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- PDB-5xur: Crystal Structure of Rv2466c C22S Mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xur
タイトルCrystal Structure of Rv2466c C22S Mutant
要素Thioredoxin-like reductase Rv2466c
キーワードOXIDOREDUCTASE / thioredoxin-like
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidoglycan-based cell wall / oxidoreductase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Mycothiol-dependent nitroreductase Rv2466c / DSBA-like thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Thioredoxin-like reductase Rv2466c
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.996 Å
データ登録者Zhang, X. / Li, H.
引用ジャーナル: ACS Infect Dis / 年: 2018
タイトル: Identification of a Mycothiol-Dependent Nitroreductase from Mycobacterium tuberculosis.
著者: Negri, A. / Javidnia, P. / Mu, R. / Zhang, X. / Vendome, J. / Gold, B. / Roberts, J. / Barman, D. / Ioerger, T. / Sacchettini, J.C. / Jiang, X. / Burns-Huang, K. / Warrier, T. / Ling, Y. / ...著者: Negri, A. / Javidnia, P. / Mu, R. / Zhang, X. / Vendome, J. / Gold, B. / Roberts, J. / Barman, D. / Ioerger, T. / Sacchettini, J.C. / Jiang, X. / Burns-Huang, K. / Warrier, T. / Ling, Y. / Warren, J.D. / Oren, D.A. / Beuming, T. / Wang, H. / Wu, J. / Li, H. / Rhee, K.Y. / Nathan, C.F. / Liu, G. / Somersan-Karakaya, S.
履歴
登録2017年6月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年3月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thioredoxin-like reductase Rv2466c
B: Thioredoxin-like reductase Rv2466c
C: Thioredoxin-like reductase Rv2466c
D: Thioredoxin-like reductase Rv2466c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,5767
ポリマ－96,4164
非ポリマー1603
水8,071448
1
A: Thioredoxin-like reductase Rv2466c
B: Thioredoxin-like reductase Rv2466c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,3064
ポリマ－48,2082
非ポリマー982
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4890 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area16950 Å2
手法PISA
2
C: Thioredoxin-like reductase Rv2466c
D: Thioredoxin-like reductase Rv2466c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,2703
ポリマ－48,2082
非ポリマー621
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4310 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area17560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.391, 58.767, 109.331
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.670, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Thioredoxin-like reductase Rv2466c


分子量: 24104.070 Da / 分子数: 4 / 変異: C22S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: Rv2466c, RVBD_2466c, LH57_13485, P425_02568 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O53193
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 448 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.82 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.6
詳細: 25% PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris, pH 5.6, 0.1 M Ammounium Sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月3日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.996→50 Å / Num. obs: 61892 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Χ2: 1.183 / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsΧ2Diffraction-ID% possible all
2-2.0340.6371.206198.4
2.03-2.073.90.5331.259199.5
2.07-2.113.90.5011.276198.5
2.11-2.1540.4271.244199.5
2.15-2.240.3751.285198.9
2.2-2.2540.3071.299199.3
2.25-2.3140.2731.306198.8
2.31-2.3740.2311.3199.1
2.37-2.4440.1991.296199.3
2.44-2.5240.1691.325199
2.52-2.6140.1441.327199.3
2.61-2.7140.1191.106199.4
2.71-2.8440.11.063199.6
2.84-2.994.10.0861.046199.9
2.99-3.174.10.0791.024199.9
3.17-3.424.10.0711.111100
3.42-3.764.10.0651.2961100
3.76-4.314.10.0441.0941100
4.31-5.4340.0260.873199.6
5.43-504.10.0210.989199.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ収集
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIXdev_2689精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4NXI

4nxi


解像度: 1.996→45.558 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.12
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1865 1873 3.03 %Random selection
Rwork0.1574 ---
obs0.1583 61875 98.97 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 119.35 Å2 / Biso mean: 37.0677 Å2 / Biso min: 11.83 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.996→45.558 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6180 0 9 448 6637
Biso mean--50.53 43.95 -
残基数----789
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7737-0.39930.02240.36650.14520.9102-0.0325-0.0875-0.053-0.01020.03140.06670.17890.08740.06010.19370.0130.03250.07960.01710.152916.203517.906665.465
20.9078-0.55190.19430.6736-0.30310.4824-0.087-0.11750.1138-0.0450.0992-0.0224-0.0917-0.0922-0.0010.17880.0363-0.02810.1144-0.01160.1959-5.328644.204466.7505
30.7606-0.52470.31590.6942-0.41410.6704-0.0099-0.14330.0028-0.0352-0.0365-0.06250.10520.0028-0.00390.19180.00620.01750.28220.05920.170422.596712.137992.9247
40.8671-0.3458-0.18831.0874-0.71760.68760.0591-0.1299-0.1147-0.22390.17350.31750.1192-0.250.06150.1687-0.0224-0.05470.3430.05390.2522-9.354124.974988.8278
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 8 through 207)A8 - 207
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 1 through 207)B1 - 207
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'C' and resid 7 through 207)C7 - 207
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'D' and resid 7 through 207)D7 - 207

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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