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Yorodumi- PDB-5xfu: Domain swapped dimer crystal structure of loop1 deletion mutant i... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5xfu | ||||||
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Title | Domain swapped dimer crystal structure of loop1 deletion mutant in Single-chain Monellin | ||||||
Components | Monellin chain B,Monellin chain A | ||||||
Keywords | PLANT PROTEIN / domain swapped dimer / Single-chain Monellin / hinge loop composition / loop deletion | ||||||
Function / homology | Function and homology information Helix Hairpins - #2000 / N-terminal domain of TfIIb - #130 / Monellin, A chain / Monellin, A chain superfamily / Monellin, B chain / Monellin / Monellin / N-terminal domain of TfIIb / Cystatin superfamily / Other non-globular ...Helix Hairpins - #2000 / N-terminal domain of TfIIb - #130 / Monellin, A chain / Monellin, A chain superfamily / Monellin, B chain / Monellin / Monellin / N-terminal domain of TfIIb / Cystatin superfamily / Other non-globular / Helix Hairpins / Helix non-globular / Special Similarity search - Domain/homology | ||||||
Biological species | Dioscoreophyllum cumminsii (serendipity berry) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.611 Å | ||||||
Authors | Surana, P. / Nandwani, N. / Udgaonkar, J. / Gosavi, S. / Das, R. | ||||||
Funding support | India, 1items
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Citation | Journal: Protein Sci. / Year: 2017 Title: Amino-acid composition after loop deletion drives domain swapping Authors: Nandwani, N. / Surana, P. / Udgaonkar, J.B. / Das, R. / Gosavi, S. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5xfu.cif.gz | 198.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5xfu.ent.gz | 163.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5xfu.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5xfu_validation.pdf.gz | 456 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5xfu_full_validation.pdf.gz | 458.3 KB | Display | |
Data in XML | 5xfu_validation.xml.gz | 16.2 KB | Display | |
Data in CIF | 5xfu_validation.cif.gz | 22 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xf/5xfu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xf/5xfu | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 1iv7S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 10970.595 Da / Num. of mol.: 5 Mutation: Deletion of C-terminal of chain B, and N-terminal of chain A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Dioscoreophyllum cumminsii (serendipity berry) Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P02882, UniProt: P02881 Sequence details | CHAIN B AND CHAIN A OF THE NATIVE MONELLIN PROTEIN WERE JOINED TOGETHER BY PUTTING A GLY-PHE (GF) ...CHAIN B AND CHAIN A OF THE NATIVE MONELLIN PROTEIN WERE JOINED TOGETHER BY PUTTING A GLY-PHE (GF) LINKER TO CREATE SINGLE CHAIN MONELLIN VARIANT, MNEI. THE SEQUENCE OF MNEI HAS BEEN DEPOSITED TO NCBI WITH ACCESSION AFF58925. IN THIS STUDY, RESIDUES 50-55 (NEGFRE) OF THE MNEI WERE DELETED AND ITS STRUCTURE WAS SOLVED. | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.1 Å3/Da / Density % sol: 60.3 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 12% wt/vol PEG 8000, 50mM sodium phosphate pH 6.4 / PH range: 6.0-6.8 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SOLEIL / Beamline: PROXIMA 1 / Wavelength: 0.9786 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Sep 29, 2016 |
Radiation | Monochromator: channel cut cryogenically cooled monochromator crystal Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9786 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.611→42.932 Å / Num. obs: 19281 / % possible obs: 97.82 % / Redundancy: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 87.38 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rpim(I) all: 0.034 / Net I/σ(I): 13.84 |
Reflection shell | Resolution: 2.611→2.705 Å / Redundancy: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.844 / Mean I/σ(I) obs: 1.58 / Num. unique obs: 1951 / CC1/2: 0.547 / Rpim(I) all: 0.523 / % possible all: 97.93 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1IV7 Resolution: 2.611→42.932 Å / SU ML: 0.56 / Cross valid method: FREE R-VALUE / Phase error: 40.65
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 107.6 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.611→42.932 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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