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- PDB-5wk1: Structure of the major capsid protein and the capsid stabilizing ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wk1
タイトルStructure of the major capsid protein and the capsid stabilizing protein of the marine siphovirus TW1
要素
  • Capsid Stabilizing Protein
  • Major Capsid Protein
キーワードVIRUS / Major Capsid Protein / Capsid Stabilizing Protein / HK 97 fold / Decoration Protein
機能・相同性Protein of unknown function DUF6260 / Family of unknown function (DUF6260) / viral capsid / Putative coat protein / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Pseudoalteromonas phage TW1 (ファージ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Wang, Z. / Rossmann, M.G.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB-1515260 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2018
タイトル: Structure of the Marine Siphovirus TW1: Evolution of Capsid-Stabilizing Proteins and Tail Spikes.
著者: Zhiqing Wang / Stephen C Hardies / Andrei Fokine / Thomas Klose / Wen Jiang / Byung Cheol Cho / Michael G Rossmann /
要旨: Marine bacteriophage TW1 belongs to the Siphoviridae family and infects Pseudoalteromonas phenolica. Mass spectrometry analysis has identified 16 different proteins in the TW1 virion. Functions of ...Marine bacteriophage TW1 belongs to the Siphoviridae family and infects Pseudoalteromonas phenolica. Mass spectrometry analysis has identified 16 different proteins in the TW1 virion. Functions of most of these proteins have been predicted by bioinformatic methods. A 3.6 Å resolution cryoelectron microscopy map of the icosahedrally averaged TW1 head showed the atomic structures of the major capsid protein, gp57, and the capsid-stabilizing protein, gp56. The gp57 structure is similar to that of the phage HK97 capsid protein. The gp56 protein has two domains, each having folds similar to that of the N-terminal part of phage λ gpD, indicating a common ancestry. The first gp56 domain clamps adjacent capsomers together, whereas the second domain is required for trimerization. A 6-fold-averaged reconstruction of the distal part of the tail showed that TW1 has six tail spikes, which are unusual for siphophages but are similar to the podophages P22 and Sf6, suggesting a common evolutionary origin of these spikes.
履歴
登録2017年7月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月21日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete icosahedral assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral pentamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral 23 hexamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-8854
  • Jmolによる作画
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  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-8854
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: Capsid Stabilizing Protein
L: Capsid Stabilizing Protein
Y: Capsid Stabilizing Protein
M: Capsid Stabilizing Protein
S: Capsid Stabilizing Protein
Z: Capsid Stabilizing Protein
K: Capsid Stabilizing Protein
A: Major Capsid Protein
B: Major Capsid Protein
C: Major Capsid Protein
D: Major Capsid Protein
E: Major Capsid Protein
F: Major Capsid Protein
G: Major Capsid Protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)378,46014
ポリマ－378,46014
非ポリマー00
水00
1
X: Capsid Stabilizing Protein
L: Capsid Stabilizing Protein
Y: Capsid Stabilizing Protein
M: Capsid Stabilizing Protein
S: Capsid Stabilizing Protein
Z: Capsid Stabilizing Protein
K: Capsid Stabilizing Protein
A: Major Capsid Protein
B: Major Capsid Protein
C: Major Capsid Protein
D: Major Capsid Protein
E: Major Capsid Protein
F: Major Capsid Protein
G: Major Capsid Protein
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,707,612840
ポリマ－22,707,612840
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
X: Capsid Stabilizing Protein
L: Capsid Stabilizing Protein
Y: Capsid Stabilizing Protein
M: Capsid Stabilizing Protein
S: Capsid Stabilizing Protein
Z: Capsid Stabilizing Protein
K: Capsid Stabilizing Protein
A: Major Capsid Protein
B: Major Capsid Protein
C: Major Capsid Protein
D: Major Capsid Protein
E: Major Capsid Protein
F: Major Capsid Protein
G: Major Capsid Protein
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 1.89 MDa, 70 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,892,30170
ポリマ－1,892,30170
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
X: Capsid Stabilizing Protein
L: Capsid Stabilizing Protein
Y: Capsid Stabilizing Protein
M: Capsid Stabilizing Protein
S: Capsid Stabilizing Protein
Z: Capsid Stabilizing Protein
K: Capsid Stabilizing Protein
A: Major Capsid Protein
B: Major Capsid Protein
C: Major Capsid Protein
D: Major Capsid Protein
E: Major Capsid Protein
F: Major Capsid Protein
G: Major Capsid Protein
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 2.27 MDa, 84 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,270,76184
ポリマ－2,270,76184
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

-
要素

#1: タンパク質
Capsid Stabilizing Protein


分子量: 15017.777 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudoalteromonas phage TW1 (ファージ) / 参照: UniProt: S5MS27
#2: タンパク質
Major Capsid Protein


分子量: 39047.965 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudoalteromonas phage TW1 (ファージ) / 参照: UniProt: S5M825

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Pseudoalteromonas phage TW1 / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Pseudoalteromonas phage TW1 (ファージ)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 50 mM Tris, pH 7.5, 100 mM NaCl, 8 mM MgSO4
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
150 mMTrisC4H11NO31
2100 mMsodium chlorideNaCl1
38 mMmagnesium sulfateMgSO41
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Ted Pella Inc, Lacey Carbon
急速凍結装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 75 % / 凍結前の試料温度: 298 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 22500 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
最高温度: 80 K / 最低温度: 80 K
撮影電子線照射量: 20 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-16 (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1EMAN2粒子像選択
4jsprctfit2CTF補正
10jspr初期オイラー角割当
11jspr最終オイラー角割当
13jspr３次元再構成
CTF補正タイプ: NONE
粒子像の選択選択した粒子像数: 16216
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 8663 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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