PDB-5y0q: Crystal structure of BsTmcAL bound with AMPCPP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5y0q

タイトル

Crystal structure of BsTmcAL bound with AMPCPP

要素

UPF0348 protein B4417_3650

キーワード

LIGASE / acetate ligase

機能・相同性

機能・相同性情報

合成酵素; C-N結合を形成; その他のC-N結合を形成 / ligase activity, forming carbon-nitrogen bonds / tRNA modification / tRNA binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus subtilis (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Yamashita, S. / Tomita, K.

引用

ジャーナル: Nat. Chem. Biol. / 年: 2018
タイトル: Acetate-dependent tRNA acetylation required for decoding fidelity in protein synthesis.
著者: Taniguchi, T. / Miyauchi, K. / Sakaguchi, Y. / Yamashita, S. / Soma, A. / Tomita, K. / Suzuki, T.

履歴

登録	2017年7月18日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年7月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年12月26日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author / struct_keywords Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct_keywords.pdbx_keywords / _struct_keywords.text
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5y0q.cif.gz	339.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5y0q.ent.gz	275.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5y0q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5y0q_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5y0q_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	5y0q_validation.xml.gz	32.1 KB	表示
CIF形式データ	5y0q_validation.cif.gz	43.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y0/5y0q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y0/5y0q	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5y0nSC 5y0oC 5y0pC 5y0rC 5y0sC 5y0tC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5y0n-d 5y0p-d 5y0o-d 2dtt-d 2nsp-d 4bld-1 3ue5-2 1pv6-d 3fiw-d 1rrv-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (1) #146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (1) #226 - 2018年10月アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance) 類似性 (1) #251 - 2020年11月アデニリルシクラーゼ (Adenylyl Cyclase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#104 - 2008年8月
セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase)
類似性 (1)
#146 - 2012年2月
アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics)
類似性 (1)
#226 - 2018年10月
アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance)
類似性 (1)
#251 - 2020年11月
アデニリルシクラーゼ (Adenylyl Cyclase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: UPF0348 protein B4417_3650

B: UPF0348 protein B4417_3650

ヘテロ分子

99.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.995, 68.013, 211.672
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	UPF0348 protein B4417_3650 分子量: 49086.867 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: The gene was cloned into pET15b with NdeI and XhoI site, and expressed as a N-terminally His-tagged protein. 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: B4417_3650 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A164SIT4, UniProt: O34513*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-APC / DIPHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER / ALPHA,BETA-METHYLENEADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / α,β-メチレンATP 分子量: 505.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₈N₅O₁₂P₃ コメント: AMP-CPP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.66 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Tris-HCl, PEG400, KCl, MgCl2

-
データ収集

回折

平均測定温度: 95 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Photon Factory

/ ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月25日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.98 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Operator: -k,-h,-l / Fraction: 0.5

反射

解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 58350 / % possible obs: 99.95 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 13.16 % / R_merge(I) obs: 0.051 / R_pim(I) all: 0.015 / Χ²: 1.038 / Net I/σ(I): 28.48

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	R_pim(I) all	% possible all
2.1-2.14	12.89	1.813	1.6	2888	0.521	99.14
2.14-2.17	12.87	1.502	1.9	2839	0.433	100
2.17-2.22	13.28	1.18	2.5	2868	0.335	100
2.22-2.26	13.81	0.987	3.1	2900	0.274	100
2.26-2.31	13.61	0.786	3.8	2849	0.22	99.93
2.31-2.36	13.54	0.614	4.8	2904	0.172	100
2.36-2.42	13.17	0.509	5.8	2896	0.145	99.97
2.42-2.49	12.83	0.388	7.2	2867	0.112	100
2.49-2.56	13.71	0.31	9.2	2867	0.087	100
2.56-2.64	13.65	0.235	12.2	2910	0.066	100
2.64-2.74	13.12	0.175	15.4	2908	0.05	100
2.74-2.85	13.43	0.145	18.9	2901	0.041	100
2.85-2.98	13.83	0.114	23.8	2921	0.032	100
2.98-3.14	13.53	0.08	32.7	2890	0.023	99.97
3.14-3.33	12.79	0.063	39.8	2921	0.018	100
3.33-3.59	13.36	0.044	56.8	2962	0.013	100
3.59-3.95	12.47	0.035	70.2	2922	0.01	100
3.95-4.52	13.03	0.028	85	2984	0.008	100
4.52-5.69	12.35	0.025	88.7	3006	0.007	100
5.69-50	11.98	0.02	96.7	3147	0.006	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.8.4_1496	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5Y0N

5y0n

解像度: 2.1→48.967 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.96

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2428	2919	5 %
R_work	0.2015	-	-
obs	0.2046	58350	99.95 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 176.67 Å² / B_iso mean: 62.55 Å² / B_iso min: 29.34 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.1→48.967 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6410	0	62	67	6539
B_iso mean	-	-	72.42	45.5	-
残基数	-	-	-	-	802

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	6614
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.186	8948
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	992
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1124
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.677	2480

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20 / % reflection obs: 95 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
2.0993-2.1355	0.3629	146	0.3617	2761	2907
2.1355-2.1744	0.3529	142	0.3515	2695	2837
2.1744-2.2162	0.3553	143	0.3334	2728	2871
2.2162-2.2614	0.3553	145	0.3346	2753	2898
2.2614-2.3106	0.3771	143	0.3259	2708	2851
2.3106-2.3643	0.3519	144	0.3076	2743	2887
2.3643-2.4235	0.3393	145	0.2936	2762	2907
2.4235-2.489	0.3653	144	0.3011	2719	2863
2.489-2.5622	0.3127	143	0.2967	2721	2864
2.5622-2.6449	0.3277	146	0.2708	2775	2921
2.6449-2.7394	0.35	145	0.2671	2752	2897
2.7394-2.8491	0.3152	145	0.2656	2755	2900
2.8491-2.9788	0.2966	145	0.2635	2771	2916
2.9788-3.1358	0.3025	145	0.2482	2741	2886
3.1358-3.3322	0.3065	146	0.2361	2779	2925
3.3322-3.5894	0.2493	148	0.2061	2811	2959
3.5894-3.9505	0.2358	146	0.1832	2774	2920
3.9505-4.5218	0.1587	149	0.1474	2832	2981
4.5218-5.6956	0.1756	150	0.1401	2856	3006
5.6956-48.9738	0.1914	158	0.1413	2988	3146

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.4182	-0.3949	1.4638	0.894	-0.2522	2.5371	0.0038	0.2356	0.003	-0.5705	-0.1232	-0.0073	-0.8587	-0.5085	0.0747	0.7737	0.1974	-0.0064	0.6441	-0.0337	0.2121	17.8167	-7.7767	-56.9364
2	8.2414	2.2161	5.873	4.0186	3.6113	9.4805	0.3746	0.7648	-0.4707	-0.3348	0.2032	-0.6359	2.1899	0.4621	-0.5582	1.0363	0.0079	-0.0019	0.5933	0.1075	0.3493	45.6769	-2.8603	-63.3505
3	1.1881	0.2457	0.3004	1.3966	0.8165	4.5003	-0.0127	0.0592	0.057	-0.3781	-0.014	0.0543	-0.9637	-0.3802	0.0477	0.5734	0.1028	0.0302	0.5182	0.0227	0.2316	20.527	-5.9177	-45.3687
4	0.9952	-0.3838	-0.5358	1.3958	0.2893	2.5499	-0.1644	-0.574	-0.0283	0.3216	-0.0201	0.1244	-0.5903	-0.9729	0.1567	0.5584	0.1694	-0.0159	0.8395	-0.0112	0.2477	24.567	-0.9815	3.9591
5	2.3	4.3159	2.4073	8.5015	4.0014	5.7746	0.6072	-0.1757	-0.4384	0.5055	-0.0962	-0.8145	0.5155	0.8168	-0.4682	0.4556	0.1783	-0.0285	0.8099	0.0235	0.4331	19.7184	-29.2045	10.5039
6	1.2913	0.208	0.3638	1.6202	0.251	3.2616	-0.0605	-0.2237	0.0607	0.056	0.0321	0.081	-0.3319	-0.6989	0.041	0.4009	0.0716	0.0024	0.6002	0.0171	0.225	22.6593	-3.9132	-7.4344

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 1:105)	A	1 - 105
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 106:153)	A	106 - 153
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 154:414)	A	154 - 414
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain B and resid 1:105)	B	1 - 105
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain B and resid 106:153)	B	106 - 153
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 154:414)	B	154 - 414

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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