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- PDB-2bzw: The crystal structure of BCL-XL in complex with full-length BAD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bzw
タイトルThe crystal structure of BCL-XL in complex with full-length BAD
要素
  • APOPTOSIS REGULATOR BCL-X
  • BCL2-ANTAGONIST OF CELL DEATH
キーワードTRANSCRIPTION / APOPTOSIS / PHOSPHORYLATION / TRANSCRIPTION COMPLEX / MITOCHONDRION / TRANSMEMBRANE
機能・相同性
機能・相同性情報


ADP metabolic process / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to osmotic stress / positive regulation of type B pancreatic cell development / Activation of BAD and translocation to mitochondria / The NLRP1 inflammasome / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / NRAGE signals death through JNK / BAD-BCL-2 complex / RAS processing / glucose catabolic process ...ADP metabolic process / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to osmotic stress / positive regulation of type B pancreatic cell development / Activation of BAD and translocation to mitochondria / The NLRP1 inflammasome / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / NRAGE signals death through JNK / BAD-BCL-2 complex / RAS processing / glucose catabolic process / pore complex assembly / apoptotic process in bone marrow cell / dendritic cell apoptotic process / dendritic cell proliferation / positive regulation of mononuclear cell proliferation / symbiont-mediated suppression of host apoptosis / cysteine-type endopeptidase activator activity / negative regulation of dendritic cell apoptotic process / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / type B pancreatic cell proliferation / negative regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / negative regulation of execution phase of apoptosis / regulation of mitochondrial membrane permeability / fertilization / regulation of growth / cellular response to lipid / positive regulation of mitochondrial membrane potential / Bcl-2 family protein complex / positive regulation of B cell differentiation / positive regulation of T cell differentiation / response to cycloheximide / hepatocyte apoptotic process / cellular response to alkaloid / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / germ cell development / BH3 domain binding / positive regulation of proteolysis / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / ectopic germ cell programmed cell death / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / negative regulation of protein localization to plasma membrane / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / ATP metabolic process / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / ovarian follicle development / response to cytokine / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / intrinsic apoptotic signaling pathway / release of cytochrome c from mitochondria / epithelial cell proliferation / regulation of cytokinesis / positive regulation of epithelial cell proliferation / regulation of mitochondrial membrane potential / mitochondrion organization / cellular response to amino acid stimulus / symbiont-mediated activation of host apoptosis / apoptotic signaling pathway / cellular response to mechanical stimulus / cellular response to gamma radiation / response to radiation / positive regulation of insulin secretion / mitochondrial membrane / phospholipid binding / cellular response to nicotine / response to virus / male gonad development / cytokine-mediated signaling pathway / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / synaptic vesicle membrane / glucose homeostasis / neuron apoptotic process / protein phosphatase binding / spermatogenesis / regulation of apoptotic process / nuclear membrane / defense response to virus / cellular response to hypoxia / in utero embryonic development / negative regulation of neuron apoptotic process / mitochondrial outer membrane / mitochondrial inner membrane / positive regulation of apoptotic process / mitochondrial matrix / apoptotic process / lipid binding / centrosome / protein kinase binding / negative regulation of apoptotic process / endoplasmic reticulum / mitochondrion / identical protein binding / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Bcl2-associated agonist of cell death / Pro-apoptotic Bcl-2 protein, BAD / Apoptosis regulator, Bcl-X / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. / BH4 Bcl-2 homology region 4 ...Bcl2-associated agonist of cell death / Pro-apoptotic Bcl-2 protein, BAD / Apoptosis regulator, Bcl-X / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. / BH4 Bcl-2 homology region 4 / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Bcl2-associated agonist of cell death / Bcl-2-like protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Lee, K.-H. / Han, W.-D. / Kim, K.-J. / Oh, B.-H.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2008
タイトル: Structural and Biochemical Bases for the Inhibition of Autophagy and Apoptosis by Viral Bcl-2 of Murine Gamma-Herpesvirus 68.
著者: Ku, B. / Woo, J. / Liang, C. / Lee, K. / Hong, H. / Xiaofeni, E. / Kim, K. / Jung, J.U. / Oh, B.
履歴
登録2005年8月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年2月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年12月4日Group: Derived calculations / Non-polymer description ...Derived calculations / Non-polymer description / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22015年2月11日Group: Database references / Source and taxonomy
改定 1.32016年12月14日Group: Database references / Structure summary
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: APOPTOSIS REGULATOR BCL-X
B: BCL2-ANTAGONIST OF CELL DEATH


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,9512
ポリマ－26,9512
非ポリマー00
水66737
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2160 Å2
ΔGint-15.3 kcal/mol
Surface area8080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.748, 91.748, 58.545
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 APOPTOSIS REGULATOR BCL-X / BCL-XL / BCL-2-LIKE 1 PROTEIN


分子量: 23732.980 Da / 分子数: 1 / 断片: BCL-2 HOMOLOGY DOMAIN, RESIDUES 1-211 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 器官: UTERUS / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): RIG / 参照: UniProt: Q64373
#2: タンパク質・ペプチド BCL2-ANTAGONIST OF CELL DEATH / BAD / BCL-2 BINDING COMPONENT 6 / BCL-XL/BCL-2 ASSOCIATED DEATH PROMOTER


分子量: 3217.595 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 器官: UTERUS / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): RIG / 参照: UniProt: Q61337
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細REGULATES THE CELL DEATH

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.4 %

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データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→20 Å / Num. obs: 14382 / % possible obs: 89.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 11

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解析

ソフトウェア名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: OTHER / 解像度: 2.3→20 Å / Data cutoff high absF: 10000 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2479 574 4.6 %RANDOM
Rwork0.2193 ---
obs0.2193 11244 89.3 %-
溶媒の処理Bsol: 38.0548 Å2 / ksol: 0.352073 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.56 Å2-3.255 Å20 Å2
2---3.138 Å20 Å2
3---5.698 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1389 0 0 37 1426
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.00677
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.19534
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAM

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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