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万見
- PDB-5w69: HLA-C*06:02 presenting ARFNDLRFV -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5w69
タイトルHLA-C*06:02 presenting ARFNDLRFV
要素
  • ALA-ARG-PHE-ASN-ASP-LEU-ARG-PHE-VAL
  • Beta-2-microglobulin
  • HLA class I histocompatibility antigen, Cw-6 alpha chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / HLA / Antigen presentation / Human Leukocyte Antigen
機能・相同性
機能・相同性情報


peripheral nervous system neuron development / RUNX3 regulates RUNX1-mediated transcription / core-binding factor complex / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell differentiation / Binding of TCF/LEF:CTNNB1 to target gene promoters / RUNX3 regulates BCL2L11 (BIM) transcription / RUNX3 regulates WNT signaling / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation / response to transforming growth factor beta / RUNX3 regulates YAP1-mediated transcription ...peripheral nervous system neuron development / RUNX3 regulates RUNX1-mediated transcription / core-binding factor complex / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell differentiation / Binding of TCF/LEF:CTNNB1 to target gene promoters / RUNX3 regulates BCL2L11 (BIM) transcription / RUNX3 regulates WNT signaling / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation / response to transforming growth factor beta / RUNX3 regulates YAP1-mediated transcription / chromatin => GO:0000785 / RUNX3 Regulates Immune Response and Cell Migration / RUNX3 regulates NOTCH signaling / RUNX3 regulates CDKN1A transcription / regulation of cell differentiation / RUNX3 regulates p14-ARF / hemopoiesis / negative regulation of cell cycle / TAP binding / chondrocyte differentiation / ossification / secretory granule membrane / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / Regulation of RUNX3 expression and activity / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / neuron differentiation / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / negative regulation of neurogenesis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / specific granule lumen / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / peptide antigen binding / negative regulation of epithelial cell proliferation / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / positive regulation of immune response / Modulation by Mtb of host immune system / sequence-specific double-stranded DNA binding / Interferon alpha/beta signaling / sensory perception of smell / positive regulation of T cell activation / positive regulation of protein binding / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / negative regulation of neuron projection development / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / iron ion transport / ER-Phagosome pathway / early endosome membrane / T cell differentiation in thymus / protein refolding / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / adaptive immune response / amyloid fibril formation / learning or memory / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / immune response / Amyloid fiber formation / DNA-binding transcription factor activity / endoplasmic reticulum lumen / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / Golgi membrane / protein phosphorylation / intracellular membrane-bounded organelle
類似検索 - 分子機能
Acute myeloid leukemia 1 protein (AML1)/Runt / Runt domain / Runx, C-terminal domain / Runt-related transcription factor RUNX / Runt domain / Runx inhibition domain / Runt domain profile. / p53/RUNT-type transcription factor, DNA-binding domain superfamily / p53-like transcription factor, DNA-binding / MHC class I, alpha chain, C-terminal ...Acute myeloid leukemia 1 protein (AML1)/Runt / Runt domain / Runx, C-terminal domain / Runt-related transcription factor RUNX / Runt domain / Runx inhibition domain / Runt domain profile. / p53/RUNT-type transcription factor, DNA-binding domain superfamily / p53-like transcription factor, DNA-binding / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HLA class I histocompatibility antigen, C alpha chain / Beta-2-microglobulin / Runt-related transcription factor 3 / HLA class I histocompatibility antigen, C alpha chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Mobbs, J.I. / Vivian, J.P. / Rossjohn, J.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: The molecular basis for peptide repertoire selection in the human leucocyte antigen (HLA) C*06:02 molecule.
著者: Mobbs, J.I. / Illing, P.T. / Dudek, N.L. / Brooks, A.G. / Baker, D.G. / Purcell, A.W. / Rossjohn, J. / Vivian, J.P.
履歴
登録2017年6月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年8月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22017年11月1日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class I histocompatibility antigen, Cw-6 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: HLA class I histocompatibility antigen, Cw-6 alpha chain
D: Beta-2-microglobulin
E: HLA class I histocompatibility antigen, Cw-6 alpha chain
F: Beta-2-microglobulin
G: HLA class I histocompatibility antigen, Cw-6 alpha chain
H: Beta-2-microglobulin
I: ALA-ARG-PHE-ASN-ASP-LEU-ARG-PHE-VAL
J: ALA-ARG-PHE-ASN-ASP-LEU-ARG-PHE-VAL
K: ALA-ARG-PHE-ASN-ASP-LEU-ARG-PHE-VAL
L: ALA-ARG-PHE-ASN-ASP-LEU-ARG-PHE-VAL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)180,42312
ポリマ－180,42312
非ポリマー00
水13,872770
1
A: HLA class I histocompatibility antigen, Cw-6 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
I: ALA-ARG-PHE-ASN-ASP-LEU-ARG-PHE-VAL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,1063
ポリマ－45,1063
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4500 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area18500 Å2
手法PISA
2
C: HLA class I histocompatibility antigen, Cw-6 alpha chain
D: Beta-2-microglobulin
J: ALA-ARG-PHE-ASN-ASP-LEU-ARG-PHE-VAL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,1063
ポリマ－45,1063
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4620 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area18420 Å2
手法PISA
3
E: HLA class I histocompatibility antigen, Cw-6 alpha chain
F: Beta-2-microglobulin
K: ALA-ARG-PHE-ASN-ASP-LEU-ARG-PHE-VAL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,1063
ポリマ－45,1063
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4390 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area18600 Å2
手法PISA
4
G: HLA class I histocompatibility antigen, Cw-6 alpha chain
H: Beta-2-microglobulin
L: ALA-ARG-PHE-ASN-ASP-LEU-ARG-PHE-VAL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,1063
ポリマ－45,1063
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4480 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area18190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.182, 182.137, 222.736
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
HLA class I histocompatibility antigen, Cw-6 alpha chain / MHC class I antigen Cw*6


分子量: 32087.180 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-C, HLAC / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q29963, UniProt: P10321*PLUS
#2: タンパク質
Beta-2-microglobulin


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質・ペプチド
ALA-ARG-PHE-ASN-ASP-LEU-ARG-PHE-VAL


分子量: 1139.307 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) / 参照: UniProt: Q13761*PLUS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 770 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.25 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Tris pH 8.5, 0.2 M Na acetate and 20 % PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→74.34 Å / Num. obs: 52631 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9 % / Biso Wilson estimate: 51.22 Å2 / Rpim(I) all: 0.11 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 2.8→2.89 Å / 冗長度: 9.2 % / Num. unique obs: 4512 / Rpim(I) all: 0.51 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4NT6

4nt6


解像度: 2.8→40.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / Rfactor Rfree error: 0 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.317
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.223 2671 5.08 %RANDOM
Rwork0.164 ---
obs0.167 52539 100 %-
原子変位パラメータBiso mean: 34.86 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.5189 Å20 Å20 Å2
2--5.8439 Å20 Å2
3---1.675 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.29 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.8→40.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12458 0 0 795 13253
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0112831HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.1117458HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d4355SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes364HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1876HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it12831HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.26
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.21
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1571SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact14305SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.87 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.317 183 4.76 %
Rwork0.211 3665 -
all0.216 3848 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2874-0.296-0.23271.2875-0.03782.8525-0.0270.1044-0.0512-0.2094-0.0487-0.12510.391-0.02910.0757-0.0671-0.040.0448-0.1123-0.0189-0.04579.9448-56.8992-22.032
23.37171.318-1.43173.6046-0.83822.73710.0184-0.05740.06660.06040.0021-0.0975-0.02010.2102-0.0206-0.09990.00680.0240.07090.003-0.154116.4536-32.0175-47.7354
31.0038-0.84240.71931.7429-2.04714.0285-0.0682-0.02270.09780.09730.17770.1351-0.5434-0.5401-0.1095-0.05530.05150.03440.00920.0171-0.0591-0.7206-34.5311-33.6411
41.04050.39580.06983.3803-1.26753.47520.1683-0.1368-0.1729-0.04420.06990.47610.52970.0896-0.2382-0.12380.027-0.0648-0.214-0.04170.0542-6.0751-56.2223-89.5292
53.5212-1.1102-0.8423.90460.75452.4939-0.01570.12870.0146-0.033-0.00190.1206-0.0837-0.08690.0176-0.0978-0.01970.01390.04640.048-0.1436-11.7641-31.4653-63.4878
61.45260.57181.5491.65581.93284.4589-0.05760.0692-0.0401-0.0250.0251-0.076-0.18830.50410.0324-0.1093-0.02470.02710.0258-0.0052-0.03175.5093-34.5094-77.467
71.24440.06070.5043.15950.2651.2057-0.0201-0.04250.046-0.11060.2439-0.5442-0.15730.1686-0.2238-0.0747-0.0660.1233-0.1428-0.1136-0.0137-7.098.1527-95.1786
82.93991.29640.70095.07792.52463.9554-0.09270.17220.0696-0.27710.1463-0.0201-0.19540.1226-0.0537-0.09090.03810.037-0.09910.0095-0.0444-4.7636-25.9382-107.131
91.1153-0.4723-0.76724.79380.05012.5632-0.13390.0031-0.49560.12890.34420.54420.2551-0.1483-0.2102-0.1405-0.05330.0467-0.1623-0.02040.1253-20.6168-15.3856-94.7704
104.44561.12190.84414.75750.98471.30390.133-0.0708-0.1306-0.30920.07610.2306-0.0135-0.2238-0.20910.0325-0.1309-0.1395-0.25410.1288-0.15544.96957.7815-15.8773
112.61410.14631.20122.9452-1.15931.9012-0.2735-0.24550.35870.07980.00270.1324-0.5441-0.16980.2708-0.0280.0652-0.0931-0.086-0.0925-0.04616.4854-26.9568-3.2035
121.93211.0444-0.47370.8230.21022.26620.0139-0.0234-0.1939-0.1834-0.0514-0.2227-0.48730.45560.03750.0301-0.152-0.152-0.1240.0949-0.024720.8948-14.0806-15.0741
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION2{ A|181 - A|274 }A181 - 274
2X-RAY DIFFRACTION3{ B|0 - B|99 }B0 - 99
3X-RAY DIFFRACTION5{ C|181 - C|274 }C181 - 274
4X-RAY DIFFRACTION6{ D|0 - D|99 }D0 - 99
5X-RAY DIFFRACTION8{ E|181 - E|274 }E181 - 274
6X-RAY DIFFRACTION9{ F|0 - F|99 }F0 - 99
7X-RAY DIFFRACTION11{ G|181 - G|274 }G181 - 274
8X-RAY DIFFRACTION12{ H|0 - H|99 }H0 - 99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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