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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5yeh | ||||||||||||||||||||||||
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Title | Crystal structure of CTCF ZFs4-8-eCBS | ||||||||||||||||||||||||
![]() |
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![]() | DNA BINDING PROTEIN/DNA / zinc fingers / insulators / enhancers / promoters / 3D genome / topological domains / contact loops / higher-order chromatin structure / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex | ||||||||||||||||||||||||
Function / homology | ![]() chromatin insulator sequence binding / regulation of centromeric sister chromatid cohesion / genomic imprinting / protein localization to chromosome, centromeric region / chromatin looping / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / chromosome, centromeric region / epigenetic regulation of gene expression / condensed chromosome / male germ cell nucleus ...chromatin insulator sequence binding / regulation of centromeric sister chromatid cohesion / genomic imprinting / protein localization to chromosome, centromeric region / chromatin looping / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / chromosome, centromeric region / epigenetic regulation of gene expression / condensed chromosome / male germ cell nucleus / chromosome segregation / transcription coregulator binding / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / sequence-specific DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of gene expression / nucleolus / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus Similarity search - Function | ||||||||||||||||||||||||
Biological species | ![]() synthetic construct (others) | ||||||||||||||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||
![]() | Yin, M. / Wang, J. / Wang, M. / Li, X. / Wang, Y. | ||||||||||||||||||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Molecular mechanism of directional CTCF recognition of a diverse range of genomic sites Authors: Yin, M. / Wang, J. / Wang, M. / Li, X. / Zhang, M. / Wu, Q. / Wang, Y. | ||||||||||||||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 210.8 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 163.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 464.6 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 474.3 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 16.1 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 22 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5yefC ![]() 5yegSC ![]() 5yelC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 16825.561 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 349-490 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: DNA chain | Mass: 6190.991 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) #3: DNA chain | Mass: 6079.932 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) #4: Chemical | ChemComp-ZN / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.78 Å3/Da / Density % sol: 55.79 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: evaporation Details: 0.1 M Bis-tris pH 5.6-6.0, 0.2 M Sodium chloride and 17-24% PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Nov 7, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9785 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.33→32.71 Å / Num. obs: 25836 / % possible obs: 96.5 % / Redundancy: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rpim(I) all: 0.034 / Net I/av σ(I): 20.2 / Net I/σ(I): 20.2 |
Reflection shell | Resolution: 2.34→2.38 Å / Redundancy: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.66 / Mean I/σ(I) obs: 2.54 / Rpim(I) all: 0.306 / % possible all: 97.4 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5YEG Resolution: 2.328→32.706 Å / SU ML: 0.39 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / Phase error: 33.89 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.328→32.706 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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