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万見
- PDB-6iwj: A designed domain swapped dimer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6iwj
タイトルA designed domain swapped dimer
要素Archeal Protein MK0293
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Complex / Domain-swapping / Archea / Protein design
機能・相同性Nickel insertion protein / Nickel insertion protein / Uncharacterized conserved protein
機能・相同性情報
生物種Methanopyrus kandleri AV19 (古細菌)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Nandwani, N. / Negi, H. / Das, R.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: A five-residue motif for the design of domain swapping in proteins.
著者: Nandwani, N. / Surana, P. / Negi, H. / Mascarenhas, N.M. / Udgaonkar, J.B. / Das, R. / Gosavi, S.
履歴
登録2018年12月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年2月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Archeal Protein MK0293
B: Archeal Protein MK0293


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,6482
ポリマ－22,6482
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area3920 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area11640 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Archeal Protein MK0293


分子量: 11323.766 Da / 分子数: 2 / 変異: Y109Q/G110V/E111V/R112A/E113G / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanopyrus kandleri AV19 (古細菌)
遺伝子: MK0293 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8TYK3

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
131isotropic12D 1H-13C HSQC aromatic
141isotropic13D HNCA
151isotropic13D CBCA(CO)NH
191isotropic13D HNCO
181isotropic13D HN(CO)CA
171isotropic13D (H)CCH-TOCSY
161isotropic13D HN(CA)CB
1101isotropic13D 1H-15N TOCSY
1131isotropic13D HBHA(CO)NH
1121isotropic13D HN(CA)CO
1111isotropic13D 1H-15N NOESY
1151isotropic13D 1H-13C NOESY
1142isotropic13D Filtered NOESY
1162isotropic12D 1H-15N HSQC

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution10.7 mM [U-13C; U-15N] Archeal Protein MK0293, 20 mM TRIS, 90% H2O/10% D2O15N,13C sample90% H2O/10% D2O
solution20.7 mM [U-13C; U-15N] Archeal Protein MK0293-1, 0.7 mM Archeal Protein MK0293-2, 20 mM TRIS, 90% H2O/10% D2OLabeled-Unlabeled dimer90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.7 mMArcheal Protein MK0293[U-13C; U-15N]1
20 mMTRISnatural abundance1
0.7 mMArcheal Protein MK0293-1[U-13C; U-15N]2
0.7 mMArcheal Protein MK0293-2natural abundance2
20 mMTRISnatural abundance2
試料状態イオン強度: 20 mM / Label: conditions_1 / pH: 8 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxchemical shift assignment
SparkyGoddardchemical shift assignment
PINEBahrami, Markley, Assadi, and Eghbalniachemical shift assignment
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxstructure calculation
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
精密化
手法ソフトェア番号
simulated annealing4
simulated annealing5
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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