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- PDB-5xpr: Human endothelin receptor type-B in complex with antagonist bosentan -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xpr
タイトルHuman endothelin receptor type-B in complex with antagonist bosentan
要素Endothelin B receptor,Endolysin,Endothelin B receptor
キーワードSIGNALING PROTEIN / alpha helical
機能・相同性
機能・相同性情報


enteric smooth muscle cell differentiation / response to endothelin / negative regulation of neuron maturation / chordate pharynx development / endothelin receptor activity / aldosterone metabolic process / regulation of fever generation / vein smooth muscle contraction / positive regulation of penile erection / heparin proteoglycan metabolic process ...enteric smooth muscle cell differentiation / response to endothelin / negative regulation of neuron maturation / chordate pharynx development / endothelin receptor activity / aldosterone metabolic process / regulation of fever generation / vein smooth muscle contraction / positive regulation of penile erection / heparin proteoglycan metabolic process / neuroblast migration / posterior midgut development / epithelial fluid transport / endothelin receptor signaling pathway / podocyte differentiation / developmental pigmentation / renal sodium ion absorption / response to sodium phosphate / renal sodium excretion / enteric nervous system development / protein transmembrane transport / renin secretion into blood stream / renal albumin absorption / melanocyte differentiation / regulation of pH / peripheral nervous system development / type 1 angiotensin receptor binding / negative regulation of adenylate cyclase activity / positive regulation of urine volume / regulation of epithelial cell proliferation / vasoconstriction / establishment of endothelial barrier / neural crest cell migration / negative regulation of protein metabolic process / cGMP-mediated signaling / response to pain / macrophage chemotaxis / peptide hormone binding / canonical Wnt signaling pathway / viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / regulation of heart rate / Peptide ligand-binding receptors / calcium-mediated signaling / : / calcium ion transmembrane transport / cell wall macromolecule catabolic process / vasodilation / lysozyme / lysozyme activity / nervous system development / cellular response to lipopolysaccharide / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / gene expression / nuclear membrane / G alpha (q) signalling events / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / host cell cytoplasm / cell surface receptor signaling pathway / defense response to bacterium / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Endothelin receptor B / Endothelin receptor family / : / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / : / Glycoside hydrolase, family 24 / Phage lysozyme / Lysozyme domain superfamily / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx ...Endothelin receptor B / Endothelin receptor family / : / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / : / Glycoside hydrolase, family 24 / Phage lysozyme / Lysozyme domain superfamily / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / Lysozyme-like domain superfamily / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-K86 / Endolysin / Endothelin receptor type B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Shihoya, W. / Nishizawa, T. / Yamashita, K. / Hirata, K. / Okuta, A. / Tani, K. / Fujiyoshi, Y. / Doi, T. / Nureki, O.
引用ジャーナル: Nat. Struct. Mol. Biol. / 年: 2017
タイトル: X-ray structures of endothelin ETB receptor bound to clinical antagonist bosentan and its analog
著者: Shihoya, W. / Nishizawa, T. / Yamashita, K. / Inoue, A. / Hirata, K. / Kadji, F.M.N. / Okuta, A. / Tani, K. / Aoki, J. / Fujiyoshi, Y. / Doi, T. / Nureki, O.
履歴
登録2017年6月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed
改定 1.22017年11月15日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endothelin B receptor,Endolysin,Endothelin B receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,0646
ポリマ－52,1281
非ポリマー9365
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area220 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area20760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.720, 74.720, 218.870
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Endothelin B receptor,Endolysin,Endothelin B receptor / ET-BR / Endothelin receptor non-selective type / Lysis protein / Lysozyme / Muramidase


分子量: 52128.090 Da / 分子数: 1
変異: R124Y,K270A,C1054A,I1094R,S342A,I381A,C396A,C400A,C405A
由来タイプ: 組換発現
詳細: Chimera protein of Residues 66-303 from P24530, linker, Residues 61-161 from P00720, Residues 311-407 from P24530.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
遺伝子: EDNRB, ETRB / プラスミド: modified pFastBac
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Sf9 / 参照: UniProt: P24530, UniProt: P00720, lysozyme
#2: 化合物 ChemComp-K86 / 4-tert-butyl-N-[6-(2-hydroxyethyloxy)-5-(2-methoxyphenoxy)-2-pyrimidin-2-yl-pyrimidin-4-yl]benzenesulfonamide / ボセンタン


分子量: 551.614 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H29N5O6S / コメント: 薬剤, アンタゴニスト*YM
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.65 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 6 / 詳細: PEG 500 DME, Na2SO4, MOPS

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.6→29.577 Å / Num. obs: 8691 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 93.57 Å2 / Net I/σ(I): 8.49

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.6→29.577 Å / SU ML: 0.61 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.78 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2966 862 9.96 %
Rwork0.2476 7794 -
obs0.2525 8656 99.24 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 204.21 Å2 / Biso mean: 83.1479 Å2 / Biso min: 36.3 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.6→29.577 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3170 0 59 0 3229
Biso mean--78.98 --
残基数----411
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033301
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6324509
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039531
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005548
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.1031926
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 6 / % reflection obs: 99 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
3.6001-3.82520.40411360.310312351371
3.8252-4.11980.2861430.279812831426
4.1198-4.53310.3271390.248912691408
4.5331-5.1860.28311380.239713061444
5.186-6.52220.34151460.279413091455
6.5222-29.57770.24661600.207413921552

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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