PDB-5ycu: Domain swapped dimer of engineered hairpin loop1 mutant in Single...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ycu

タイトル

Domain swapped dimer of engineered hairpin loop1 mutant in Single-chain Monellin

要素

Single chain monellin

キーワード

PLANT PROTEIN / domain swapped dimer / Single-chain Monellin / loop mutation / QVVAG motif

機能・相同性

機能・相同性情報

Helix Hairpins - #2000 / N-terminal domain of TfIIb - #130 / Monellin, B chain / Monellin / Monellin / N-terminal domain of TfIIb / Cystatin superfamily / Other non-globular / Helix Hairpins / Helix non-globular / Special
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Dioscoreophyllum cumminsii (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.32 Å

データ登録者

Surana, P. / Nandwani, N. / Udgaonkar, J.B. / Gosavi, S. / Das, R.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: A five-residue motif for the design of domain swapping in proteins.
著者: Nandwani, N. / Surana, P. / Negi, H. / Mascarenhas, N.M. / Udgaonkar, J.B. / Das, R. / Gosavi, S.

履歴

登録	2017年9月8日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年11月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年2月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ycu.cif.gz	197.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ycu.ent.gz	161.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ycu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5ycu_validation.pdf.gz	459.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ycu_full_validation.pdf.gz	465.2 KB	表示
XML形式データ	5ycu_validation.xml.gz	17.2 KB	表示
CIF形式データ	5ycu_validation.cif.gz	24 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yc/5ycu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yc/5ycu	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5yctC 5ycwC 6iwjC 1iv7S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5xfu-1 6l4n-d 5xfu-3 5xfu-2 5vst-d 2jnf-d 1nwp-2 4yn8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Single chain monellin

B: Single chain monellin

C: Single chain monellin

D: Single chain monellin

E: Single chain monellin

54.2 kDa, 5 ポリマー
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1

A: Single chain monellin

B: Single chain monellin

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
21.7 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Single chain monellin

D: Single chain monellin

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21.7 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Single chain monellin

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21.7 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	108.645, 86.301, 86.818
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 127.54, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Single chain monellin 分子量: 10833.438 Da / 分子数: 5 / 変異: YENEGFREIK to QVVA / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Dioscoreophyllum cumminsii (植物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02882*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	The complete sequence of single chain Monellin has been deposited to NCBI with accession code ...The complete sequence of single chain Monellin has been deposited to NCBI with accession code AFF58925. Residues 48-57 YENEGFREIK have been replaced with QVVA in this structure. C-terminal residues STP are from expression tag.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.71 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 8-12% (wt/vol) PEG 8000, 50mM sodium phosphate, pH 6.4-6.8 PH範囲: 6.4-6.8

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97857 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.32→43.15 Å / Num. obs: 26814 / % possible obs: 97.19 % / 冗長度: 3.2 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.038 / Net I/σ(I): 15.02
反射シェル	最高解像度: 2.32 Å / R_merge(I) obs: 0.924 / Mean I/σ(I) obs: 0.92 / CC_1/2: 0.663 / % possible all: 91.51

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1IV7

1iv7

解像度: 2.32→43.15 Å / SU ML: 0.51 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 40.02

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2701	1367	5.11 %
R_work	0.2394	-	-
obs	0.2409	26752	96.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.32→43.15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3645	0	0	49	3694

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3734
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.26	5044
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.077	1424
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.069	525
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	657

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3203-2.4032	0.4477	134	0.3954	2362	X-RAY DIFFRACTION	91
2.4032-2.4995	0.3707	118	0.3842	2519	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4995-2.6132	0.3855	126	0.381	2573	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6132-2.751	0.4529	138	0.3816	2578	X-RAY DIFFRACTION	99
2.751-2.9233	0.3562	135	0.3623	2598	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9233-3.1489	0.3412	141	0.3229	2586	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1489-3.4657	0.3283	147	0.311	2544	X-RAY DIFFRACTION	97
3.4657-3.9669	0.3111	145	0.2526	2466	X-RAY DIFFRACTION	95
3.9669-4.9967	0.2143	160	0.199	2530	X-RAY DIFFRACTION	97
4.9967-43.1579	0.2121	123	0.1772	2629	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3565	-0.13	0.1297	0.0912	-0.3223	-0.0581	0.1362	1.3612	0.7458	0.8151	-0.1715	-0.63	0.8235	-1.6459	-0	1.0502	-0.0441	0.1221	0.6732	0.0304	0.9098	-5.0558	9.8721	-1.4491
2	-0.0766	1.4794	-0.7183	-0.1285	-0.1539	-0.3118	-0.2903	-0.2028	-0.2138	0.2794	0.3527	0.027	-0.1626	0.2741	-0	0.9593	-0.05	-0.0455	0.6153	0.0026	0.729	-16.5728	-3.1466	2.7107
3	1.3812	-1.0188	0.3322	0.3152	-0.711	0.4277	0.2377	-0.3023	-0.3236	-0.3808	-0.2099	0.3617	-0.0014	0.0695	-0	0.9308	-0.1101	-0.0112	0.6796	0.0013	0.7433	-10.2424	-0.4676	4.3654
4	2.001	0.62	0.3013	1.4357	1.0994	0.2769	-0.3416	0.2383	0.6052	-0.1357	0.5252	0.2747	0.3324	0.3649	-0	0.7884	-0.0924	0.0097	0.8893	0.2173	0.7679	-8.1594	20.4055	-36.3891
5	1.1736	-0.1442	-0.1333	0.8804	1.593	1.8656	-0.2667	0.2179	0.4595	-0.0554	0.0179	-0.0795	0.2313	-0.7358	0	0.6728	-0.0739	-0.0745	1.0839	0.3034	1.0484	-11.7062	21.1006	-36.2705
6	0.3834	0.4223	-0.0467	0.1273	-0.3477	0.1053	0.7797	-0.1051	-0.1403	0.3075	0.0987	-0.5301	1.3536	0.4261	-0	0.6859	0.0544	-0.0745	1.2599	0.1419	0.8229	0.1864	17.6767	-31.828
7	-0.8302	0.1077	0.6217	0.0266	0.6405	2.1491	-0.4526	0.3892	-0.0185	-0.4803	0.6746	0.1269	0.5404	-0.5659	-0	0.5944	-0.2424	-0.141	1.0335	0.312	0.7266	-12.0592	20.8176	-44.7707
8	-0.3078	1.4839	1.9451	-0.127	-0.9148	-0.2624	-0.2527	0.2247	0.082	0.5672	-0.1568	-0.1814	-0.1467	-0.631	-0	0.8133	0.2285	0.1267	0.7012	0.0138	0.6611	-7.5878	11.5805	-18.0907
9	1.0463	-0.7474	-0.6562	0.2139	-0.46	-0.7473	0.4823	-0.0723	-0.2425	-0.361	-0.1017	0.1793	0.0123	0.0501	-0	0.9391	-0.0748	-0.0853	0.5781	0.0509	0.5857	-10.4173	-1.3893	1.5359
10	0.7589	-0.0135	-0.8069	0.7287	-0.7775	-0.6362	0.2884	0.2385	-0.5834	0.0569	-0.2352	0.2089	-0.0444	0.0721	-0	0.8944	0.0596	-0.0786	0.6213	-0.0298	0.8586	-10.1633	-3.3819	-1.069
11	0.0763	-0.0837	0.0473	0.2242	0.0395	0.068	0.7712	-0.2547	-1.2989	-0.6332	0.655	-0.9459	0.2659	-0.8149	0	0.8027	-0.0584	-0.0841	0.9998	0.0408	1.0866	-44.5394	22.7207	33.401
12	1.0211	1.058	0.2319	0.0528	0.6602	1.3061	-0.3754	-0.43	0.0494	0.3963	0.6936	-0.9486	-0.3039	-0.1901	-0	0.5953	-0.0019	-0.0415	0.8892	-0.1223	0.8448	-40.7908	37.4421	44.4984
13	0.4148	0.471	0.3104	-0.2525	0.2371	0.5044	0.0239	-0.092	0.0476	0.302	0.0143	-0.4156	-0.3469	-0.6601	-0	0.8306	0.1274	-0.025	0.967	0.0176	0.8766	-46.5479	36.3015	48.2358
14	0.2238	-0.3461	0.5242	-0.2782	-0.6968	0.2274	-0.0051	0.2327	-0.5904	-0.1384	0.3653	-0.1325	0.639	-0.1809	0	0.7332	-0.0259	0.0591	0.7728	-0.0521	0.8404	-40.0099	26.5527	26.8114
15	1.785	-0.1963	0.0628	1.3537	-0.2927	-0.2895	0.2716	-0.0947	-0.1151	-0.2912	-0.434	-0.0066	-0.2541	0.121	-0	0.995	0.0198	0.0553	0.598	-0.0476	0.6845	-31.0427	15.6207	1.836
16	1.4368	-0.2365	2.2614	1.668	0.839	1.1589	0.3792	-0.1788	0.3669	-0.245	-0.1262	0.0637	-0.0769	-0.0322	0	0.9688	0.041	0.0902	0.552	0.0215	0.7787	-31.9727	17.8691	-1.8302
17	0.4661	0.7458	0.6416	-0.1841	0.679	0.1883	0.6464	-0.0807	-0.34	-0.1165	-0.7504	0.3052	-1.3744	0.5237	-0	0.8847	0.0105	-0.0267	0.7651	0.0314	0.8534	-37.9427	12.7718	-2.4145
18	0.6422	0.4968	-0.0666	-0.4233	-0.047	0.2857	0.0331	-0.0037	0.6591	-0.6503	-0.0205	-0.0587	-0.3869	-0.1232	-0	0.7534	-0.0204	0.0335	0.7924	-0.0135	0.7853	-36.0524	25.0173	23.1129
19	-0.0336	-0.6651	0.3116	0.6278	-0.0811	0.6708	0.1096	-0.4139	0.111	0.2147	0.1793	-0.1188	-0.0922	-0.2673	-0	0.4895	0.0102	0.0587	0.9922	-0.0546	0.6853	-47.3652	35.1635	42.6718
20	0.2836	1.3905	-0.1449	1.7653	0.8992	0.9821	-0.2058	0.6944	0.048	-0.3158	0.6042	0.0876	0.3056	-0.0495	-0	0.6144	-0.0746	-0.0019	0.9018	-0.0293	0.8672	-42.4809	35.7037	36.9742
21	0.02	-0.0618	-0.0457	-0.0281	0.0716	-0.003	0.8463	-0.4291	-0.0785	-0.1092	-0.259	1.1112	-0.465	-0.4988	0	0.9307	-0.0486	0.073	1.3338	-0.0522	1.275	-45.5892	5.0144	9.9048
22	-0.3525	0.6845	0.0377	1.4656	-0.7517	-0.6484	-0.4961	-1.1306	-0.173	-0.0361	0.3874	0.3662	0.4848	0.1366	-0	1.0883	0.2161	0.0629	1.6168	0.2674	1.0585	-34.0542	-5.9734	21.0605
23	0.0445	2.0045	-1.1913	-0.4923	-1.2636	1.3667	-0.0648	-0.4447	0.1626	-0.0869	-0.4916	0.1458	0.1155	-0.1702	0	0.9291	0.0863	-0.1367	1.1416	-0.1358	0.9649	-52.3667	-0.2601	1.756
24	0.4309	1.0508	-0.0334	1.6262	1.6852	1.0687	0.1649	0.8644	-1.2086	-0.1312	-0.5124	0.195	0.1971	-1.3854	-0	0.7505	-0.1213	-0.0856	1.9721	-0.5121	1.0035	-73.6802	-1.7908	-15.7949
25	0.8295	0.9746	0.6705	0.1215	0.8394	-0.4675	-0.3508	-0.8097	0.1804	-0.5962	0.2935	-0.489	0.568	-0.7532	0	1.3992	-0.1925	-0.1549	1.5286	-0.227	1.206	-72.9937	-4.5032	-12.277

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 2:9)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 10:29)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 30:47)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 48:64)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 65:91)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 3:8)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 9:41)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 42:56)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain B and resid 57:75)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resid 76:91)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain C and resid 2:7)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain C and resid 8:29)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain C and resid 30:42)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain C and resid 43:51)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain C and resid 52:91)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain D and resid 3:33)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain D and resid 34:44)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain D and resid 45:54)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain D and resid 55:72)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain D and resid 73:91)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(chain E and resid 2:8)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(chain E and resid 9:39)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(chain E and resid 40:56)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	(chain E and resid 57:74)
25	X-RAY DIFFRACTION	25	(chain E and resid 75:91)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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