02240.0234-0.07470.00230.1313-0.03730.01660.1709-0.00290.1136-127.5239169.349529.8985
111.4402-0.39940.09510.9298-0.0931.0347-0.08550.00650.07180.02050.0336-0.20410.03810.14460.05290.1548-0.0440.010.2056-0.02160.1826-97.5137166.340431.6725
121.0561-0.1453-0.36370.74880.05350.7257-0.0591-0.1865-0.22680.1620.05360.20430.1665-0.08320.01840.2631-0.05680.03870.20520.07770.2199-129.2011146.456137.4237
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 1 through 604)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 43 through 1601)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'C' and resid 38 through 173)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'D' and resid 1 through 604)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain 'E' and resid 46 through 1601)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain 'F' and resid 38 through 173)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain 'G' and resid 1 through 604)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain 'H' and resid 46 through 1601)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain 'I' and resid 38 through 173)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain 'J' and resid 1 through 604)
11X-RAY DIFFRACTION11(chain 'K' and resid 43 through 1601)
12X-RAY DIFFRACTION12(chain 'L' and resid 38 through 173)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る