PDB-5x5q: Human thymidylate synthase complexed with dUMP and raltitrexed

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5x5q

タイトル

Human thymidylate synthase complexed with dUMP and raltitrexed

要素

Thymidylate synthase

キーワード

TRANSFERASE / methyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

uracil metabolic process / response to organophosphorus / intestinal epithelial cell maturation / response to folic acid / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / thymidylate synthase / response to vitamin A / sequence-specific mRNA binding / cartilage development / tetrahydrofolate interconversion ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.79 Å

データ登録者

Chen, D. / Jansson, A. / Larsson, A. / Nordlund, P.

資金援助

シンガポール, 1件

引用

ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: Structural analyses of human thymidylate synthase reveal a site that may control conformational switching between active and inactive states
著者: Chen, D. / Jansson, A. / Sim, D. / Larsson, A. / Nordlund, P.

履歴

登録	2017年2月17日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年6月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年8月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.d_res_low / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5x5q.cif.gz	344.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5x5q.ent.gz	280.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5x5q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5x5q_validation.pdf.gz	3.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5x5q_full_validation.pdf.gz	3.5 MB	表示
XML形式データ	5x5q_validation.xml.gz	62.5 KB	表示
CIF形式データ	5x5q_validation.cif.gz	79.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x5/5x5q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x5/5x5q	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5x4wC 5x4xC 5x4yC 5x5aC 5x5dC 5x66C 5x67C 5x69C 1i00S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6qxg-2 5x66-3 3gg5-1 5x5d-1 3ob7-2 5x5a-1 5by6-2 6qxh-2 4e5o-2 6qxh-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (1) #238 - 2019年10月リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase) 類似性 (1) #150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (1) #34 - 2002年10月ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Thymidylate synthase

B: Thymidylate synthase

C: Thymidylate synthase

D: Thymidylate synthase

E: Thymidylate synthase

F: Thymidylate synthase

ヘテロ分子

204 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Thymidylate synthase

D: Thymidylate synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
68 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Thymidylate synthase

E: Thymidylate synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
68 kDa, 2 ポリマー
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3

C: Thymidylate synthase

F: Thymidylate synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
68 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	107.835, 107.835, 314.951
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	PRO	PRO	MET	MET	A	A	26 - 311	3 - 288
2	1	PRO	PRO	MET	MET	B	B	26 - 311	3 - 288
1	2	PRO	PRO	PRO	PRO	A	A	26 - 305	3 - 282
2	2	PRO	PRO	PRO	PRO	C	C	26 - 305	3 - 282
1	3	HIS	HIS	PRO	PRO	A	A	28 - 305	5 - 282
2	3	HIS	HIS	PRO	PRO	D	D	28 - 305	5 - 282
1	4	PRO	PRO	PRO	PRO	A	A	26 - 305	3 - 282
2	4	PRO	PRO	PRO	PRO	E	E	26 - 305	3 - 282
1	5	PRO	PRO	HIS	HIS	A	A	26 - 304	3 - 281
2	5	PRO	PRO	HIS	HIS	F	F	26 - 304	3 - 281
1	6	PRO	PRO	PRO	PRO	B	B	26 - 305	3 - 282
2	6	PRO	PRO	PRO	PRO	C	C	26 - 305	3 - 282
1	7	HIS	HIS	PRO	PRO	B	B	28 - 305	5 - 282
2	7	HIS	HIS	PRO	PRO	D	D	28 - 305	5 - 282
1	8	PRO	PRO	PRO	PRO	B	B	26 - 305	3 - 282
2	8	PRO	PRO	PRO	PRO	E	E	26 - 305	3 - 282
1	9	PRO	PRO	HIS	HIS	B	B	26 - 304	3 - 281
2	9	PRO	PRO	HIS	HIS	F	F	26 - 304	3 - 281
1	10	HIS	HIS	PRO	PRO	C	C	28 - 305	5 - 282
2	10	HIS	HIS	PRO	PRO	D	D	28 - 305	5 - 282
1	11	PRO	PRO	THR	THR	C	C	26 - 306	3 - 283
2	11	PRO	PRO	THR	THR	E	E	26 - 306	3 - 283
1	12	PRO	PRO	HIS	HIS	C	C	26 - 304	3 - 281
2	12	PRO	PRO	HIS	HIS	F	F	26 - 304	3 - 281
1	13	HIS	HIS	PRO	PRO	D	D	28 - 305	5 - 282
2	13	HIS	HIS	PRO	PRO	E	E	28 - 305	5 - 282
1	14	HIS	HIS	HIS	HIS	D	D	28 - 304	5 - 281
2	14	HIS	HIS	HIS	HIS	F	F	28 - 304	5 - 281
1	15	PRO	PRO	HIS	HIS	E	E	26 - 304	3 - 281
2	15	PRO	PRO	HIS	HIS	F	F	26 - 304	3 - 281

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

#1: タンパク質	Thymidylate synthase / TSase 分子量: 33254.125 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 26-313 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TYMS, TS, OK/SW-cl.29 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04818, thymidylate synthase
#2: 化合物	ChemComp-UMP / 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE / DUMP / dUMP 分子量: 308.182 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₃N₂O₈P
#3: 化合物	ChemComp-D16 / TOMUDEX / ZD1694 / Raltitrexed / ラルチトレキセド分子量: 458.488 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₂N₄O₆S / コメント: 化学療法薬, 阻害剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.74 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 100mM sodium calcodylate, pH 6.5, 25% PEG 4000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Australian Synchrotron

/ ビームライン: MX2 / 波長: 1.013 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月14日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.013 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.8→30 Å / Num. obs: 43961 / % possible obs: 93 % / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 0.126 / R_pim(I) all: 0.051 / R_rim(I) all: 0.136 / Χ²: 0.891 / Net I/σ(I): 5.8 / Num. measured all: 303589

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.8-2.9	7.6	0.596	4344	0.926	0.222	0.639	0.663	93.8
2.9-3.02	7.4	0.456	4337	0.962	0.171	0.489	0.713	93.5
3.02-3.15	7.3	0.341	4319	0.974	0.129	0.367	0.803	93.2
3.15-3.32	7	0.252	4315	0.985	0.097	0.271	0.912	92.7
3.32-3.53	6.8	0.202	4316	0.985	0.08	0.219	1.041	92.5
3.53-3.8	6.5	0.16	4298	0.989	0.065	0.174	1.21	91.7
3.8-4.18	6.1	0.143	4284	0.989	0.061	0.157	1.339	90.5
4.18-4.78	5.7	0.115	4182	0.99	0.052	0.127	1.249	88.1
4.78-6.02	5.9	0.082	4555	0.995	0.037	0.09	0.818	94.5
6.02-30	8.6	0.052	5011	0.998	0.02	0.056	0.544	98.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0155	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
HKL-2000		data processing
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1I00

1i00

解像度: 2.79→27.177 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.921 / SU B: 15.032 / SU ML: 0.294 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 20.989 / ESU R Free: 0.441 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2618	2121	4.9 %	RANDOM
R_work	0.2207	-	-	-
obs	0.2226	41551	91.83 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 121.43 Å² / B_iso mean: 49.508 Å² / B_iso min: 17.68 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.14 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.14 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.28 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.79→27.177 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13497	0	312	10	13819
B_iso mean	-	-	57.91	38.33	-
残基数	-	-	-	-	1694

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.019	14211
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	13205
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.576	1.983	19285
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.969	3	30337
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.163	5	1690
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.451	23.358	667
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.023	15	2304
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.319	15	105
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	2019
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	16038
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3413

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	18256	0.05
1	2	B	18256	0.05
2	1	A	17672	0.06
2	2	C	17672	0.06
3	1	A	17720	0.05
3	2	D	17720	0.05
4	1	A	17836	0.06
4	2	E	17836	0.06
5	1	A	17290	0.06
5	2	F	17290	0.06
6	1	B	17638	0.07
6	2	C	17638	0.07
7	1	B	17636	0.06
7	2	D	17636	0.06
8	1	B	17738	0.06
8	2	E	17738	0.06
9	1	B	17286	0.06
9	2	F	17286	0.06
10	1	C	17548	0.07
10	2	D	17548	0.07
11	1	C	17652	0.07
11	2	E	17652	0.07
12	1	C	17216	0.08
12	2	F	17216	0.08
13	1	D	17804	0.05
13	2	E	17804	0.05
14	1	D	17324	0.06
14	2	F	17324	0.06
15	1	E	17298	0.07
15	2	F	17298	0.07

LS精密化シェル

解像度: 2.786→2.859 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.32	157	-
R_work	0.288	2784	-
all	-	2941	-
obs	-	-	85.07 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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