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- PDB-2oa9: Restriction endonuclease MvaI in the absence of DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2oa9
タイトルRestriction endonuclease MvaI in the absence of DNA
要素R.MvaI
キーワードHYDROLASE / MONOMERIC ENDONUCLEASE / RESTRICTION ENZYME / MVAI
機能・相同性
機能・相同性情報


MvaI/BcnI restriction endonuclease, recognition domain / MvaI/BcnI restriction endonuclease, catalytic domain / MvaI/BcnI restriction endonuclease / MvaI/BcnI restriction endonuclease, recognition domain / MvaI/BcnI restriction endonuclease family / PvuII Endonuclease; Chain A / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / : / R.MvaI
類似検索 - 構成要素
生物種Kocuria varians (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Kaus-Drobek, M. / Czapinska, H. / Sokolowska, M. / Tamulaitis, G. / Szczepanowski, R.H. / Urbanke, K. / Siksnys, V. / Bochtler, M.
引用
ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2007
タイトル: Restriction endonuclease MvaI is a monomer that recognizes its target sequence asymmetrically.
著者: Kaus-Drobek, M. / Czapinska, H. / Sokolowska, M. / Tamulaitis, G. / Szczepanowski, R.H. / Urbanke, C. / Siksnys, V. / Bochtler, M.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural and Mechanistic Similarities between Restriction Endonucleases BcnI and MvaI and the DNA Repair Protein MutH.
著者: Sokolowska, M. / Kaus-Drobek, M. / Czapinska, H. / Tamulaitis, G. / Siksnys, V. / Bochtler, M.
履歴
登録2006年12月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年2月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: R.MvaI
B: R.MvaI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,28021
ポリマ－57,4052
非ポリマー1,87519
水5,188288
1
A: R.MvaI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,89713
ポリマ－28,7021
非ポリマー1,19512
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: R.MvaI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,3828
ポリマ－28,7021
非ポリマー6807
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)58.499, 63.281, 71.892
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.77, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 R.MvaI


分子量: 28702.320 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Kocuria varians (バクテリア) / 遺伝子: mvaIR / プラスミド: pBAD24_R.MvaI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2566 / 参照: UniProt: Q8RNV5
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 288 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.98 %
結晶化温度: 294 K / pH: 7.7
詳細: 0.05 M CADMIUM SULFATE HYDRATE, 0.1 M HEPES PH 7.74, 1.2 M SODIUM ACETATE TRIHYDRATE, 0.17 M GLYCINE, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K, pH 7.70

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1.05
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年5月18日 / 詳細: BENT MIRROR
放射モノクロメーター: TRIANGULAR MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.05 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→20 Å / Num. obs: 75246 / % possible obs: 91.2 % / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 19.8 Å2 / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 30.8
反射 シェル解像度: 1.5→1.52 Å / 冗長度: 2.6 % / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Rsym value: 0.23 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHELXD位相決定
SHARP位相決定
NCSREFモデル構築
REFMAC5.1.24精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
直接法位相決定
ARP/wARPモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.5→19.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 1.32 / SU ML: 0.05 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.08 / ESU R Free: 0.08 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: MISSING RESOLUTION SHELL DUE TO THE PRESENCE OF AN ICE RING. IN THE CRYSTALLIZATION BUFFER CD2+, CA2+ AND NA+ IONS WERE PRESENT. ALL METAL CATIONS IN THE DENSITY WERE MODELLED AS CD2+ IONS, ...詳細: MISSING RESOLUTION SHELL DUE TO THE PRESENCE OF AN ICE RING. IN THE CRYSTALLIZATION BUFFER CD2+, CA2+ AND NA+ IONS WERE PRESENT. ALL METAL CATIONS IN THE DENSITY WERE MODELLED AS CD2+ IONS, BUT IN SOME CASES THEIR IDENTITY IS UNCERTAIN. THE ACTIVE SITE IS DISTORTED AND THE METAL IONS ARE NOT BOUND TO THE ACTIVE SITE. TLS REFINEMENT USED. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. BOTH REFMAC AND CNS ARE USED FOR REFINEMENT.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.212 3629 5 %RANDOM
Rwork0.184 ---
obs0.186 72535 93.9 %-
all-72535 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.06 Å20 Å2-0.44 Å2
2--0.86 Å20 Å2
3----2.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→19.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3847 0 25 288 4160
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0213858
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.023380
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5251.9465205
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.82137899
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.635472
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.2574
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.024315
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.010.02750
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2270.2716
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2510.23895
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0850.22165
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1890.2216
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.211
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2390.221
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3360.289
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2330.218
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0121.52351
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.80123778
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6631507
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.9794.51427
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.54 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.32 268
Rwork0.29 5727
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.292-0.80740.3920.8981-0.30181.1763-0.0772-0.05180.09850.05240.1011-0.1401-0.07920.1198-0.02390.02710.00370.01610.0086-0.01740.084352.387-3.90245.17
20.2749-0.0406-0.16990.4455-0.10551.6191-0.015-0.00310.00080.0106-0.0028-0.020400.05750.01780.0146-0.01420.01870.0261-0.01030.066145.3193.71414.049
30.97640.48781.00791.0380.99051.7437-0.0272-0.08770.0022-0.0674-0.01140.1175-0.0137-0.19160.03860.0325-0.01720.01650.0216-0.00390.081522.438-6.27428.694
40.2175-0.0453-0.22230.46430.20181.5621-0.02120.0199-0.0032-0.014-0.0153-0.00510.0149-0.04610.03650.01410.01540.01410.0215-0.00160.076530.2125.43457.804
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA-2 - 651 - 68
2X-RAY DIFFRACTION1AA161 - 190164 - 193
3X-RAY DIFFRACTION1AA232 - 246235 - 249
4X-RAY DIFFRACTION2AA66 - 16069 - 163
5X-RAY DIFFRACTION2AA191 - 231194 - 234
6X-RAY DIFFRACTION3BB4 - 657 - 68
7X-RAY DIFFRACTION3BB161 - 190164 - 193
8X-RAY DIFFRACTION3BB232 - 246235 - 249
9X-RAY DIFFRACTION4BB66 - 16069 - 163
10X-RAY DIFFRACTION4BB191 - 231194 - 234

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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