+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5y0s | ||||||
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Title | Crystal structure of apo Thermotoga maritima TmcAL(Form II) | ||||||
Components | Thermotoga maritima TmcAL | ||||||
Keywords | LIGASE / acetate ligase | ||||||
Function / homology | Function and homology information Ligases; Forming carbon-nitrogen bonds; Other carbon-nitrogen ligases / ligase activity, forming carbon-nitrogen bonds / tRNA modification / tRNA binding / ATP binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Thermotoga maritima (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.103 Å | ||||||
Authors | Yamashita, S. / Tomita, K. | ||||||
Citation | Journal: Nat. Chem. Biol. / Year: 2018 Title: Acetate-dependent tRNA acetylation required for decoding fidelity in protein synthesis. Authors: Taniguchi, T. / Miyauchi, K. / Sakaguchi, Y. / Yamashita, S. / Soma, A. / Tomita, K. / Suzuki, T. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5y0s.cif.gz | 701.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5y0s.ent.gz | 586.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5y0s.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5y0s_validation.pdf.gz | 483 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5y0s_full_validation.pdf.gz | 497.6 KB | Display | |
Data in XML | 5y0s_validation.xml.gz | 64.3 KB | Display | |
Data in CIF | 5y0s_validation.cif.gz | 90.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y0/5y0s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y0/5y0s | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5y0nC 5y0oC 5y0pC 5y0qC 5y0rSC 5y0tC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 49466.934 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: The CDS of Tm TmcAL (and stop codon) is cloned into pET22b with NdeI and XhoI sites. Any tags are not included in the expressed sequence. Source: (gene. exp.) Thermotoga maritima (bacteria) / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q9X1K1*PLUS #2: Chemical | ChemComp-EDO / #3: Water | ChemComp-HOH / | Sequence details | Our sequence is based on WP_024103782.1. | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.86 Å3/Da / Density % sol: 56.92 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: Tris, PEG8000, NaCl |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 95 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Photon Factory / Beamline: BL-17A / Wavelength: 0.98 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 25, 2014 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.98 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.1→50 Å / Num. obs: 128895 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 31.59 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Rrim(I) all: 0.141 / Χ2: 0.989 / Net I/σ(I): 12.09 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5Y0R Resolution: 2.103→49.889 Å / SU ML: 0.24 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 21.74
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 180.51 Å2 / Biso mean: 44.19 Å2 / Biso min: 13.33 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.103→49.889 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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