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- PDB-4ftf: Structure of the Type II secretion system pilotin AspS from Vibri... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4ftf | ||||||
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Title | Structure of the Type II secretion system pilotin AspS from Vibrio cholerae | ||||||
![]() | Alternate secretin pathway subunit S (VC395_1821, VC1703) | ||||||
![]() | PROTEIN TRANSPORT / pilotin / lipoprotein / secretin / protein secretion / PfamB PB000779 / secretin binding / outer membrane | ||||||
Function / homology | GMP Synthetase; Chain A, domain 3 - #250 / Type II secretion system (T2SS) pilotin, S protein / Type II secretion system (T2SS) pilotin, S protein / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / 2-Layer Sandwich / metal ion binding / Alpha Beta / ACETATE ION / Uncharacterized protein![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Korotkov, K.V. / Evans, T.J. | ||||||
![]() | ![]() Title: Assembly of the Type II Secretion System such as Found in Vibrio cholerae Depends on the Novel Pilotin AspS. Authors: Dunstan, R.A. / Heinz, E. / Wijeyewickrema, L.C. / Pike, R.N. / Purcell, A.W. / Evans, T.J. / Praszkier, J. / Robins-Browne, R.M. / Strugnell, R.A. / Korotkov, K.V. / Lithgow, T. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 58.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 46.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 412.1 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 412.1 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 8.4 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 11.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 12259.997 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP RESIDUES 55-163 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||
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#2: Chemical | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.11 Å3/Da / Density % sol: 41.84 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: 0.2M ZINC ACETATE, 20% PEG 3350, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 295K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jun 22, 2012 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.48→47.54 Å / Num. all: 17954 / Num. obs: 17689 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 20.123 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 16.17 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: ![]() |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 50.64 Å2 / Biso mean: 17.1693 Å2 / Biso min: 7.28 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.48→47.54 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.48→1.519 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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