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- PDB-5yhl: Crystal structure of the human prostaglandin E receptor EP4 in co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5yhl
タイトルCrystal structure of the human prostaglandin E receptor EP4 in complex with Fab and an antagonist Br-derivative
要素
  • Heavy chain of Fab fragment
  • Light chain of Fab fragment
  • Prostaglandin E2 receptor EP4 subtype
キーワードSIGNALING PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / G-protein coupled receptor / lipid mediator / functional antibody / SIGNALING PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of eosinophil extravasation / prostaglandin E receptor activity / negative regulation of integrin activation / Prostanoid ligand receptors / T-helper cell differentiation / regulation of stress fiber assembly / negative regulation of cytokine production / response to mechanical stimulus / response to prostaglandin E / JNK cascade ...negative regulation of eosinophil extravasation / prostaglandin E receptor activity / negative regulation of integrin activation / Prostanoid ligand receptors / T-helper cell differentiation / regulation of stress fiber assembly / negative regulation of cytokine production / response to mechanical stimulus / response to prostaglandin E / JNK cascade / ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of cytokine production / cellular response to mechanical stimulus / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / bone development / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of inflammatory response / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of inflammatory response / cellular response to prostaglandin E stimulus / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / G alpha (s) signalling events / immune response / inflammatory response / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Prostanoid EP4 receptor / Prostaglandin DP receptor / Prostanoid receptor / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8VL / Prostaglandin E2 receptor EP4 subtype
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者Toyoda, Y. / Morimoto, K. / Suno, R. / Horita, S. / Iwata, S. / Kobayashi, T.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Japan Science and Technology Agency 日本
Japan Agency for Medical Research and Development 日本
引用ジャーナル: Nat. Chem. Biol. / 年: 2019
タイトル: Ligand binding to human prostaglandin E receptor EP4at the lipid-bilayer interface.
著者: Toyoda, Y. / Morimoto, K. / Suno, R. / Horita, S. / Yamashita, K. / Hirata, K. / Sekiguchi, Y. / Yasuda, S. / Shiroishi, M. / Shimizu, T. / Urushibata, Y. / Kajiwara, Y. / Inazumi, T. / ...著者: Toyoda, Y. / Morimoto, K. / Suno, R. / Horita, S. / Yamashita, K. / Hirata, K. / Sekiguchi, Y. / Yasuda, S. / Shiroishi, M. / Shimizu, T. / Urushibata, Y. / Kajiwara, Y. / Inazumi, T. / Hotta, Y. / Asada, H. / Nakane, T. / Shiimura, Y. / Nakagita, T. / Tsuge, K. / Yoshida, S. / Kuribara, T. / Hosoya, T. / Sugimoto, Y. / Nomura, N. / Sato, M. / Hirokawa, T. / Kinoshita, M. / Murata, T. / Takayama, K. / Yamamoto, M. / Narumiya, S. / Iwata, S. / Kobayashi, T.
履歴
登録2017年9月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年12月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年12月12日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.22018年12月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32019年1月16日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.42019年1月30日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.52023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.62024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Prostaglandin E2 receptor EP4 subtype
H: Heavy chain of Fab fragment
L: Light chain of Fab fragment
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,7184
ポリマ－91,2523
非ポリマー4651
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5320 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area33860 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)101.970, 392.230, 81.080
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Prostaglandin E2 receptor EP4 subtype / PGE2 receptor EP4 subtype / Prostanoid EP4 receptor


分子量: 37063.547 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 4-217, 260-366 / 変異: N7Q, A62L, G106R, N177Q, 218-259 deletion / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PTGER4, PTGER2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P35408
#2: 抗体 Heavy chain of Fab fragment / FabH


分子量: 27574.092 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: hybrid (その他)
#3: 抗体 Light chain of Fab fragment / FabL


分子量: 26614.857 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: hybrid (その他)
#4: 化合物 ChemComp-8VL / 4-[2-[[(2R)-2-(4-bromanylnaphthalen-1-yl)propanoyl]amino]-4-cyano-phenyl]butanoic acid


分子量: 465.339 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H21BrN2O3
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.31 %
解説: The entry contains friedel pairs in F_plus/minus columns and I_plus/minus columns
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: 24-31% PEG 300, 150 mM potassium sulfate, 100 mM MES (pH 5.5-6.5), 1% 1,2,3-heptanetriol, 0.2 mM ONO-AE3-208-Br, 2% DMSO
PH範囲: 5.5-6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月16日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.2→49.339 Å / Num. obs: 22914 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 15.076 % / Biso Wilson estimate: 65.9 Å2 / CC1/2: 0.982 / Rmerge(I) obs: 0.0716 / Rrim(I) all: 0.741 / Χ2: 1.446 / Net I/σ(I): 4.31
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
4.2-4.4515.3560.6760.5936370.36.99399.9
4.45-4.7615.3441.7381.5535120.711.79899.7
4.76-5.1415.3421.4942.0132350.7811.545100
5.14-5.6315.1640.9952.7330090.8471.03100
5.63-6.2914.5780.9162.7926880.8440.949100
6.29-7.2613.30.5644.424030.9270.586100
7.26-8.8814.8620.3388.5119980.9680.35100
8.88-12.5116.4480.22316.1415650.9860.23100
12.51-49.33916.0090.1918.78670.9920.19798

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX1.11.1_2575位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5WV2

5wv2
PDB 未公開エントリ


解像度: 4.2→49.339 Å / SU ML: 0.85 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 34.28
詳細: The entry contains friedel pairs in F_plus/minus columns and I_plus/minus columns
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3588 1117 5.02 %
Rwork0.333 --
obs0.3343 22266 97.16 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 266.01 Å2 / Biso mean: 134.3258 Å2 / Biso min: 76.03 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 4.2→49.339 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5577 0 30 0 5607
Biso mean--164.4 --
残基数----717
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0035760
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5737852
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041897
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005999
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.1023432
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
4.2001-4.39120.49551340.53782435256991
4.3912-4.62250.53891340.50452598273295
4.6225-4.91190.54841320.51242499263192
4.9119-5.29070.30361460.282327252871100
5.2907-5.82240.28021410.283627262867100
5.8224-6.66310.32141470.298527182865100
6.6631-8.38820.34611380.266227332871100
8.3882-49.34230.24161450.230527152860100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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