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Yorodumi- PDB-5y0n: Crystal structure of Bacillus subtilis TmcAL bound with ATP (SeMe... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5y0n | ||||||
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Title | Crystal structure of Bacillus subtilis TmcAL bound with ATP (SeMet derivative) | ||||||
Components | UPF0348 protein B4417_3650 | ||||||
Keywords | LIGASE / acetate ligase | ||||||
Function / homology | Function and homology information Ligases; Forming carbon-nitrogen bonds; Other carbon-nitrogen ligases / ligase activity, forming carbon-nitrogen bonds / tRNA modification / tRNA binding / ATP binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Bacillus subtilis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.302 Å | ||||||
Authors | Yamashita, S. / Tomita, K. | ||||||
Funding support | Japan, 1items
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Citation | Journal: Nat. Chem. Biol. / Year: 2018 Title: Acetate-dependent tRNA acetylation required for decoding fidelity in protein synthesis. Authors: Taniguchi, T. / Miyauchi, K. / Sakaguchi, Y. / Yamashita, S. / Soma, A. / Tomita, K. / Suzuki, T. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5y0n.cif.gz | 338.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5y0n.ent.gz | 286.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5y0n.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y0/5y0n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y0/5y0n | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5y0oC 5y0pC 5y0qC 5y0rC 5y0sC 5y0tC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 49683.945 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: The gene was cloned into pET15b with NdeI and XhoI site, and expressed as a N-terminally His-tagged protein. Source: (gene. exp.) Bacillus subtilis (bacteria) / Gene: B4417_3650 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A0A164SIT4, UniProt: O34513*PLUS #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.45 Å3/Da / Density % sol: 49.73 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: Tris-HCl, PEG400, KCl, MgCl2 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 95 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Photon Factory / Beamline: BL-17A / Wavelength: 0.97875 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 2, 2014 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97875 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection twin | Operator: -k,-h,-l / Fraction: 0.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.3→50 Å / Num. obs: 83357 / % possible obs: 99.94 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 6.93 % / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rpim(I) all: 0.022 / Χ2: 1.083 / Net I/σ(I): 18.21 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.302→48.783 Å / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 26.79
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 255.48 Å2 / Biso mean: 79.31 Å2 / Biso min: 35.07 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.302→48.783 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20 / % reflection obs: 95 %
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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