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- PDB-5whh: Crystal Structure of Bcl-2-related protein A1 in complex with sta... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5whh
タイトルCrystal Structure of Bcl-2-related protein A1 in complex with stapled peptide (AQ7)T(0EH)LRRFGD(MK8)INFRQ(NH2)
要素
  • (AQ7)T(0EH)LRRFGD(MK8)INFRQ(NH2)
  • Bcl-2-related protein A1
キーワードAPOPTOSIS / stapled peptide
機能・相同性
機能・相同性情報


channel activity / mitochondrial fusion / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / release of cytochrome c from mitochondria / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / mitochondrial outer membrane / positive regulation of apoptotic process / protein heterodimerization activity / negative regulation of apoptotic process ...channel activity / mitochondrial fusion / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / release of cytochrome c from mitochondria / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / mitochondrial outer membrane / positive regulation of apoptotic process / protein heterodimerization activity / negative regulation of apoptotic process / protein homodimerization activity / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Bcl-2-related protein A1 / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl-2 family / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 ...Bcl-2-related protein A1 / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl-2 family / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Bcl2-like / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Bcl-2-related protein A1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.38 Å
データ登録者Seo, H.-S. / Dhe-Paganon, S.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2018
タイトル: Crystal Structures of Anti-apoptotic BFL-1 and Its Complex with a Covalent Stapled Peptide Inhibitor.
著者: Harvey, E.P. / Seo, H.S. / Guerra, R.M. / Bird, G.H. / Dhe-Paganon, S. / Walensky, L.D.
履歴
登録2017年7月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bcl-2-related protein A1
B: (AQ7)T(0EH)LRRFGD(MK8)INFRQ(NH2)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,6903
ポリマ－20,6552
非ポリマー351
水95553
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1660 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area8250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.710, 86.710, 40.360
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-327-

HOH

21A-338-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Bcl-2-related protein A1 / Bcl-2-like protein 5 / Bcl2-L-5 / Hemopoietic-specific early response protein / Protein BFL-1 / Protein GRS


分子量: 18596.062 Da / 分子数: 1 / 変異: C4S, C19S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCL2A1, BCL2L5, BFL1, GRS, HBPA1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q16548
#2: タンパク質・ペプチド (AQ7)T(0EH)LRRFGD(MK8)INFRQ(NH2)


分子量: 2058.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.78 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG3350 20%, 0.2M Sodium malonate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.38→43.35 Å / Num. obs: 7168 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 9.8 % / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 2.38→2.42 Å / 冗長度: 5.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 92.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3I1H

3i1h


解像度: 2.38→43.36 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.15 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.293 360 5.03 %
Rwork0.211 --
obs0.214 7150 99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 45.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.38→43.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1272 0 1 53 1326
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0051305
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6041772
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.81767
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041196
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005229
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3804-2.72480.36521090.28482194X-RAY DIFFRACTION98
2.7248-3.43270.35341340.23512250X-RAY DIFFRACTION100
3.4327-43.36220.23871170.1812346X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.9151-2.3882-0.11372.5748-0.0093.91580.48170.69860.5251-0.2304-0.3183-0.48560.1189-0.0108-0.11660.4509-0.00160.03850.3217-0.0310.3414-1.476730.417435.8118
25.0353-4.54031.25268.0868-0.42890.4356-0.22970.8912-0.4543-0.7813-0.1158-1.43861.28520.53970.16850.87710.150.14870.4969-0.09080.5844-10.141526.333828.8315
33.025-0.82550.11123.20170.34850.6771-0.2001-0.2672-0.24480.28070.21070.5755-0.1117-0.2912-0.04960.59270.0233-0.03150.5435-0.00470.2598-13.973136.126742.8009
44.32340.98421.3316.5708-3.7898.82270.351-0.1080.11390.2730.14090.2231-0.15990.8796-0.50540.3576-0.01870.04110.3375-0.0050.3088-3.464645.502245.4758
52.249-0.45862.90482.0548-2.97218.7827-0.0567-0.34130.09120.29940.0520.1446-0.3045-0.6531-0.03780.32170.00890.02690.2449-0.03890.3102-7.698337.445945.533
60.2882-0.5807-0.23932.506-0.11523.07890.3795-0.31480.49750.2555-0.0544-0.47310.2804-0.098-0.23380.4937-0.0626-0.00680.4947-0.04830.3641-7.433346.28926.5998
72.97171.06951.68133.44650.55184.53570.05060.0578-0.3092-0.0709-0.199-0.1881.07290.3260.09030.46960.05150.02780.3344-0.06490.28590.728930.161743.8767
85.20370.183-0.38512.2009-0.69590.46510.15640.6330.23680.409-0.48030.5121.063-1.37710.64790.7271-0.23910.01520.9301-0.08860.3467-11.623332.233255.6425
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'A' AND (RESID 3 THROUGH 20 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'A' AND (RESID 21 THROUGH 31 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'A' AND (RESID 32 THROUGH 63 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'A' AND (RESID 64 THROUGH 78 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN 'A' AND (RESID 79 THROUGH 106 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN 'A' AND (RESID 107 THROUGH 113 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN 'A' AND (RESID 114 THROUGH 149 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN 'B' AND (RESID 76 THROUGH 87 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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