PDB-5y0o: Crystal structure of apo BsTmcAL

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5y0o

タイトル

Crystal structure of apo BsTmcAL

要素

UPF0348 protein B4417_3650

キーワード

LIGASE / acetate ligase

機能・相同性

機能・相同性情報

合成酵素; C-N結合を形成; その他のC-N結合を形成 / ligase activity, forming carbon-nitrogen bonds / tRNA modification / tRNA binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus subtilis (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Yamashita, S. / Tomita, K.

引用

ジャーナル: Nat. Chem. Biol. / 年: 2018
タイトル: Acetate-dependent tRNA acetylation required for decoding fidelity in protein synthesis.
著者: Taniguchi, T. / Miyauchi, K. / Sakaguchi, Y. / Yamashita, S. / Soma, A. / Tomita, K. / Suzuki, T.

履歴

登録	2017年7月18日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年7月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年12月26日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author / struct_keywords Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct_keywords.pdbx_keywords / _struct_keywords.text
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5y0o.cif.gz	347.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5y0o.ent.gz	284.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5y0o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5y0o_validation.pdf.gz	454.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5y0o_full_validation.pdf.gz	476.9 KB	表示
XML形式データ	5y0o_validation.xml.gz	32 KB	表示
CIF形式データ	5y0o_validation.cif.gz	43.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y0/5y0o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y0/5y0o	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5y0nSC 5y0pC 5y0qC 5y0rC 5y0sC 5y0tC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5y0n-d 5y0p-d 5y0q-d 5y0t-1 2g7k-d 5y0t-2 1qjv-d 5y0s-1 5y0r-1 3lfl-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: UPF0348 protein B4417_3650

B: UPF0348 protein B4417_3650

98.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.755, 67.656, 210.805
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	UPF0348 protein B4417_3650 分子量: 49225.016 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: The gene was cloned into pET15b with NdeI and XhoI site, and expressed as a N-terminally His-tagged protein. 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: B4417_3650 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A164SIT4, UniProt: O34513*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

UPF0348 protein B4417_3650

分子量: 49225.016 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The gene was cloned into pET15b with NdeI and XhoI site, and expressed as a N-terminally His-tagged protein.
由来: (組換発現)

Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: B4417_3650 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A164SIT4, UniProt: O34513*PLUS

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.88 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Tris-HCl, PEG400, KCl, MgCl2

-
データ収集

回折

平均測定温度: 95 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Photon Factory

/ ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月2日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.98 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Operator: -k,-h,-l / Fraction: 0.51

反射

解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 43997 / % possible obs: 99.99 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 13.24 % / R_merge(I) obs: 0.046 / R_pim(I) all: 0.013 / Χ²: 1.026 / Net I/σ(I): 32.57

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	R_pim(I) all	% possible all
2.3-2.34	13.21	1.557	1.8	2205	0.441	99.91
2.34-2.38	13.21	1.207	2.3	2131	0.343	100
2.38-2.43	13.4	1.071	2.7	2166	0.302	100
2.43-2.48	13.89	0.848	3.5	2157	0.234	100
2.48-2.53	13.63	0.681	4.3	2159	0.19	100
2.53-2.59	13.56	0.535	5.5	2197	0.15	100
2.59-2.66	12.93	0.42	6.7	2153	0.121	100
2.66-2.73	13.65	0.315	9	2176	0.088	100
2.73-2.81	13.64	0.268	10.5	2189	0.075	100
2.81-2.9	13	0.203	13	2151	0.058	100
2.9-3	13.72	0.155	17.3	2181	0.043	100
3-3.12	13.62	0.119	22.4	2189	0.033	100
3.12-3.26	13.12	0.093	27.6	2201	0.026	100
3.26-3.44	13.32	0.067	36.9	2198	0.019	100
3.44-3.65	13.36	0.045	53.6	2189	0.013	100
3.65-3.93	13.15	0.035	67	2221	0.01	100
3.92-4.33		0.029	79.9	2230	0.008	100
4.33-4.95	12.86	0.025	91.2	2219	0.007	100
4.95-6.24	12.67	0.026	89.8	2295	0.008	100
6.24-50	11.73	0.019	108.7	2390	0.006	99.87

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.8.4_1496	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5Y0N

5y0n

解像度: 2.3→48.774 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.09

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2182	2203	5.01 %
R_work	0.1783	-	-
obs	0.1802	43997	99.99 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 237.58 Å² / B_iso mean: 75.89 Å² / B_iso min: 31.59 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.3→48.774 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6610	0	0	57	6667
B_iso mean	-	-	-	51.66	-
残基数	-	-	-	-	828

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	6756
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.233	9134
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	1010
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1166
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.953	2530

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 16 / % reflection obs: 95 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
2.3006-2.3506	0.4083	137	0.3742	2593	2730
2.3506-2.4053	0.365	135	0.3564	2572	2707
2.4053-2.4654	0.398	134	0.3297	2548	2682
2.4654-2.5321	0.3493	135	0.3146	2556	2691
2.5321-2.6066	0.3356	138	0.2982	2624	2762
2.6066-2.6907	0.3419	134	0.2784	2549	2683
2.6907-2.7869	0.3128	136	0.2658	2582	2718
2.7869-2.8984	0.3201	135	0.2612	2570	2705
2.8984-3.0303	0.2866	137	0.2425	2599	2736
3.0303-3.1901	0.304	137	0.2285	2604	2741
3.1901-3.3899	0.2895	138	0.2103	2620	2758
3.3899-3.6516	0.214	136	0.1854	2584	2720
3.6516-4.0189	0.2111	139	0.1635	2640	2779
4.0189-4.6	0.1736	139	0.1321	2650	2789
4.6-5.7941	0.1461	141	0.1308	2674	2815
5.7941-48.7483	0.1721	149	0.1216	2817	2966

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.4077	-0.5443	0.9365	1.7883	1.2885	3.8588	-0.0832	0.419	0.0961	-0.5584	-0.0627	0.1026	-0.7139	-0.0126	0.1297	0.68	0.0488	0.0047	0.4774	-0.0027	0.3562	17.4829	-7.2938	-56.8066
2	5.0093	2.2559	2.2217	3.7748	2.9895	8.2326	0.3194	0.5598	-0.2501	-0.2878	0.1777	-0.702	1.9802	0.6656	-0.5971	0.9124	0.0903	0.0992	0.4792	0.055	0.5553	45.48	-2.367	-63.0111
3	1.6249	0.1039	0.3901	0.9512	1.0744	3.3431	-0.1082	0.2004	0.1785	-0.3747	0.0296	0.1144	-0.9032	-0.0514	0.0668	0.6245	0.0157	0.0284	0.4029	0.0578	0.3602	20.1042	-4.5913	-45.8152
4	2.2573	-0.5433	0.5877	2.9839	1.3503	3.8439	-0.0781	-0.5702	0.1518	0.2195	-0.1145	-0.037	-0.615	-1.2159	0.1643	0.5301	0.158	0.0051	0.714	0.0118	0.3135	23.8912	-0.9074	4.1939
5	3.3038	2.2816	1.1241	6.6118	3.1051	6.9151	0.3579	0.0193	-1.0417	1.0941	0.4327	-0.9301	1.0654	1.5696	-0.5957	0.5798	0.2173	-0.1086	0.8098	-0.0174	0.6848	19.4957	-29.0524	10.1751
6	1.504	0.2026	0.9079	1.3916	0.1215	4.0931	-0.0946	-0.3948	0.0702	0.0949	0.0051	-0.0038	-0.3499	-1.0662	0.0982	0.4431	0.0922	-0.0005	0.6151	-0.006	0.352	21.2908	-3.5642	-6.8017

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 1:105)	A	1 - 105
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 106:153)	A	106 - 153
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 154:414)	A	154 - 414
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain B and resid 1:105)	B	1 - 105
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain B and resid 106:153)	B	106 - 153
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 154:414)	B	154 - 414

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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