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万見
- PDB-5ck3: Signal recognition particle receptor SRb-GTP/SRX complex from Cha... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ck3
タイトルSignal recognition particle receptor SRb-GTP/SRX complex from Chaetomium thermophilum
要素
  • Putative signal recognition particle protein
  • SRX domain
キーワードSIGNALING PROTEIN / GTPase / Longin domain / regulator complex / protein translocation
機能・相同性
機能・相同性情報


signal recognition particle receptor complex / signal recognition particle binding / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / telomere maintenance / DNA damage checkpoint signaling / intracellular protein transport / chromosome / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity ...signal recognition particle receptor complex / signal recognition particle binding / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / telomere maintenance / DNA damage checkpoint signaling / intracellular protein transport / chromosome / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / DNA repair / GTPase activity / endoplasmic reticulum membrane / GTP binding / ATP hydrolysis activity / metal ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Signal recognition particle receptor, alpha subunit, N-terminal / Signal recognition particle, alpha subunit, N-terminal / Signal recognition particle receptor, beta subunit / Signal recognition particle receptor beta subunit / Beta-Lactamase - #60 / UME domain / UME (NUC010) domain / Domain in UVSB PI-3 kinase, MEI-41 and ESR-1 / SRP/SRP receptor, N-terminal / Signal recognition particle SRP54, helical bundle ...Signal recognition particle receptor, alpha subunit, N-terminal / Signal recognition particle, alpha subunit, N-terminal / Signal recognition particle receptor, beta subunit / Signal recognition particle receptor beta subunit / Beta-Lactamase - #60 / UME domain / UME (NUC010) domain / Domain in UVSB PI-3 kinase, MEI-41 and ESR-1 / SRP/SRP receptor, N-terminal / Signal recognition particle SRP54, helical bundle / Signal recognition particle SRP54, N-terminal domain superfamily / SRP54-type protein, helical bundle domain / SRP54-type protein, helical bundle domain / Signal recognition particle, SRP54 subunit, GTPase domain / SRP54-type protein, GTPase domain / SRP54-type protein, GTPase domain / Longin-like domain superfamily / : / FATC domain / PIK-related kinase, FAT / FAT domain / FATC / FATC domain / PIK-related kinase / FAT domain profile. / FATC domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / Beta-Lactamase / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Armadillo-type fold / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / non-specific serine/threonine protein kinase / Signal recognition particle receptor subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Jadhav, B.R. / Wild, K. / Sinning, I.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: Structure and Switch Cycle of SR beta as Ancestral Eukaryotic GTPase Associated with Secretory Membranes.
著者: Jadhav, B. / Wild, K. / Pool, M.R. / Sinning, I.
履歴
登録2015年7月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月14日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SRX domain
B: Putative signal recognition particle protein
C: SRX domain
D: Putative signal recognition particle protein
E: SRX domain
F: Putative signal recognition particle protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)163,29014
ポリマ－161,4596
非ポリマー1,8318
水00
1
A: SRX domain
B: Putative signal recognition particle protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,5556
ポリマ－53,8202
非ポリマー7364
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4090 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area19660 Å2
手法PISA
2
C: SRX domain
D: Putative signal recognition particle protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,3674
ポリマ－53,8202
非ポリマー5472
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3100 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area17150 Å2
手法PISA
3
E: SRX domain
F: Putative signal recognition particle protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,3674
ポリマ－53,8202
非ポリマー5472
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2710 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area14550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.277, 83.609, 90.213
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.23, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 2種, 6分子 ACEBDF

#1: タンパク質 SRX domain


分子量: 20568.152 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (菌類) / 遺伝子: CTHT_0014570 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0S1R8
#2: タンパク質 Putative signal recognition particle protein


分子量: 33251.621 Da / 分子数: 3 / Fragment: residues 42-346 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (菌類) / 遺伝子: CTHT_0022040 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0S401

-
非ポリマー , 4種, 8分子

#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.27 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 20% (w/v) PEG3350 and 0.1 M sodium citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.99 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→45.5 Å / Num. obs: 21109 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 7.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.2_1309精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2fh5

2fh5


解像度: 3.2→45.467 Å / SU ML: 0.5 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.26 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2996 1077 5.14 %
Rwork0.2762 --
obs0.2775 20939 99.23 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→45.467 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7790 0 110 0 7900
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0078062
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.21410950
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.0062933
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0451264
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061352
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2-3.34560.38061370.33272406X-RAY DIFFRACTION98
3.3456-3.5220.3871270.3312492X-RAY DIFFRACTION99
3.522-3.74250.30941190.29772489X-RAY DIFFRACTION100
3.7425-4.03130.32111340.28222470X-RAY DIFFRACTION99
4.0313-4.43670.30371240.2552499X-RAY DIFFRACTION100
4.4367-5.0780.2641400.24422484X-RAY DIFFRACTION100
5.078-6.39490.29351340.28842513X-RAY DIFFRACTION99
6.3949-45.47130.27081620.25782509X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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