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万見
- PDB-2zoq: Structural dissection of human mitogen-activated kinase ERK1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2zoq
タイトルStructural dissection of human mitogen-activated kinase ERK1
要素Mitogen-activated protein kinase 3
キーワードTRANSFERASE / serine/threonine kinase / ERK1 / Acetylation / ATP-binding / Cell cycle / Host-virus interaction / Nucleotide-binding / Phosphoprotein / Polymorphism / Serine/threonine-protein kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-34-mediated signaling pathway / negative regulation of cholesterol efflux / positive regulation of xenophagy / xenophagy / negative regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / RAF-independent MAPK1/3 activation / Suppression of apoptosis / Gastrin-CREB signalling pathway via PKC and MAPK / Signaling by Activin / cardiac neural crest cell development involved in heart development ...interleukin-34-mediated signaling pathway / negative regulation of cholesterol efflux / positive regulation of xenophagy / xenophagy / negative regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / RAF-independent MAPK1/3 activation / Suppression of apoptosis / Gastrin-CREB signalling pathway via PKC and MAPK / Signaling by Activin / cardiac neural crest cell development involved in heart development / caveolin-mediated endocytosis / Signaling by MAP2K mutants / Signaling by NODAL / response to epidermal growth factor / ERKs are inactivated / RSK activation / positive regulation of cyclase activity / Golgi Cisternae Pericentriolar Stack Reorganization / Regulation of the apoptosome activity / positive regulation of macrophage proliferation / phosphorylation / cartilage development / regulation of cellular pH / outer ear morphogenesis / Signaling by LTK in cancer / regulation of Golgi inheritance / interleukin-1-mediated signaling pathway / trachea formation / Negative feedback regulation of MAPK pathway / regulation of early endosome to late endosome transport / IFNG signaling activates MAPKs / regulation of stress-activated MAPK cascade / Frs2-mediated activation / MAPK3 (ERK1) activation / ERBB2-ERBB3 signaling pathway / positive regulation of macrophage chemotaxis / Activation of the AP-1 family of transcription factors / regulation of cytoskeleton organization / ERK/MAPK targets / RUNX2 regulates osteoblast differentiation / pseudopodium / response to exogenous dsRNA / face development / lung morphogenesis / positive regulation of telomere maintenance / Bergmann glial cell differentiation / thyroid gland development / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / regulation of ossification / signal transduction in response to DNA damage / MAP kinase activity / peptidyl-tyrosine autophosphorylation / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / mitogen-activated protein kinase / BMP signaling pathway / Signal attenuation / phosphatase binding / Schwann cell development / Growth hormone receptor signaling / stress-activated MAPK cascade / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / negative regulation of TORC1 signaling / ERK1 and ERK2 cascade / NPAS4 regulates expression of target genes / phosphotyrosine residue binding / sensory perception of pain / myelination / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / NCAM signaling for neurite out-growth / RNA Polymerase I Promoter Opening / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / cellular response to amino acid starvation / Negative regulation of FGFR3 signaling / ESR-mediated signaling / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / Negative regulation of FGFR2 signaling / Negative regulation of FGFR4 signaling / thymus development / Negative regulation of FGFR1 signaling / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / Regulation of PTEN gene transcription / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / Signal transduction by L1 / Spry regulation of FGF signaling / FCGR3A-mediated phagocytosis / Oncogene Induced Senescence / FCERI mediated MAPK activation / ISG15 antiviral mechanism / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / modulation of chemical synaptic transmission / caveola / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / Negative regulation of MAPK pathway / cellular response to mechanical stimulus / epidermal growth factor receptor signaling pathway / Interferon gamma signaling
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein (MAP) kinase, ERK1/2 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. ...Mitogen-activated protein (MAP) kinase, ERK1/2 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5ID / Mitogen-activated protein kinase 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.39 Å
データ登録者Kinoshita, T. / Tada, T. / Nakae, S. / Yoshida, I.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2008
タイトル: Crystal structure of human mono-phosphorylated ERK1 at Tyr204
著者: Kinoshita, T. / Yoshida, I. / Nakae, S. / Okita, K. / Gouda, M. / Matsubara, M. / Yokota, K. / Ishiguro, H. / Tada, T.
履歴
登録2008年6月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase 3
B: Mitogen-activated protein kinase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,0788
ポリマ－87,0562
非ポリマー1,0226
水5,657314
1
A: Mitogen-activated protein kinase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,0394
ポリマ－43,5281
非ポリマー5113
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Mitogen-activated protein kinase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,0394
ポリマ－43,5281
非ポリマー5113
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.382, 91.540, 64.930
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.50, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase 3 / Extracellular signal-regulated kinase 1 / ERK-1 / Insulin-stimulated MAP2 kinase / MAP kinase 1 / ...Extracellular signal-regulated kinase 1 / ERK-1 / Insulin-stimulated MAP2 kinase / MAP kinase 1 / MAPK 1 / p44-ERK1 / ERT2 / p44-MAPK / Microtubule-associated protein 2 kinase


分子量: 43527.754 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAPK3, ERK1, PRKM3 / プラスミド: pGEX-6p / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P27361, mitogen-activated protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-5ID / (2R,3R,4S,5R)-2-(4-AMINO-5-IODO-7H-PYRROLO[2,3-D]PYRIMIDIN-7-YL)-5-(HYDROXYMETHYL)TETRAHYDROFURAN-3,4-DIOL / 5-IODOTUBERCIDIN / 5-ヨ-ドツベルシジン


分子量: 392.150 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H13IN4O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 314 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.22 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 2M ammonium sulphate, 2% polyethyleneglycol400, 0.1M, pH7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2007年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.39→50 Å / Num. all: 28758 / Num. obs: 28700 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 144275 / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 23.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
CNX精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ERK

1erk
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.39→45.57 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.267 1435 -
Rwork0.249 --
all-28700 -
obs-27265 99.8 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.39→45.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5736 0 52 314 6102
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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