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- PDB-5ejy: Structure of Dictyostelium Discoideum Myosin VII MyTH4-FERM MF1 domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ejy
タイトルStructure of Dictyostelium Discoideum Myosin VII MyTH4-FERM MF1 domain
要素Myosin-I heavy chain
キーワードMOTOR PROTEIN / Molecular motor / myosin / myosin tail / MyTH4-FERM
機能・相同性
機能・相同性情報


spore germination / filopodium tip / actin filament-based movement / filopodium assembly / myosin complex / microfilament motor activity / cell-substrate adhesion / cell leading edge / cytoskeletal motor activity / phagocytic cup ...spore germination / filopodium tip / actin filament-based movement / filopodium assembly / myosin complex / microfilament motor activity / cell-substrate adhesion / cell leading edge / cytoskeletal motor activity / phagocytic cup / phagocytosis / actin filament organization / filopodium / cell morphogenesis / endocytosis / actin filament binding / actin cytoskeleton / actin binding / cell cortex / microtubule binding / ATP binding / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / DdMyo7 FERM domain / : / MyTH4 domain / MyTH4 domain superfamily / MyTH4 domain / MyTH4 domain profile. / Domain in Myosin and Kinesin Tails / RA like domain / IRS-type PTB domain ...: / DdMyo7 FERM domain / : / MyTH4 domain / MyTH4 domain superfamily / MyTH4 domain / MyTH4 domain profile. / Domain in Myosin and Kinesin Tails / RA like domain / IRS-type PTB domain / PTB domain (IRS-1 type) / Variant SH3 domain / FERM/acyl-CoA-binding protein superfamily / Short calmodulin-binding motif containing conserved Ile and Gln residues. / IQ motif, EF-hand binding site / Myosin head, motor domain / Myosin head (motor domain) / Myosin motor domain profile. / Myosin. Large ATPases. / IQ motif profile. / FERM central domain / FERM superfamily, second domain / FERM domain / FERM domain profile. / Band 4.1 domain / Band 4.1 homologues / Kinesin motor domain superfamily / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / PH-like domain superfamily / Ubiquitin-like domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Myosin-I heavy chain
類似検索 - 構成要素
生物種Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Sirigu, S. / Titus, M.A. / Houdusse, A.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016
タイトル: Myosin MyTH4-FERM structures highlight important principles of convergent evolution.
著者: Planelles-Herrero, V.J. / Blanc, F. / Sirigu, S. / Sirkia, H. / Clause, J. / Sourigues, Y. / Johnsrud, D.O. / Amigues, B. / Cecchini, M. / Gilbert, S.P. / Houdusse, A. / Titus, M.A.
履歴
登録2015年11月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Myosin-I heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,5685
ポリマ－57,4381
非ポリマー3,1314
水9,062503
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area240 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area23370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.210, 90.540, 148.720
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Myosin-I heavy chain / Class VII unconventional myosin / DdMVII / DdM7


分子量: 57437.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
遺伝子: myoI, DDB_G0274455 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): gold / 参照: UniProt: Q9U1M8
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-15P / POLYETHYLENE GLYCOL (N=34) / PEG 1500


分子量: 1529.829 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C69H140O35 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 503 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.14 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 18% PEG 8000, 100 mM MES pH 6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.97242 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97242 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 69695 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 5.9 % / Rsym value: 0.057 / Net I/σ(I): 18.36
反射 シェル解像度: 1.9→1.96 Å / 冗長度: 5.14 % / Mean I/σ(I) obs: 2.27 / % possible all: 97.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
PHASER位相決定
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3pvl

3pvl


解像度: 1.9→43.308 Å / FOM work R set: 0.8307 / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2 / 位相誤差: 23.67 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2297 3235 5 %
Rwork0.1944 61442 -
obs0.1962 64677 99.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 62.354 Å2 / ksol: 0.357 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 81.32 Å2 / Biso mean: 36.31 Å2 / Biso min: 16.22 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.5151 Å20 Å2-0 Å2
2--2.0941 Å20 Å2
3----11.6092 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→43.308 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3917 0 35 503 4455
Biso mean--49.3 42.7 -
残基数----500
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074034
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9665448
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07610
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004700
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.2411496
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9-1.96790.32313180.271860386356100
1.9679-2.04670.26353200.235660666386100
2.0467-2.13990.2543200.21260826402100
2.1399-2.25270.22223210.202260896410100
2.2527-2.39380.24723200.203160946414100
2.3938-2.57860.26223220.204261176439100
2.5786-2.83810.21643230.196661336456100
2.8381-3.24860.24633250.201161686493100
3.2486-4.09240.20153280.179162386566100
4.0924-43.31930.21763380.17836417675599

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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