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- PDB-5yeg: Crystal structure of CTCF ZFs4-8-Hs5-1a complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5yeg
タイトルCrystal structure of CTCF ZFs4-8-Hs5-1a complex
要素
  • (Transcriptional repressor ...) x 2
  • DNA (5'-D(*AP*CP*TP*TP*TP*AP*AP*CP*CP*AP*GP*CP*AP*GP*AP*GP*GP*GP*CP*G)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*CP*GP*CP*CP*CP*TP*CP*TP*GP*CP*TP*GP*GP*TP*TP*AP*AP*AP*G)-3')
キーワードDNA BINDING PROTEIN / zinc fingers / insulators / enhancers / promoters / 3D genome / topological domains / contact loops / higher-order chromatin structure
機能・相同性
機能・相同性情報


chromatin loop anchoring activity / chromatin insulator sequence binding / regulation of centromeric sister chromatid cohesion / genomic imprinting / protein localization to chromosome, centromeric region / chromatin looping / cardiac muscle cell development / DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / chromosome, centromeric region ...chromatin loop anchoring activity / chromatin insulator sequence binding / regulation of centromeric sister chromatid cohesion / genomic imprinting / protein localization to chromosome, centromeric region / chromatin looping / cardiac muscle cell development / DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / chromosome, centromeric region / condensed chromosome / male germ cell nucleus / epigenetic regulation of gene expression / transcription coregulator binding / mitochondrion organization / chromosome segregation / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / sequence-specific double-stranded DNA binding / gene expression / sequence-specific DNA binding / in utero embryonic development / transcription cis-regulatory region binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / : / C2H2 zinc finger / C2H2-type zinc-finger domain / Zinc finger, C2H2 type / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Transcriptional repressor CTCF
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Yin, M. / Wang, J. / Wang, M. / Li, X.
資金援助 中国, 7件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31630015 中国
National Natural Science Foundation of China91440201 中国
National Natural Science Foundation of China31571335 中国
National Natural Science Foundation of China31400640 中国
National Natural Science Foundation of China31630039 中国
National Natural Science Foundation of China91640118 中国
National Natural Science Foundation of China31470820 中国
引用ジャーナル: Cell Res. / 年: 2017
タイトル: Molecular mechanism of directional CTCF recognition of a diverse range of genomic sites
著者: Yin, M. / Wang, J. / Wang, M. / Li, X. / Zhang, M. / Wu, Q. / Wang, Y.
履歴
登録2017年9月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年11月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月16日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: entity / Item: _entity.src_method
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional repressor CTCF
B: Transcriptional repressor CTCF
D: DNA (5'-D(*TP*CP*GP*CP*CP*CP*TP*CP*TP*GP*CP*TP*GP*GP*TP*TP*AP*AP*AP*G)-3')
C: DNA (5'-D(*AP*CP*TP*TP*TP*AP*AP*CP*CP*AP*GP*CP*AP*GP*AP*GP*GP*GP*CP*G)-3')
E: DNA (5'-D(*TP*CP*GP*CP*CP*CP*TP*CP*TP*GP*CP*TP*GP*GP*TP*TP*AP*AP*AP*G)-3')
F: DNA (5'-D(*AP*CP*TP*TP*TP*AP*AP*CP*CP*AP*GP*CP*AP*GP*AP*GP*GP*GP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,32216
ポリマ－58,6686
非ポリマー65410
水10,935607
1
A: Transcriptional repressor CTCF
D: DNA (5'-D(*TP*CP*GP*CP*CP*CP*TP*CP*TP*GP*CP*TP*GP*GP*TP*TP*AP*AP*AP*G)-3')
C: DNA (5'-D(*AP*CP*TP*TP*TP*AP*AP*CP*CP*AP*GP*CP*AP*GP*AP*GP*GP*GP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7268
ポリマ－29,3993
非ポリマー3275
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5570 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area14040 Å2
手法PISA
2
B: Transcriptional repressor CTCF
E: DNA (5'-D(*TP*CP*GP*CP*CP*CP*TP*CP*TP*GP*CP*TP*GP*GP*TP*TP*AP*AP*AP*G)-3')
F: DNA (5'-D(*AP*CP*TP*TP*TP*AP*AP*CP*CP*AP*GP*CP*AP*GP*AP*GP*GP*GP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,5978
ポリマ－29,2703
非ポリマー3275
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5470 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area14160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.167, 56.502, 67.486
Angle α, β, γ (deg.)78.41, 79.31, 78.60
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

-
Transcriptional repressor ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Transcriptional repressor CTCF / 11-zinc finger protein / CCCTC-binding factor / CTCFL paralog


分子量: 16825.561 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 349-490 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CTCF / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P49711
#2: タンパク質 Transcriptional repressor CTCF / 11-zinc finger protein / CCCTC-binding factor / CTCFL paralog


分子量: 16696.379 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 349-489 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CTCF / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P49711

-
DNA鎖 , 2種, 4分子 DECF

#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*CP*GP*CP*CP*CP*TP*CP*TP*GP*CP*TP*GP*GP*TP*TP*AP*AP*AP*G)-3')


分子量: 6405.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*CP*TP*TP*TP*AP*AP*CP*CP*AP*GP*CP*AP*GP*AP*GP*GP*GP*CP*G)-3')


分子量: 6168.007 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 2種, 617分子

#5: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 607 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.81 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸発脱水法
詳細: 0.1M Bis-tris pH 5.6-6.0, 0.2M Sodium chloride, 17-24% PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→39.84 Å / Num. obs: 42594 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rpim(I) all: 0.035 / Net I/σ(I): 20.9
反射 シェル解像度: 2→39.84 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.37 / Rpim(I) all: 0.21 / % possible all: 95.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→39.838 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 22
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2042 2036 4.78 %
Rwork0.1863 --
obs0.1872 42552 96.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→39.838 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2284 1627 10 607 4528
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084165
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0045940
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.222207
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053636
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006478
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9965-2.04290.3031150.26042593X-RAY DIFFRACTION92
2.0429-2.0940.19671490.23812732X-RAY DIFFRACTION97
2.094-2.15060.23251240.22982660X-RAY DIFFRACTION97
2.1506-2.21390.271560.22432700X-RAY DIFFRACTION97
2.2139-2.28540.24241520.21972669X-RAY DIFFRACTION97
2.2854-2.3670.23431290.21512683X-RAY DIFFRACTION95
2.367-2.46180.23611230.22292758X-RAY DIFFRACTION98
2.4618-2.57380.25941440.21752726X-RAY DIFFRACTION98
2.5738-2.70950.22811390.21412713X-RAY DIFFRACTION98
2.7095-2.87920.28191220.21382690X-RAY DIFFRACTION96
2.8792-3.10140.23151390.21372727X-RAY DIFFRACTION98
3.1014-3.41340.18891350.18552716X-RAY DIFFRACTION97
3.4134-3.90690.20221210.15952725X-RAY DIFFRACTION97
3.9069-4.92090.16711420.14592739X-RAY DIFFRACTION98
4.9209-39.84570.14961460.152685X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.94380.14930.04631.4078-0.54651.4215-0.05720.55670.3894-0.19060.06490.4809-0.2592-0.47210.01760.30350.0318-0.08960.45880.04010.34664.9717-13.1736-14.7166
21.23870.66970.50050.50580.21620.817-0.03050.015-0.1582-0.032-0.0775-0.03230.1426-0.00640.08490.2327-0.02660.02380.1423-0.00160.180819.4787-25.8919-6.0225
30.82250.83050.39061.570.73930.7368-0.0290.0785-0.0108-0.04130.189-0.35630.0830.2242-0.1290.12160.0134-0.00850.2016-0.02810.225435.0425-10.9259-1.0099
41.5615-0.3795-0.31331.3370.03441.2876-0.0915-0.0129-0.01410.05630.0338-0.00570.123-0.00770.05880.1484-0.0040.01120.1287-0.01360.156618.4306-0.511912.5158
51.14541.0285-0.44411.06930.13970.70430.3465-0.3272-0.02070.4239-0.346-0.2288-0.52940.4962-0.0220.3828-0.1280.01450.42030.06790.196710.6273-2.038329.8379
60.9967-0.0691-0.29571.26030.2971.39030.0231-0.1790.25080.03370.1108-0.3396-0.5599-0.2002-0.09390.50230.0171-0.01530.2723-0.08040.421312.94332.137615.9283
70.5620.1618-0.25750.96570.20180.95390.063-0.1390.1903-0.00880.0099-0.1732-0.17120.2273-0.08260.125-0.0298-0.00310.1443-0.0340.212421.653615.60216.1875
82.03070.62660.11810.66190.17970.47450.04080.0435-0.26320.05050.0613-0.0130.0685-0.1137-0.08240.137-0.0053-0.01860.18940.01150.27222.62083.77832.3029
90.8216-0.36920.09930.74660.00160.847-0.2476-0.3679-0.2656-0.29080.31160.1534-0.1608-0.5021-0.14190.30840.13370.10220.49980.15170.3117-3.783521.5955-11.6184
100.98880.39910.12671.08-0.55610.4803-0.2510.0901-0.18330.11340.08230.21870.6268-0.46330.13250.4643-0.03250.12720.31050.03130.2328-2.55929.5291-29.5681
111.17970.2770.24242.6854-0.15923.1028-0.09430.82-0.4304-0.8104-0.34170.0771-0.0472-0.75230.3340.38760.02370.00050.6052-0.08510.291217.9748-19.2402-21.4308
121.3186-0.33620.4471.80320.78163.2158-0.10630.0067-0.02030.0965-0.0002-0.0410.0024-0.01140.14550.2279-0.04510.01430.1656-0.03840.235721.9078-12.45063.2422
130.18160.39560.42131.74670.68241.17120.568-0.06290.17640.32480.6204-1.0419-0.75140.184-0.4290.92650.15520.0060.8181-0.34950.6630.2343-5.72525.2886
141.85971.18371.34470.78480.811.01960.4371-0.5873-0.2850.55970.5276-0.97590.41530.2696-0.25811.07270.0821-0.15470.7356-0.05660.351827.0842-10.785431.8638
151.1756-0.2216-0.11321.31030.5180.60010.01460.20120.0581-0.11510.08330.09750.0474-0.0447-0.01120.2057-0.01840.0120.23390.03560.16921.5422-12.1304-2.5691
161.2198-0.34180.17951.7264-0.24432.29460.035-0.15790.07190.30680.1299-0.2365-0.3219-0.0501-0.17520.25770.0211-0.04670.2192-0.04250.227210.187616.71715.8106
171.58840.19850.13740.15670.32650.87421.44170.4066-0.6629-0.230.74170.4328-0.7636-1.0553-0.49960.39180.2376-1.54960.6680.4744-0.9419-0.11948.8077-23.8618
180.7359-0.2840.31210.35270.16671.54890.45230.4047-0.4053-0.65140.2440.1550.3473-0.163-0.39760.47980.0549-0.08380.4704-0.04430.27733.940311.0298-21.0006
190.9726-0.12560.11111.32330.14751.70560.0928-0.23070.0480.31020.0929-0.1356-0.1722-0.2005-0.1770.2540.0178-0.0230.18760.00320.17419.963418.316911.3767
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 350 through 374 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 378 through 403 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 406 through 431 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 436 through 461 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 466 through 487 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 350 through 374 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 378 through 403 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 406 through 431 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 436 through 461 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 466 through 489 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 1 through 5 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 6 through 15 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 16 through 20 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 1 through 5 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 6 through 20 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'E' and (resid 1 through 15 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'E' and (resid 16 through 20 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'F' and (resid 1 through 10 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'F' and (resid 11 through 20 )

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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