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- PDB-5ket: Structure of the aldo-keto reductase from Coptotermes gestroi -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ket
タイトルStructure of the aldo-keto reductase from Coptotermes gestroi
要素Aldo-keto reductase 1
キーワードOXIDOREDUCTASE / aldo-keto reductase / Coptotermes gestroi / celulose degradation / NADP
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Aldo/keto reductase family putative active site signature. / Aldo/keto reductase family signature 1. / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family signature 2. / Aldo/keto reductase, conserved site / Aldo-keto reductase / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily / TIM Barrel ...Aldo/keto reductase family putative active site signature. / Aldo/keto reductase family signature 1. / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family signature 2. / Aldo/keto reductase, conserved site / Aldo-keto reductase / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Aldo-keto reductase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Coptotermes gestroi (ゴキブリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Liberato, M.L. / Campos, B.M. / Tramontina, R. / Squina, F.M.
資金援助 ブラジル, 4件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2014/04105-4 ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2014/50371-8 ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2014/20576-7 ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2013/06336-0 ブラジル
引用ジャーナル: Biotechnol Biofuels / 年: 2017
タイトル: The Coptotermes gestroi aldo-keto reductase: a multipurpose enzyme for biorefinery applications.
著者: Tramontina, R. / Franco Cairo, J.P. / Liberato, M.V. / Mandelli, F. / Sousa, A. / Santos, S. / Rabelo, S.C. / Campos, B. / Ienczak, J. / Ruller, R. / Damasio, A.R. / Squina, F.M.
履歴
登録2016年6月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Database references / Refinement description / カテゴリ: citation / software
Item: _citation.country / _citation.journal_id_ISSN / _software.classification
改定 1.22018年1月17日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32018年1月31日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.type
改定 1.42019年4月17日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.62023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aldo-keto reductase 1
B: Aldo-keto reductase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,1834
ポリマ－76,6962
非ポリマー1,4872
水00
1
A: Aldo-keto reductase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,0912
ポリマ－38,3481
非ポリマー7431
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Aldo-keto reductase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,0912
ポリマ－38,3481
非ポリマー7431
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)131.141, 131.141, 290.657
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32

-
要素

#1: タンパク質 Aldo-keto reductase 1


分子量: 38347.871 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Coptotermes gestroi (ゴキブリ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A140CVV2
#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.1 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M magnesium sulfate, 10% PEG400, 2 M ammonium phosphate dibasic

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.46 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.46 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→44.74 Å / Num. obs: 22740 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 8.6 % / Biso Wilson estimate: 48.8 Å2 / CC1/2: 0.987 / Rmerge(I) obs: 0.29 / Rpim(I) all: 0.105 / Rrim(I) all: 0.309 / Net I/σ(I): 8.6 / Num. measured all: 195360
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.85-37.51.6482439832590.5360.6431.7721.599.9
9.01-44.7480.04661277690.9990.0170.0493397.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation5.41 Å44.74 Å
Translation5.41 Å44.74 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
Aimless0.5.8データスケーリング
PHASER2.5.7位相決定
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4HBK

4hbk


解像度: 2.85→44.744 Å / SU ML: 0.48 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 31.23 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.293 1121 5.05 %
Rwork0.2389 21075 -
obs0.2417 22196 97.28 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 102.39 Å2 / Biso mean: 50.8213 Å2 / Biso min: 19.27 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.85→44.744 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4950 0 96 0 5046
Biso mean--71.76 --
残基数----642
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0095165
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9687054
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05801
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006908
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.7753045
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.8501-2.97980.41311390.335126572796100
2.9798-3.13690.40281430.325126562799100
3.1369-3.33330.34561390.30512655279499
3.3333-3.59060.35751630.28462590275397
3.5906-3.95170.31561290.25742450257991
3.9517-4.52310.2521390.18592703284299
4.5231-5.69680.22351360.1912690282698
5.6968-44.7490.21891330.19932674280794
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.4849-0.19331.31623.0792-0.4823.4480.50740.4299-0.0925-0.2032-0.17040.08870.61910.15-0.31170.350.0506-0.04940.260.02460.3436-50.125797.707237.7175
24.97751.3178-0.773.2957-0.46523.5269-0.01880.49021.7931-0.99580.14610.6186-0.3699-0.4307-0.26210.38760.04670.13370.44420.25080.4981-40.6188118.617233.4741
32.3996-0.44341.7550.9912-0.20022.07890.3154-0.0272-0.00570.0963-0.0207-0.0210.5325-0.1078-0.25220.40530.023-0.04690.17620.01870.3344-40.155497.904649.8009
43.0971-0.58440.80454.41740.16272.84350.29560.03050.21330.2238-0.21920.077-0.19840.4569-0.07380.3101-0.02910.00880.2303-0.0050.4267-32.1783107.273351.8853
52.8303-1.1119-0.13532.5331-1.45975.19860.0351-0.62880.35010.20530.0685-0.0023-0.4067-0.0021-0.10640.2576-0.03630.02470.3712-0.08670.3031-38.3714118.407288.3839
61.71340.87740.32256.43211.52340.92370.1713-0.2779-0.17920.3648-0.0056-0.3701-0.02-0.0843-0.16710.26610.0222-0.01590.42020.04210.3192-48.9847113.002690.0396
76.9986-1.26940.23212.2527-0.01140.8634-0.296-1.4382-1.16651.03850.33530.48-0.2306-0.4998-0.10260.5810.04940.00640.62380.15220.2797-50.125695.41393.6535
84.1523-0.33590.02856.66981.35254.9435-0.3043-0.0714-0.03340.43760.03441.3620.2851-0.87920.23010.2971-0.05910.04990.30740.06080.4769-54.5304109.047882.1936
93.1957-5.08541.28078.0936-1.36834.66250.13410.1870.3052-0.5513-0.17910.48260.567-0.1631-0.06640.3048-0.0586-0.02490.2579-0.02080.3454-50.6356105.318874.4479
107.12090.54070.04051.64750.29072.3461-0.20280.5815-0.33110.0991-0.17680.1734-0.34840.0480.370.20550.0029-0.02080.3225-0.05080.1955-37.2523105.146869.7277
115.87853.51820.11724.48993.41184.66270.5070.334-0.35080.44580.3027-0.56930.34530.4822-0.34820.2110.12420.0990.4489-0.06640.5213-34.1841106.888680.3873
124.0619-0.592-0.60183.9115-0.01863.9858-0.0759-0.23270.42890.09030.0229-0.24930.2150.51210.01020.17210.02230.01490.3783-0.03280.2185-24.497110.0877.1589
131.6192-1.1786-0.69540.78510.56752.3052-0.2921-0.21760.1315-0.0867-0.3211-0.6061-0.08790.17420.54610.2459-0.05350.0480.458-0.1090.606-24.8784120.009779.2567
142.22910.15630.94790.3516-0.50321.57990.2139-0.0621-0.4155-0.2122-0.0006-0.08860.51540.4178-0.24420.49630.08320.05460.2336-0.03720.4928-35.069397.843674.1886
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 7 through 118 )A7 - 118
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 119 through 143 )A119 - 143
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 144 through 297 )A144 - 297
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 298 through 334 )A298 - 334
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 3 through 67 )B3 - 67
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 68 through 118 )B68 - 118
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 119 through 143 )B119 - 143
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 144 through 169 )B144 - 169
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 170 through 190 )B170 - 190
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 191 through 207 )B191 - 207
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 208 through 224 )B208 - 224
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 225 through 279 )B225 - 279
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 280 through 295 )B280 - 295
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 296 through 334 )B296 - 334

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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