+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5wr2 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Thermolysin, SFX liganded form with oil-based carrier | ||||||
![]() | Thermolysin | ||||||
![]() | HYDROLASE / X-ray free-electron laser / Serial femtosecond crystallography / Microcrystal / Structure-based drug design | ||||||
機能・相同性 | ![]() thermolysin / metalloendopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kunishima, N. / Naitow, H. / Matsuura, Y. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Protein-ligand complex structure from serial femtosecond crystallography using soaked thermolysin microcrystals and comparison with structures from synchrotron radiation 著者: Naitow, H. / Matsuura, Y. / Tono, K. / Joti, Y. / Kameshima, T. / Hatsui, T. / Yabashi, M. / Tanaka, R. / Tanaka, T. / Sugahara, M. / Kobayashi, J. / Nango, E. / Iwata, S. / Kunishima, N. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 83.9 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 61 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 949 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 949.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 24.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5wr3C ![]() 5wr4C ![]() 5wr5C ![]() 5wr6C ![]() 4ow3S C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ | |
実験データセット #1 | データ参照: ![]() |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
単位格子 |
| ||||||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34360.336 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 236-551 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: nprS, nprM 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P43133, thermolysin | ||
---|---|---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-NX6 / | ||
#3: 化合物 | ChemComp-ZN / | ||
#4: 化合物 | ChemComp-CA / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.99 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 277 K / 手法: batch mode / pH: 6.5 / 詳細: PEG2000MME, MES, CaCl2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 300 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MPCCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年5月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.77 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→46.8 Å / Num. obs: 23565 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 551.8 % / Biso Wilson estimate: 36.52 Å2 / CC1/2: 0.981 / Net I/σ(I): 7.1 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 83.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / CC1/2: 0.538 / % possible all: 100 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4OW3 解像度: 2→46.8 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / 位相誤差: 16.42
| ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 37.61 Å2 | ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→46.8 Å
| ||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.09 Å
|