PDB-5ck4: Signal recognition particle receptor SRb-GDP from Chaetomium ther...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ck4

タイトル

Signal recognition particle receptor SRb-GDP from Chaetomium thermophilum

要素

Putative signal recognition particle protein

キーワード

SIGNALING PROTEIN / Arf-like GTPase / protein translocation

機能・相同性

機能・相同性情報

endoplasmic reticulum membrane / GTP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Chaetomium thermophilum (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.89 Å

データ登録者

Jadhav, B.R. / Sinning, I. / Wild, K.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: Structure and Switch Cycle of SR beta as Ancestral Eukaryotic GTPase Associated with Secretory Membranes.
著者: Jadhav, B. / Wild, K. / Pool, M.R. / Sinning, I.

履歴

登録	2015年7月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年9月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年10月14日	Group: Database references
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDBx/mmCIF形式	5ck4.cif.gz	196.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ck4.ent.gz	155.5 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5ck4_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ck4_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	5ck4_validation.xml.gz	22 KB	表示
CIF形式データ	5ck4_validation.cif.gz	32.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ck/5ck4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ck/5ck4	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5ck3C 5ck5C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3w8s-d 3m3m-d 1rxh-d 5cse-d 6avk-d 5wxx-d 4uc7-1 1lcz-d 6uky-d 2iyu-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative signal recognition particle protein

B: Putative signal recognition particle protein

ヘテロ分子

69.8 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Putative signal recognition particle protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
34.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Putative signal recognition particle protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
34.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	34.960, 64.310, 64.930
Angle α, β, γ (deg.)	86.46, 90.13, 79.58
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Putative signal recognition particle protein 分子量: 34438.000 Da / 分子数: 2 / 断片: resdieus 42-346 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (菌類) / 遺伝子: CTHT_0022040 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0S401
#2: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 410 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.88 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.2 M sodium acetate, 20% (w/v) PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.99 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.89→34.38 Å / Num. obs: 44352 / % possible obs: 97.65 % / 冗長度: 2.5 % / R_merge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 9.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.2_1309	精密化
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.89→34.38 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 20.31 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2045	2211	5.08 %
R_work	0.1651	-	-
obs	0.1671	43483	97.65 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.89→34.38 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3347	0	56	410	3813

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3497
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.046	4745
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.396	1301
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.067	540
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	587

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.889-1.9301	0.2743	143	0.2393	2489	X-RAY DIFFRACTION	94
1.9301-1.975	0.2319	125	0.2098	2549	X-RAY DIFFRACTION	97
1.975-2.0243	0.2397	141	0.1927	2570	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0243-2.0791	0.2216	137	0.1937	2561	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0791-2.1402	0.2541	139	0.1809	2554	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1402-2.2093	0.2072	140	0.1722	2612	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2093-2.2883	0.2067	143	0.1723	2531	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2883-2.3799	0.2141	133	0.1659	2624	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3799-2.4881	0.2082	132	0.1634	2595	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4881-2.6193	0.2175	135	0.1699	2565	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6193-2.7833	0.2175	158	0.1688	2561	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7833-2.9981	0.2476	137	0.1734	2588	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9981-3.2996	0.2021	146	0.1615	2602	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2996-3.7765	0.1677	126	0.1474	2644	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7765-4.756	0.1612	144	0.1327	2597	X-RAY DIFFRACTION	99
4.756-34.3859	0.1996	132	0.1704	2630	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.2859	-0.3995	-0.1918	5.5593	0.7355	2.8498	-0.0084	0.542	-0.3427	-0.5317	0.121	0.5979	0.3782	-0.3913	0.0017	0.2287	-0.0503	-0.0472	0.2744	-0.0361	0.2009	-2.9976	12.6711	-18.1068
2	6.1502	-1.5263	-2.6592	5.042	1.1163	5.5816	0.1803	1.1518	-0.5979	-1.1121	-0.084	0.5162	0.8899	-0.5942	0.1019	0.5688	-0.0699	-0.1119	0.4834	-0.114	0.3204	-4.9742	8.5861	-20.9592
3	3.1381	0.2168	-0.2231	2.4404	-1.7338	2.9703	0.12	0.4555	-0.8537	-0.5095	-0.0946	0.3713	0.6634	-0.4445	-0.1111	0.3002	-0.0909	-0.0588	0.32	-0.0613	0.4572	-5.5272	3.3622	-8.7931
4	5.0096	0.3586	-0.0701	1.2156	-2.0968	3.6736	0.1523	-0.0073	0.0103	0.191	-0.076	0.1155	0.0268	-0.2392	0.0686	0.0979	0.0074	0.0077	0.1887	-0.0121	0.0684	1.1682	17.4196	-9.5722
5	2.1755	-0.2549	0.269	3.2099	-2.1126	3.5155	0.0163	-0.0844	-0.2062	0.0196	0.0086	-0.0084	0.0947	-0.1319	-0.0222	0.1034	-0.0203	0.0203	0.1266	-0.0163	0.1112	5.0072	12.6875	-5.141
6	2.9555	-0.2047	0.5409	4.037	-0.5195	5.8187	-0.072	-0.2293	-0.0263	0.2933	0.0029	-0.2226	0.0243	-0.067	0.0678	0.0882	-0.0263	0.0075	0.1261	-0.0216	0.1408	11.5512	15.6594	1.2605
7	4.8738	-3.9015	1.0568	6.5778	-1.0842	1.316	0.1264	0.7297	-0.037	-0.5688	-0.272	-0.3114	0.4415	0.3893	0.1491	0.3102	0.0576	0.0713	0.3607	-0.0101	0.1633	7.5616	18.0145	-20.9426
8	1.6647	1.2273	-0.7832	4.0853	-1.6854	3.0123	-0.0159	0.2051	0.3804	-0.054	-0.0532	-0.3464	-0.3605	0.1504	0.0955	0.1785	-0.0359	0.0029	0.1544	0.0351	0.216	19.9721	47.6333	13.1565
9	7.3464	2.3455	-0.6415	3.9827	-0.4984	3.6369	-0.0136	0.6169	0.3129	-0.9256	0.0879	-0.6267	-0.3179	0.1307	-0.1309	0.2812	0.0002	0.0587	0.288	0.0092	0.2635	23.2838	40.9159	8.2537
10	3.2668	-0.2527	-0.1246	3.2141	-0.6703	2.6682	0.0945	-0.005	0.3774	-0.2789	0.0131	-0.0865	-0.2327	0.0643	-0.0991	0.1783	-0.0715	0.0077	0.1582	0.0271	0.2439	20.1793	46.0577	17.7856
11	2.5882	1.8803	-1.1203	4.182	-1.9228	3.9376	0.1274	0.2893	0.4745	-0.3326	-0.1842	-0.2982	-0.4447	0.3371	-0.0093	0.2511	-0.0208	0.0351	0.2297	0.0829	0.27	19.9965	48.4634	13.3953
12	4.1834	0.5748	-0.5585	2.3103	1.2974	3.1936	-0.0854	-0.4458	-0.0266	0.5627	0.2077	-0.3027	0.2496	0.2956	-0.0754	0.1493	-0.0051	-0.0335	0.1963	0.0104	0.1037	14.818	37.518	30.0033
13	3.7241	-0.4882	-0.1061	2.3896	0.5038	3.8057	0.0459	0.0384	0.0923	-0.0143	-0.0028	0.2796	-0.0715	-0.2194	0.0164	0.0942	-0.0272	0.0134	0.1342	0.0204	0.0956	10.6069	35.7798	20.4439
14	4.2194	-0.1093	0.0811	6.0546	3.6087	2.3802	-0.1152	-0.3624	0.0322	0.5699	0.1268	-0.0164	0.3853	0.1827	-0.1775	0.1915	-0.0168	0.003	0.2038	0.0692	0.1353	8.3995	35.6925	35.9708
15	5.5473	0.9052	1.6165	5.0989	1.7929	2.6383	0.148	-0.725	0.4615	0.7787	0.1942	0.3602	-0.2518	-0.411	0.2482	0.2725	0.0081	0.0597	0.2621	-0.0274	0.2272	3.9505	43.5563	37.7264
16	3.3145	-2.7565	-2.6519	5.5014	4.6052	4.8652	0.1143	0.213	0.0977	-0.2751	-0.0936	0.0888	-0.1463	-0.2971	0.0186	0.1327	-0.0319	-0.0331	0.1847	0.0542	0.174	6.3704	37.5456	20.2265
17	4.7387	-4.6992	-1.6672	4.6927	1.7131	1.8541	0.1415	0.4247	0.0184	-0.6475	0.0628	0.388	-0.1315	-1.0547	-0.1508	0.3053	0.0198	-0.0878	0.3755	0.0549	0.2467	7.2071	39.0712	10.6252

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 48 through 71 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 72 through 150 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 151 through 189 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 190 through 210 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 211 through 259 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 260 through 326 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 327 through 347 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 45 through 62 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 63 through 134 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 135 through 166 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 167 through 201 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 202 through 231 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 232 through 259 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 260 through 282 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 283 through 311 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 312 through 336 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 337 through 347 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)