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- PDB-2o6p: Crystal Structure of the heme-IsdC complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2o6p
タイトルCrystal Structure of the heme-IsdC complex
要素Iron-regulated surface determinant protein C
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Beta barrel / protein-heme complex
機能・相同性
機能・相同性情報


heme transport / hemoglobin binding / peptidoglycan-based cell wall / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Sortase B signal domain, NPQTN class / Haem uptake protein IsdC / Immunoglobulin-like - #1850 / NEAT domain / Iron Transport-associated domain / NEAT domain profile. / NEAr Transporter domain / NEAT domain superfamily / : / Immunoglobulin-like ...Sortase B signal domain, NPQTN class / Haem uptake protein IsdC / Immunoglobulin-like - #1850 / NEAT domain / Iron Transport-associated domain / NEAT domain profile. / NEAr Transporter domain / NEAT domain superfamily / : / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Iron-regulated surface determinant protein C / Iron-regulated surface determinant protein C
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Sharp, K.H. / Schneider, S. / Cockayne, A. / Paoli, M.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2007
タイトル: Crystal structure of the heme-IsdC complex, the central conduit of the Isd iron/heme uptake system in Staphylococcus aureus.
著者: Sharp, K.H. / Schneider, S. / Cockayne, A. / Paoli, M.
履歴
登録2006年12月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32017年12月13日Group: Advisory / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.42023年12月27日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Iron-regulated surface determinant protein C
B: Iron-regulated surface determinant protein C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,31912
ポリマ－35,6232
非ポリマー1,69610
水3,405189
1
A: Iron-regulated surface determinant protein C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,5945
ポリマ－17,8111
非ポリマー7834
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: Iron-regulated surface determinant protein C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,7257
ポリマ－17,8111
非ポリマー9146
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4190 Å2
ΔGint-236 kcal/mol
Surface area12580 Å2
手法PISA
4
A: Iron-regulated surface determinant protein C
ヘテロ分子

B: Iron-regulated surface determinant protein C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,31912
ポリマ－35,6232
非ポリマー1,69610
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_554-x,y+1/2,-z-1/21
Buried area2970 Å2
ΔGint-213 kcal/mol
Surface area13800 Å2
手法PISA
5
A: Iron-regulated surface determinant protein C
ヘテロ分子

B: Iron-regulated surface determinant protein C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,31912
ポリマ－35,6232
非ポリマー1,69610
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_435x-1/2,-y-3/2,-z1
Buried area2960 Å2
ΔGint-206 kcal/mol
Surface area13810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.489, 70.441, 88.685
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Iron-regulated surface determinant protein C / IsdC / Staphylococcal iron-regulated protein D


分子量: 17811.355 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 28-188 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
生物種: Staphylococcus aureus / 株: N315 / プラスミド: pGAT2 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q7A654, UniProt: Q8KQR1*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 189 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.91 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: IsdC at 95mg/ml in 50mM Tris-HCl pH 8.0, 500mM NaCl mixed in equal volumes (2 + 2 l) with reservoir solution containing 26% PEG 550, MME, 18mM zinc sulphate, 0.1M MES pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, ...詳細: IsdC at 95mg/ml in 50mM Tris-HCl pH 8.0, 500mM NaCl mixed in equal volumes (2 + 2 l) with reservoir solution containing 26% PEG 550, MME, 18mM zinc sulphate, 0.1M MES pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.933, 1.739, 1.741, 1.722
検出器日付: 2006年8月31日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9331
21.7391
31.7411
41.7221
反射解像度: 1.5→47.5 Å / Num. all: 48228 / Num. obs: 45711 / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.03 / Net I/σ(I): 12.3
反射 シェル解像度: 1.5→1.6 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 6918

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.5→35.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 3.204 / SU ML: 0.054 / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.089 / ESU R Free: 0.076 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22204 2433 5.1 %RANDOM
Rwork0.19343 ---
obs0.19487 45711 99.71 %-
all-48228 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.346 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.19 Å20 Å20 Å2
2--0.04 Å20 Å2
3----0.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→35.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1960 0 94 189 2243
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0222169
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4442.0552977
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.175267
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.36625.728103
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.03315385
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg6.099152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.2298
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021666
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1930.2884
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3010.21446
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1170.2166
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0250.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2130.228
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1010.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.0770.23
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9541.51270
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.35522006
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.46231057
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.8794.5951
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.06832327
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free3.953200
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded2.71832093
LS精密化 シェル解像度: 1.501→1.54 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4 176 -
Rwork0.338 3270 -
obs-6918 98.46 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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