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万見
- PDB-5wog: Human Hemoglobin immersed in Liquid Oxygen for 1 minute -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wog
タイトルHuman Hemoglobin immersed in Liquid Oxygen for 1 minute
要素
  • Hemoglobin subunit alpha
  • Hemoglobin subunit beta
キーワードOXYGEN BINDING / Hemoglobin / Oxygen
機能・相同性
機能・相同性情報


nitric oxide transport / hemoglobin binding / hemoglobin alpha binding / haptoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / renal absorption / organic acid binding / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma ...nitric oxide transport / hemoglobin binding / hemoglobin alpha binding / haptoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / renal absorption / organic acid binding / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma / endocytic vesicle lumen / blood vessel diameter maintenance / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / Late endosomal microautophagy / Heme signaling / carbon dioxide transport / response to hydrogen peroxide / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / Cytoprotection by HMOX1 / regulation of blood pressure / oxygen binding / platelet aggregation / Chaperone Mediated Autophagy / peroxidase activity / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / tertiary granule lumen / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / ficolin-1-rich granule lumen / blood microparticle / iron ion binding / heme binding / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / membrane / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily ...Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Hemoglobin subunit beta / Hemoglobin subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.54 Å
データ登録者Gumpper, R.H. / Terrell, J.R. / Luo, M.
引用ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2018
タイトル: Hemoglobin crystals immersed in liquid oxygen reveal diffusion channels.
著者: Terrell, J.R. / Gumpper, R.H. / Luo, M.
履歴
登録2017年8月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年1月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemoglobin subunit alpha
B: Hemoglobin subunit alpha
C: Hemoglobin subunit beta
D: Hemoglobin subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,4508
ポリマ－60,9844
非ポリマー2,4664
水13,998777
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10270 Å2
ΔGint-100 kcal/mol
Surface area23670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.360, 82.890, 83.600
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21(chain B and (resid 2 through 84 or (resid 85...
12(chain C and (resid 1 through 140 or resid 142 through 146))
22(chain D and (resid 1 through 89 or (resid 90...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain AA2 - 142
211(chain B and (resid 2 through 84 or (resid 85...B2 - 84
221(chain B and (resid 2 through 84 or (resid 85...B85
231(chain B and (resid 2 through 84 or (resid 85...B2 - 142
241(chain B and (resid 2 through 84 or (resid 85...B2 - 142
251(chain B and (resid 2 through 84 or (resid 85...B2 - 142
261(chain B and (resid 2 through 84 or (resid 85...B2 - 142
112(chain C and (resid 1 through 140 or resid 142 through 146))C1 - 140
122(chain C and (resid 1 through 140 or resid 142 through 146))C142 - 146
212(chain D and (resid 1 through 89 or (resid 90...D1 - 89
222(chain D and (resid 1 through 89 or (resid 90...D90
232(chain D and (resid 1 through 89 or (resid 90...D1 - 147
242(chain D and (resid 1 through 89 or (resid 90...D1 - 147
252(chain D and (resid 1 through 89 or (resid 90...D1 - 147
262(chain D and (resid 1 through 89 or (resid 90...D1 - 147

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 Hemoglobin subunit alpha / Alpha-globin / Hemoglobin alpha chain


分子量: 14601.673 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P69905
#2: タンパク質 Hemoglobin subunit beta / Beta-globin / Hemoglobin beta chain


分子量: 15890.198 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P68871
#3: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 777 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.54 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: batch mode
詳細: 1 mL of 40 mg/mL hemoglobin + 2.65 M (final concentration) phosphate buffer, topped with 100 uL toluene

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月14日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.26→41.445 Å / Num. obs: 140708 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 13.699 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.114 / Rrim(I) all: 0.118 / Χ2: 1.013 / Net I/σ(I): 11.61
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.26-1.2912.784.2880.63103650.3834.46599.9
1.29-1.3312.9812.5451.12100540.4932.64999.9
1.33-1.3713.1982.4761.2598400.5762.57599.9
1.37-1.4113.3771.8281.8494920.6891.999.9
1.41-1.4513.5721.4722.5392660.8271.52999.7
1.45-1.5113.7621.0513.6389110.8981.09199.4
1.51-1.5613.8980.7585.0185830.9350.78799.3
1.56-1.6314.0940.5676.2682780.9660.58899.1
1.63-1.714.1990.4277.8879260.9770.44399.2
1.7-1.7814.2870.30810.1575860.9850.3299
1.78-1.8814.3430.22712.872080.990.23598.8
1.88-1.9914.0650.17117.1968100.9930.17798.2
1.99-2.1314.0410.12121.6864870.9960.12699.6
2.13-2.313.7160.10424.9360320.9960.10899
2.3-2.5214.0460.08328.0156000.9980.08699.8
2.52-2.8214.0280.07431.0250900.9980.077100
2.82-3.2513.8130.06634.4645330.9980.068100
3.25-3.9813.6430.05937.1538590.9980.06199.9
3.98-5.6313.7270.05438.3830290.9980.05699.9
5.63-41.44512.8230.06836.8617590.9970.07199.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2DN1

2dn1


解像度: 1.54→41.445 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.53 / 位相誤差: 19.12
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2065 1987 2.76 %
Rwork0.184 --
obs0.1846 136945 91.48 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 72.46 Å2 / Biso mean: 21.3023 Å2 / Biso min: 7.31 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.54→41.445 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4292 0 172 777 5241
Biso mean--18.18 30.38 -
残基数----566
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074611
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8766333
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051692
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007790
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.0292615
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1222X-RAY DIFFRACTION7.738TORSIONAL
12B1222X-RAY DIFFRACTION7.738TORSIONAL
21C1317X-RAY DIFFRACTION7.738TORSIONAL
22D1317X-RAY DIFFRACTION7.738TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 27

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.5401-1.55960.25951210.22134239436079
1.5596-1.58010.23661240.20674246437079
1.5801-1.60170.24331240.21194397452181
1.6017-1.62460.21081250.20854362448781
1.6246-1.64890.24371260.20284437456383
1.6489-1.67460.23841370.2084525466283
1.6746-1.70210.25221220.19944555467785
1.7021-1.73140.23551270.20444602472985
1.7314-1.76290.25921270.21014653478087
1.7629-1.79680.27511470.20284732487988
1.7968-1.83350.2511400.20684821496189
1.8335-1.87340.23251260.20054815494189
1.8734-1.9170.20061440.20534933507792
1.917-1.96490.22151370.19974967510492
1.9649-2.0180.20391430.19195135527896
2.018-2.07740.24291430.1865239538297
2.0774-2.14450.20541520.18275224537697
2.1445-2.22110.18281450.18025146529195
2.2211-2.310.22991440.1915212535697
2.31-2.41510.21011510.17855317546899
2.4151-2.54250.23991480.18495343549199
2.5425-2.70170.21641550.19455319547499
2.7017-2.91030.19511630.183453895552100
2.9103-3.2030.19631540.179353875541100
3.203-3.66630.20871520.164853875539100
3.6663-4.61820.14291540.151853815535100
4.6182-41.460.18761500.18654015551100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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