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- PDB-5wro: Crystal structure of Drosophila enolase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wro
タイトルCrystal structure of Drosophila enolase
要素Enolase
キーワードLYASE / enolase / hydrolyase / metabolism
機能・相同性
機能・相同性情報


Glycolysis / Gluconeogenesis / regulation of vacuole fusion, non-autophagic / phosphopyruvate hydratase / phosphopyruvate hydratase complex / phosphopyruvate hydratase activity / glycolytic process / glucose homeostasis / magnesium ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Enolase / Enolase, conserved site / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal domain / Enolase signature. / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal domain / Enolase-like C-terminal domain ...Enolase / Enolase, conserved site / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal domain / Enolase signature. / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal domain / Enolase-like C-terminal domain / Enolase-like, N-terminal domain / Enolase-like, N-terminal / Enolase-like, C-terminal domain superfamily / Enolase-like; domain 1 / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.015 Å
データ登録者Zhang, Z. / Shi, Z.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2017
タイトル: Crystal structure of enolase from Drosophila melanogaster.
著者: Sun, C. / Xu, B. / Liu, X. / Zhang, Z. / Su, Z.
履歴
登録2016年12月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年4月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Enolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,0339
ポリマ－47,3381
非ポリマー6968
水5,999333
1
A: Enolase
ヘテロ分子

A: Enolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,06618
ポリマ－94,6752
非ポリマー1,39116
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z1
Buried area6920 Å2
ΔGint-144 kcal/mol
Surface area29780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.820, 118.820, 229.792
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Enolase / 2-phospho-D-glycerate hydro-lyase / 2-phosphoglycerate dehydratase


分子量: 47337.664 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 69-500 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Eno, CG17654 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): CodonPlus / 参照: UniProt: P15007, phosphopyruvate hydratase

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非ポリマー , 6種, 341分子

#2: 化合物 ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 化合物 ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 333 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.73 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: 10 mM CoCl2, 0.1 M CdCl2, 0.1 M MES pH6.5, 1.9 M (NH4)2SO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.015→50 Å / Num. obs: 41492 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.104 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.604 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3B97

3b97


解像度: 2.015→38.327 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.24 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1998 4052 5.07 %
Rwork0.1591 --
obs0.1611 41492 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.015→38.327 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3269 0 26 333 3628
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073394
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8024602
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.6192750
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05522
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004602
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.015-2.03870.30071270.27362617X-RAY DIFFRACTION100
2.0387-2.06360.3021290.25792566X-RAY DIFFRACTION100
2.0636-2.08970.28741090.23722672X-RAY DIFFRACTION100
2.0897-2.11720.24791500.2232597X-RAY DIFFRACTION100
2.1172-2.14620.26341180.20722639X-RAY DIFFRACTION100
2.1462-2.17680.2431560.20582598X-RAY DIFFRACTION100
2.1768-2.20930.25411280.19812666X-RAY DIFFRACTION100
2.2093-2.24380.21791290.19982609X-RAY DIFFRACTION100
2.2438-2.28060.22931660.1912606X-RAY DIFFRACTION100
2.2806-2.320.21781610.17582556X-RAY DIFFRACTION100
2.32-2.36210.21511640.17292596X-RAY DIFFRACTION100
2.3621-2.40760.23231600.17672596X-RAY DIFFRACTION100
2.4076-2.45670.21081630.17372600X-RAY DIFFRACTION100
2.4567-2.51010.20761350.17612639X-RAY DIFFRACTION100
2.5101-2.56850.21481220.17112612X-RAY DIFFRACTION100
2.5685-2.63270.20081810.15392601X-RAY DIFFRACTION100
2.6327-2.70390.17891450.15352627X-RAY DIFFRACTION100
2.7039-2.78340.21511110.1592624X-RAY DIFFRACTION100
2.7834-2.87320.22631510.15622582X-RAY DIFFRACTION100
2.8732-2.97590.18621420.16112622X-RAY DIFFRACTION100
2.9759-3.0950.18431290.15672630X-RAY DIFFRACTION100
3.095-3.23580.1981320.15942635X-RAY DIFFRACTION100
3.2358-3.40630.19461360.14782609X-RAY DIFFRACTION100
3.4063-3.61950.20231440.13962595X-RAY DIFFRACTION100
3.6195-3.89870.16411410.13132626X-RAY DIFFRACTION100
3.8987-4.29060.17451400.12512647X-RAY DIFFRACTION100
4.2906-4.91040.18841080.12362659X-RAY DIFFRACTION100
4.9104-6.18240.16351350.14792602X-RAY DIFFRACTION100
6.1824-38.33350.18591400.17262612X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.11730.52830.98343.1683-0.64092.7471-0.14360.05730.3091-0.01330.0125-0.1188-0.30780.19320.07840.1871-0.0608-0.02620.2131-0.00310.2916-16.177262.2082-0.4058
21.48650.21370.11751.87360.20751.3383-0.06690.4149-0.0536-0.3870.0399-0.22070.06740.23980.03310.2529-0.0330.0270.3169-0.01470.1898-18.933443.0852-17.3066
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 62 through 153 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 154 through 500 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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