PDB-5y2p: Crystal Structure of Bacillus sp. TB-90 Urate Oxidase Improved by...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5y2p

タイトル

Crystal Structure of Bacillus sp. TB-90 Urate Oxidase Improved by Humidity Control at 89% RH

要素

Uric acid degradation bifunctional protein

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Protein engineering / Oxidase / pH dependence / enzyme activation / flexibility / loop plasticity

機能・相同性

機能・相同性情報

2-oxo-4-hydroxy-4-carboxy-5-ureidoimidazoline decarboxylase / 2-oxo-4-hydroxy-4-carboxy-5-ureidoimidazoline decarboxylase activity / urate oxidase activity / factor-independent urate hydroxylase / urate catabolic process / allantoin metabolic process / purine nucleobase metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Itoh, T. / Nishiya, Y.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Conformational Flexibility of Plastic Interface Loop Allows Entropic Adaptation of Urate Oxidase to Environmental pH.
著者: Hibi, T. / Itoh, T. / Fukada, H. / Kishimoto, T. / Nishiya, Y.

履歴

登録	2017年7月26日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年8月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年9月2日	Group: Derived calculations / Structure summary / カテゴリ: struct / struct_conn Item: _struct.title / _struct_conn.conn_type_id ..._struct.title / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5y2p.cif.gz	377.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5y2p.ent.gz	313.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5y2p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5y2p_validation.pdf.gz	474.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5y2p_full_validation.pdf.gz	476 KB	表示
XML形式データ	5y2p_validation.xml.gz	30.7 KB	表示
CIF形式データ	5y2p_validation.cif.gz	46.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y2/5y2p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y2/5y2p	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3wlvS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3wlv-d 5y52-d 7cuc-1 7cmq-1 5yj2-d 5z27-1 7cuf-1 5z2b-1 1j2g-d 5yja-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#117 - 2009年9月キサンチン酸化還元酵素 (Xanthine Oxidoreductase) 類似性 (5) #263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (1) #41 - 2003年5月ヘモグロビン (Hemoglobin) 類似性 (1) #159 - 2013年3月エリスロクルオリン (Erythrocruorin) 類似性 (1) #186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (1) #206 - 2017年2月グロビンの進化 (Globin Evolution) 類似性 (1) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#117 - 2009年9月
キサンチン酸化還元酵素 (Xanthine Oxidoreductase)
類似性 (5)
#263 - 2021年11月
アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase)
類似性 (1)
#41 - 2003年5月
ヘモグロビン (Hemoglobin)
類似性 (1)
#159 - 2013年3月
エリスロクルオリン (Erythrocruorin)
類似性 (1)
#186 - 2015年6月
終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products)
類似性 (1)
#206 - 2017年2月
グロビンの進化 (Globin Evolution)
類似性 (1)
#257 - 2021年5月
胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Uric acid degradation bifunctional protein

B: Uric acid degradation bifunctional protein

ヘテロ分子

72.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Uric acid degradation bifunctional protein

B: Uric acid degradation bifunctional protein

ヘテロ分子

A: Uric acid degradation bifunctional protein

B: Uric acid degradation bifunctional protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
145 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.095, 133.885, 145.797
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Uric acid degradation bifunctional protein 分子量: 35714.102 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 178-489 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus sp. (strain TB-90) (バクテリア) 株: TB-90 / 遺伝子: uao / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5alpha 参照: UniProt: Q45697, factor-independent urate hydroxylase

#1: タンパク質

Uric acid degradation bifunctional protein

分子量: 35714.102 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 178-489 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Bacillus sp. (strain TB-90) (バクテリア)
株: TB-90 / 遺伝子: uao / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5alpha
参照: UniProt: Q45697, factor-independent urate hydroxylase

-
非ポリマー , 6種, 692分子

#2: 化合物	ChemComp-AZA / 8-AZAXANTHINE 分子量: 153.099 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₃N₅O₂
#3: 化合物	ChemComp-OXY / OXYGEN MOLECULE 分子量: 31.999 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: O₂
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION 分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 680 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.2 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.1 M Tris-HCl, 0.06 M K2SO4, 16% (w/v) PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年5月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→40.121 Å / Num. obs: 111066 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.2 % / R_merge(I) obs: 0.077 / R_pim(I) all: 0.031 / Net I/σ(I): 34.5
反射シェル	解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 0.895 / Mean I/σ(I) obs: 2.47 / Num. unique obs: 5500 / CC_1/2: 0.78 / R_pim(I) all: 0.367 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.12_2829)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3WLV

3wlv

解像度: 1.5→40.121 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.33

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1769	5546	4.99 %
R_work	0.1574	-	-
obs	0.1584	111035	99.91 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.162 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→40.121 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4824	0	56	680	5560

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	5139
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.091	6989
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.632	1857
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.082	775
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	901

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4999-1.5169	0.2887	178	0.245	3470	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5169-1.5347	0.2642	183	0.2329	3473	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5347-1.5535	0.2745	169	0.2247	3487	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5535-1.5731	0.2346	177	0.2145	3513	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5731-1.5938	0.2575	158	0.2078	3534	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5938-1.6157	0.2267	191	0.2001	3498	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6157-1.6387	0.2541	193	0.1877	3441	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6387-1.6632	0.2069	173	0.1909	3480	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6632-1.6892	0.2147	198	0.1796	3483	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6892-1.7169	0.2011	177	0.1784	3522	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7169-1.7465	0.2194	184	0.1767	3477	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7465-1.7783	0.1962	200	0.1681	3493	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7783-1.8125	0.2104	191	0.1721	3480	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8125-1.8495	0.1825	171	0.1636	3512	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8495-1.8897	0.1962	167	0.1667	3508	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8897-1.9336	0.1991	178	0.1624	3495	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9336-1.982	0.1764	168	0.1535	3533	X-RAY DIFFRACTION	100
1.982-2.0356	0.1688	190	0.1544	3498	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0356-2.0955	0.1596	187	0.1512	3506	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0955-2.1631	0.1687	191	0.1477	3515	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1631-2.2404	0.1747	208	0.1397	3490	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2404-2.3301	0.1774	211	0.1429	3493	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3301-2.4361	0.1573	197	0.1456	3525	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4361-2.5645	0.1728	189	0.1531	3531	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5645-2.7252	0.1722	187	0.148	3517	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7252-2.9355	0.1859	187	0.146	3552	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9355-3.2308	0.1537	174	0.1492	3582	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2308-3.6981	0.162	197	0.1443	3558	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6981-4.6581	0.1371	181	0.1339	3609	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6581-40.1353	0.1719	191	0.1705	3714	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3433	0.1302	0.0999	1.1488	0.4615	2.2965	0.0203	0.0602	0.0692	-0.0581	0.0207	-0.1352	-0.1369	0.1869	-0.0496	0.1244	-0.0097	0.0167	0.1136	0.0243	0.1481	11.0997	18.9336	28.8683
2	0.312	-0.1642	-0.0714	0.5202	-0.05	0.5627	0.0178	0.0429	0.0896	-0.0363	0.0008	-0.1075	-0.1072	0.0699	-0.0127	0.1031	-0.0108	0.0107	0.0969	0.0073	0.1205	11.5662	11.9438	25.5357
3	0.5527	0.0339	-0.1829	2.6291	-0.9942	1.6881	0.0396	0.1004	0.0581	-0.1305	-0.0286	-0.1425	-0.0134	0.201	-0.0103	0.0762	0.007	0.028	0.1585	-0.0058	0.1317	19.3437	-1.6689	19.2656
4	1.7194	-0.356	-0.1857	0.276	-0.1159	1.5078	0.0332	0.113	-0.0929	-0.1622	-0.0743	0.0086	0.2886	0.0725	0.0205	0.1673	0.029	0.0044	0.0987	-0.0032	0.1128	10.904	-16.1442	27.2081
5	0.4016	-0.2238	-0.4042	0.4171	0.4337	1.79	-0.0084	-0.0529	0.004	0.0157	0.0239	-0.0777	0.0855	0.2777	-0.0202	0.0786	0.0306	0.0003	0.1448	0.0039	0.1175	20.008	-9.32	47.6075
6	1.7302	-0.2377	-0.9775	0.7857	0.2028	1.5136	-0.0395	-0.0728	-0.0544	0.1122	0.0269	-0.0815	0.1643	0.1756	0.0143	0.1043	0.0294	-0.004	0.1019	0.0003	0.1057	19.7402	-12.4124	49.8271
7	2.5345	-0.0331	-0.4676	1.1	0.1475	0.6029	0.0536	0.0138	0.0236	0.062	0.0017	-0.1197	0.0354	0.1598	-0.0294	0.0797	0.0185	-0.0293	0.1256	-0.0249	0.0704	16.558	-5.586	54.165
8	0.3593	-0.1254	0.029	0.8903	-0.5999	1.1934	0.0007	-0.0611	0.0739	0.0431	0.0512	-0.0145	-0.1459	0.1086	-0.059	0.1291	-0.0119	-0.0229	0.1203	-0.0416	0.131	11.4409	14.5921	55.5593
9	1.351	-0.2475	1.0698	0.755	-0.4516	1.5636	-0.0978	-0.0859	0.2118	0.0631	0.015	0.0069	-0.2095	0.0285	0.0901	0.1492	-0.0131	-0.0044	0.1025	-0.03	0.1287	8.996	16.9647	52.915

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 8 through 72 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 73 through 192 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 193 through 276 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 277 through 310 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 8 through 72 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 73 through 129 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 130 through 172 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 173 through 248 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 249 through 310 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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