PDB-5ylh: Structure of GH113 beta-1,4-mannanase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ylh

タイトル

Structure of GH113 beta-1,4-mannanase

要素

beta-1,4-mannanase

キーワード

HYDROLASE / beta-1 / 4-mannanase

機能・相同性

: / Glycoside Hydrolase Family 113 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta / 1,4-beta-xylanase

機能・相同性情報

生物種

Amphibacillus xylanus NBRC 15112 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.29 Å

データ登録者

Jiang, Z.Q. / You, X. / Yang, S.Q. / Huang, P. / Ma, J.W.

引用

ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Structural insights into the catalytic mechanism of a novel glycoside hydrolase family 113 beta-1,4-mannanase from Amphibacillus xylanus
著者: You, X. / Qin, Z. / Yan, Q. / Yang, S. / Li, Y. / Jiang, Z.

履歴

登録	2017年10月17日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年6月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年8月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.d_res_low

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ylh.cif.gz	138.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ylh.ent.gz	108.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ylh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yl/5ylh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yl/5ylh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5yliC 5ylkC 5yllC 5z4tC 3civS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5ylk-1 5z4t-2 5yli-2 5z4t-1 5yli-1 6qpp-d 7l9i-2 5ket-1 6a4g-d 6ptf-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: beta-1,4-mannanase

B: beta-1,4-mannanase

72.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: beta-1,4-mannanase

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
36.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: beta-1,4-mannanase

登録者が定義した集合体
36.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.821, 69.375, 188.911
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	beta-1,4-mannanase 分子量: 36281.508 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Amphibacillus xylanus NBRC 15112 (バクテリア) 株: NBRC 15112 / 遺伝子: AXY_22370 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: K0J0N5
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 160 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.31 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG4000, HEPES Na, 2-Propylalcohol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.978 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.29→30.38 Å / Num. obs: 29076 / % possible obs: 88 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 9.8
反射シェル	解像度: 2.29→30.383 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.122 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / R_sym value: 0.118 / % possible all: 88

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	v1.12	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX	v1.12	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3CIV

3civ

解像度: 2.29→2.38 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2349	2000	6.91 %
R_work	0.1862	-	-
obs	0.1897	29073	88 %

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.29→2.38 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5116	0	0	160	5276

LS精密化シェル

最高解像度: 2.29 Å

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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